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Structural and physicochemical property trends of primary screening hits from a diverse fragment library
Barbara Zehner
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Gerhard Ecker
Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30021.41425.313570-0
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Fragmentbasiertes Wirkstoffdesign (fragment-based drug design, FBDD) ist in der modernen Wirkstoffforschung eine stark etablierte Methode. In dieser Diplomarbeit wurden primäre Ergebnisse von 15 fragmentbasierten Screenings, welche fünf Proteinfamilien (ATPasen, Demethylasen, Kinasen, Methyltransferasen, Protein-Protein-Interaktionen) und sechs Auslesetechnologien (AlphaScreenTM, Caliper, FlashPlate®, HTRF, SPR, TMS) umfassen, untersucht. Bereits veröffentlichte fragmentbasierte Screening-Hits wurden vergleichsweisein die Analyse einbezogen. Neben physikalisch-chemischen Eigenschaften wurden Gesamttrefferquoten und Trefferquoten in Abhängigkeit zur Proteinfamilie und Auslesetechnologie analysiert. Trefferquoten wurden dabei nicht nur durch strukturelle Unterschiede zwischen den einzelnen Proteinklassen, sondern auch durch das jeweilige Ausleseverfahren beeinflusst. Dies ist sehr gut an einer der untersuchten Kinasen ersichtlich. Analyse der Grundstruktur der Fragmente und ECFP4-Berechnung zeigten die Bedeutung der verschiedenen Strukturmerkmale an den Trefferquoten für diverse Proteinfamilien auf.
Abstract
(Englisch)
Fragment-based screening became an important method in modern drug discovery processes. In this thesis the primary outcome of 15 fragment screens was investigated, comprising five target families (ATPases, demethylases, kinases, methyltransferases, PPIs) and six readout technologies (AlphaScreenTM, Caliper, FlashPlate®, HTRF, SPR, TMS). Fragment-based screening hits compiled from literature were included in the analysis for comparison. Besides physicochemical properties hit rates were observed overall and as a function of target class and assay technology. Hit rates not only are affected by structural differences between target classes, but also by the readout technology used, as demonstrated by one of the observed kinases. Scaffold analysis and ECFP4 generation expose the importance of different structural features for each target class.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
fragment based drug discovery FBDD fragment screening screening library fragment library design
Schlagwörter
(Deutsch)
fragmentbasiertes Wirkstoffdesign FBDD fragmentbasiertes Screening Screeningbibliothek Aufbau einer fragmentbasierten Screeningbibliothek
Autor*innen
Barbara Zehner
Haupttitel (Englisch)
Structural and physicochemical property trends of primary screening hits from a diverse fragment library
Paralleltitel (Deutsch)
Strukturelle und physikochemische Eigenschaften primärer Screeningergebnisse einer fragmentbasierten Screeningbibliothek
Publikationsjahr
2014
Umfangsangabe
X, 84 S. : graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Gerhard Ecker
Klassifikation
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.99 Naturwissenschaften allgemein: Sonstiges
AC Nummer
AC12083027
Utheses ID
30595
Studienkennzahl
UA | 449 | | |