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Bioinformatic and mass spectrometric analysis of the cell surface proteome
Ulrich Omasits
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Christoph Flamm
Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29987.42289.682253-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Proteine der Zelloberfläche stellen die Schnittstelle zu der Mikroumgebung für die Zelle dar. Ich habe ein Software Tool entwickelt um experimentelle Ergebnisse, bioinformatische Prognosen und den aktuellen biologischen Kenntnisstand über dieses essentielle Subproteom zu kombinieren. Mit Hilfe des Tools werden gängige experimentelle Ansätze untersucht, maßgebliche Protein Eigenschaften visualisiert, und der theoretisch zugängliche Unterraum des Proteoms untersucht. Auf der experimentellen Seite wird das Zelloberflächen-Proteom der HL-60 Zelllinie mittels der Cell Surface Capturing Technologie, die hoch spezifische Identifizierung und Quantifizierung von Zelloberflächen Proteinen mittels Massenspektrometrie ermöglicht, untersucht. Eine komparative Analyse der experimentellen und theoretischen Ergebnissen weist eine hohe prognostische Sensitivität auf, ermöglicht es neue massenspektrometrische Experimente zu designen, und stellt die Grundlage für die Auswahl von Peptide für die absolute Quantifizierung des Zelloberflächen-Proteoms dar.
Abstract
(Englisch)
Cell surface proteins represent the interface to the microenvironment for a cell. I developed a software tool in order to combine experimental results, bioinformatic predictions, and available knowledge on this essential subproteome. The tool allows analysis of current experimental approaches, visualization of relevant protein properties, and exploration of the theoretical accessible proteomic space. On the experimental side, the Cell Surface Capturing technology - which allows for highly specific identification and quantification of cell surface proteins using mass spectrometry - is used to extensively map the surfaceome of the HL-60 cell line. Comparative analysis of experimental and theoretical results reveals high prediction sensitivity, enables design of mass spectrometric experiments, and provides the basis for the selection of peptides for the absolute quantification of the surfaceome.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
proteomics cell surface plasma membrane bioinformatics in silico proteomics CD proteins LC-MS mass spectrometer
Schlagwörter
(Deutsch)
Proteomik Zelloberfläche Plasmamembran Bioinformatik in silico Proteomik CD Proteine LC-MS Massenspektrometer
Autor*innen
Ulrich Omasits
Haupttitel (Englisch)
Bioinformatic and mass spectrometric analysis of the cell surface proteome
Paralleltitel (Deutsch)
Bioinformatische und massenspektrometrische Analyse des Zelloberflächen-Proteoms
Publikationsjahr
2010
Umfangsangabe
80 S.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Christoph Flamm
Klassifikationen
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.03 Methoden und Techniken in den Naturwissenschaften ,
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.10 Systemtheorie ,
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.30 Naturwissenschaften in Beziehung zu anderen Fachgebieten ,
35 Chemie > 35.06 Computeranwendungen ,
35 Chemie > 35.23 Analytische Chemie: Allgemeines ,
35 Chemie > 35.26 Massenspektrometrie ,
35 Chemie > 35.62 Aminosäuren, Peptide, Eiweiße ,
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
42 Biologie > 42.15 Zellbiologie ,
54 Informatik > 54.80 Angewandte Informatik ,
54 Informatik > 54.81 Anwendungssoftware
AC Nummer
AC08290245
Utheses ID
9580
Studienkennzahl
UA | 490 | | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1