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Identification of protein interaction partners of a histone methyltransferase
Isabel Maria Grießhammer
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Pavel Kovarik
Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29445.89204.316761-1
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Ein wesentliches Kennzeichen der Immunantwort auf virale Infektionen ist die Produktion von Type I-Interferonen (IFNs). IFNs sind Teil des angeborenen Immunsystems und können von jeder virusinfizierten Zellen sezerniert werden. In sowohl auto- als auch parakriner Art und Weise binden sie den IFN-Rezeptor (IFNAR) auf der Zelloberfläche und induzieren die Expression IFN-stimulierter Gene (ISGs), die Teil einer starken antiviralen Immunantwort sind und den “antiviralen Status” der Zelle definieren. Die IFN-Produktion und Immunantwort allgemein müssen streng reguliert werden, um einerseits die Eliminierung des Pathogens aus dem Organismus zu sichern, andererseits müssen Autoimmunreaktionen verhindert werden. In den letzten Jahre wurden zahlreiche Hinweise geliefert, dass komplexe epigenetische Regulationsmechanismen eine essentielle Rolle in der Regulation der Immunantwort nach viralen Infektionen spielen. Das Ziel des vorliegenden Projekts war die Identifikation von Interaktionspartnern der kaum charakterisierten Histon-Methyltransferase Setdb2. Die Expression dieses Enzyms wird während einer Virusinfektion hochreguliert, was die Vermutung nahelegt, dass es eine Rolle in der Immunantwort nach Virusinfektionen spielt. Als Basis für die folgenden TAP-IPs und Massenspektrometrie-Analyse dienten Doxycyclin-induzierbare Hek293-Zellen. Durch Massenspektrometrie wurden etwa 20 vielversprechende Hits gefunden, von denen die 4 Top-Kandidaten als erstes zur weiteren Validierung herangezogen werden. Das Ranking der Kandidaten erfolgte manuell auf Basis der verfügbaren Literatur, Proteindomänen, bereits bekannter Beteiligung an Immunregulationsmechanismen und der Häufigkeit ihres Auftretens in anderen Analysen des Instituts. Die Validierung wird mit Hilfe von Co-Immunopräzipitations-Experimenten von Setdb2 und potentiellen Interaktoren in Hek293-Zellen durchgeführt. Die Charakterisierung und Rekonstitution humaner Setdb2-Knockout-Zellen, die im Labor verfügbar sind, wird einen essentiellen Bestandteil zum Beweis der Rolle von Setdb2 in der Regulation von Immunprozessen darstellen. Fasst man all die Ergebnisse dieses Projekts und der folgenden Experimente zusammen (Validierung der Massenspektrometrie-Treffer, Charakterisierung/Rekonstitution der Knockout-Zellen), werden sich neuartige Einblicke in einen Mechanismus der Regulation von Immunabwehr-Prozessen ergeben, die bisher unbekannt oder unbeachtet geblieben waren.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Deutsch)
Virusinfektio Typ I-Interferon Epigenetik Histon-Methyltransferase Setdb2 TAP-IP
Autor*innen
Isabel Maria Grießhammer
Haupttitel (Englisch)
Identification of protein interaction partners of a histone methyltransferase
Paralleltitel (Deutsch)
Identifikation von Protein-Interaktionspartnern einer Histon-Methyltransferase
Publikationsjahr
2013
Umfangsangabe
107 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Pavel Kovarik
Klassifikation
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.00 Naturwissenschaften allgemein: Allgemeines
AC Nummer
AC11663003
Utheses ID
26049
Studienkennzahl
UA | 066 | 834 | |
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