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Randomization of chemical reaction networks based on a graph-language model
Patrick Braun
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Physik
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Physik
Betreuer*in
Christoph Flamm
Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-26329.89092.248565-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Zufallsgraphen sind ein Standardwerkzeug der Netzwerkforschung. Sie erlauben es, Mechanismen zu identifizieren, die für bestimmte Strukturen in komplexen realen Netzwerken verantwortlich sind. Die weitest verbreiteten Zufallsgraphen-Modelle sind jedoch ungeeignet für die Anwendung auf chemische Reaktionsnetzwerke (CRNs), aufgrund deren umfangreicher Einschränkungen durch chemische Bindungsregeln. In der vorliegenden Arbeit werden zwei Methoden präsentiert, um konkrete chemische Referenz-Netzwerke zu randomisieren. Sie basieren auf einer Darstellung der Netzwerke durch ein Graphersetzungssystem, das hier durch das Software-Paket MedØlDatschgerl implementiert ist. Dazu werden Analysemethoden für die so konstruierten Zufallsinstanzen diskutiert sowie konkrete mögliche Anwendungsbeispiele für ausgewählte Modell-Chemien gegeben.
Abstract
(Englisch)
Random-graph-models are a staple of network-science. They help identifying the concrete mechanisms responsible for the structure of complex real-world networks. The most common random-graphs however are unsuitable for chemical reaction networks (CRNs), due to the constraints of chemical reactions. We present two approaches for the randomization of specific reference-CRNs, based on the chemical graph-language model of the software-package MedØlDatschgerl. In addition to the two concepts, we discuss the analyzation of the constructed random-CRNs and show examples for their use on concrete model-chemistries.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
chemical reaction networks graph rewriting random-graphs flux balance analysis elementary flux modes bisimulation
Schlagwörter
(Deutsch)
chemische Reaktionsnetzwerke Graphersetzungssystem Zufallsgraphen FBA Bisimulation
Autor*innen
Patrick Braun
Haupttitel (Englisch)
Randomization of chemical reaction networks based on a graph-language model
Paralleltitel (Deutsch)
Zufallsgraphen chemischer Reaktionsnetzwerke basierend auf Graphersetzungssystemen
Publikationsjahr
2019
Umfangsangabe
114 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Christoph Flamm
Klassifikationen
33 Physik > 33.90 Physik in Beziehung zu anderen Fachgebieten ,
35 Chemie > 35.06 Computeranwendungen
AC Nummer
AC15557421
Utheses ID
51313
Studienkennzahl
UA | 066 | 876 | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1