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Characterization of swine leukocyte antigen polymorphism by sequence-based and low-resolution typing methods
Werner Ertl
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Pavel Kovarik
DOI
10.25365/thesis.11730
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29644.76538.837454-4
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Der Haupthistokompatibilitätskomplex wird im Schwein durch die Klasse I und Klasse II Swine Leukocyte Antigen (SLA) Gencluster kodiert. Die hochpolymorphen SLA Gene kodieren für eine Reihe von Glykoproteinen, deren Aufgabe darin besteht, prozessierte Peptidantigene auf der Oberfläche von Zellen zu präsentieren und anschließend in T-Zellen eine entsprechende Immunantwort auszulösen. Somit stellen SLA Genprodukte eine der wichtigsten Determinanten innerhalb der porcinen Immunantwort auf Infektion und Vakzination dar.
Die Mehrheit der in Österreich für die Fleischerzeugung verwendeten Schweinerassen stellt eine F2 Generation dar. Diese Tiere sind Nachkommen einer F1 Generation der Edelschwein/Landrasse, die mit Pietrain-Ebern gepaart wird. Somit ist das SLA Allel- und Haplotypen-Repertoire in der Nachkommenschaft festgelegt und aufgrund des Repertoires der Elterntiere begrenzt.
Diese Arbeit beschreibt sowohl die Charakterisierung der SLA Klasse I (SLA1, SLA2, SLA3) als auch der Klasse II (DRB1, DQB1, DQA) Gene von 27 reinrassigen Pietrain Schweinen anhand der Sequenz-basierten (SBT) und der PCR-basierten Methode unter der Verwendung von sequenzspezifischen Primern (PCR-SSP).
Insgesamt wurden 15 Klasse I und 12 Klasse II Haplotypen in dieser Gruppe von Schweinen identifiziert. Der häufigste auftretende SLA Haplotyp ist Lr-43.13 (SLA-1*11XX-SLA-3*04XX-SLA-2*04XX-DRB1*0901-DQB1*0801-DQA*03XX) der in sieben Individuen in einer Frequenz von 13,0% detektiert wurde. Zusätzlich wurden drei Klasse I und zwei Klasse II Haplotypen ermittelt, die bisher noch in keiner Schweinepopulation charakterisiert wurden. Dies lässt den Schluss zu, dass die Pietrain Rasse eine zuchtspezifische Einschränkung der SLA Gendiversität aufweist.
Die Ergebnisse dieser Arbeit können zu einem besseren Verständnis der Beeinflussung der SLA Gene auf unterschiedliche immunologische und pathophysiologische Bedingungen führen. Weiters ist es möglich, effektivere Impfstoffe herzustellen, um somit die gesundheitliche Fitness der in Österreich vorkommenden Schweinepopulation zu erhöhen.
Abstract
(Englisch)
The porcine major histocompatibility complex (MHC) harbours the SLA (swine leukocyte antigen) class I and II gene clusters. The SLA genes are highly polymorphic; they encode a series of cell-surface glycoproteins which function mainly in presenting antigenic peptides to T cells, therefore representing one of the most important determinants in swine immune response to infectious disease and vaccination.
In Austria, the majority of commercial pigs are F2 descendants of F1 Large White/Landrace hybrids paired with Pietrain boars. The repertoire of SLA alleles and haplotypes present in Pietrain pigs thus has an important influence on that of their descendants.
In this study, we characterized the SLA class I (SLA1, SLA2, SLA3) and class II (DRB1, DQB1, DQA) genes of 27 purebred Pietrain pigs using a combination of the high-resolution sequence-based typing (SBT) method and a low-resolution PCR-based method using allele-group sequence-specific primers (PCR-SSP).
A total of 15 class I and 12 class II haplotypes were identified in the studied cohort. The most common SLA haplotype Lr-43.14 (SLA1*11XX-SLA3*04XX-SLA2*04XX-DRB1*0901-DQB1*0801-DQA*03XX) was identified in seven animals with a frequency of 13.0%. Three class I and two class II haplotypes appeared to be novel that have never been reported in other pig populations, suggesting a breed-specific constriction of SLA gene diversity in Pietrain pigs.
In conclusion, this study may facilitate a better understanding of the influence of SLA genes on various immunological and pathophysiological conditions. It may also facilitate the design of more effective vaccines aiming to improve the overall swine health in Austrian commercial pigs.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
MHC SLA Polymorphism PCR-SSP Alleles Haplotypes
Schlagwörter
(Deutsch)
MHC SLA Polymorphismus PCR-SSP Allele Haplotypen
Autor*innen
Werner Ertl
Haupttitel (Englisch)
Characterization of swine leukocyte antigen polymorphism by sequence-based and low-resolution typing methods
Paralleltitel (Deutsch)
Charakterisierung des MHC-Polymorphismus beim Schwein mittels DNA-Sequenzierung und PCR-basierter Typisierungsmethoden
Publikationsjahr
2010
Umfangsangabe
120 S.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Pavel Kovarik
Klassifikationen
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
44 Medizin > 44.45 Immunologie
AC Nummer
AC08365478
Utheses ID
10584
Studienkennzahl
UA | 490 | | |