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Identifizierung eines cis-regulatorischen Elements in einem UV-induzierbaren Promoter des hyperthermophilen Archaeons Sulfolobus solfataricus.
Kathrin Lettner
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Christa Schleper
DOI
10.25365/thesis.12652
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30311.78123.401461-6
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
In dieser Arbeit wurden Studien zur UV-abhängigen Transkriptionsregulation bei dem hyperthermophilen Archaeon Sulfolobus solfataricus durchgeführt. Ausgehend von einer zuvor durchgeführten Microarray-Studie und einer Promotoranalyse sollten die Promotorregionen von zwei stark UV-induzierbaren Genen, SSO0691a und dem ersten Transkript Tind des S. shibatae Virus SSV1 untersucht werden. Durch Deletionen von Sequenzbereichen und anschließenden Tests im Reportergensystem sollten potenzielle cis-regulatorische Elemente für die UV-abhängige Transkription in vivo gefunden werden. Drei verschiedene Deletionen wurden mittels SLIM-PCR (Site-directed, Ligase-Independent Mutagenesis) durchgeführt und die verkürzten Promotoren wurden stromauf des Reportergens lacS in den Transformationsvektor pMJ0305 kloniert. Nach der Transformation von S. solfataricus M16 konnte die UV-abhängige Expression der ß-Galaktosidase im Zellextrakt vermessen werden. Für Tind wurde der Promotor von 70 bp auf 52 bp verkürzt, und das ATG des Reportergens lacS auf den Transkriptionsstart gelegt. Das Ergebnis für die Transformante M16-pKLTind-Delp1 war eine 19fache-Induktion 6 Stunden nach der UV-Bestrahlung im Gegensatz zur Transformante mit dem Ausgangspromotor M16-pDTTind-Delp mit einer 17fachen Induktion. Somit wurde offenbar keine wichtige regulatorische Region deletiert. In der Promotorregion von SSO0691a wurden zwei Verkürzungen durchgeführt. Bei der ersten wurde die Region entfernt die möglicherweise das BRE-Element des basalen Transkriptionspromotors enthält. Hier konnte im Vergleich zur Transformante mit dem Ausgangspromotor M16-pDT0691a-Delp keine signifikante Transkription des Reportergens mehr gemessen werden. In der zweiten Deletion wurde der 5’UTR Bereich in der keine Shine-Dalgarno-Sequenz gefunden wurde, deletiert. Die Aktivitätsmessungen dieser zweiten Transformante zeigten im Vergleich maximal eine 1,5fache UV-abhängige Induktion. Daraus kann man schlussfolgern, dass durch die Deletion ein regulatorischer Faktor nicht mehr an die DNA binden kann, und es nicht mehr zur UV-abhängigen Induktion der Transkription kommt. Durch vergleichende Sequenzstudien des Promotors SSO0691a mit anderen UV-induzierbaren Transkripten konnte ein potenzielles konserviertes cis-regulatorisches Element (TAAG, TAAAG usw.) im 5’UTR-Bereich von SSO0691a und anderen Genen entdeckt werden. Mittels einer Northern-Analyse wurde das lacS-Transkript in den Transformanten ohne und mit UV-Behandlung nachgewiesen. Da die Stärke der Expression der lacS-mRNA gleich war, lässt sich in der deletierten Region eine potenzielle Bindestelle für einen Aktivator vermuten. Mit der Identifizierung einer cis-regulatorischen Region wurde in dieser Arbeit die Vorarbeit geleistet, um einen Regulator für die UV-abhängige Transkription in Archaea zu identifizieren.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Archaea S. solfataricus Transkription cis-regulatorische UV-anhängige Transkriptionsregulatoren
Autor*innen
Kathrin Lettner
Haupttitel (Deutsch)
Identifizierung eines cis-regulatorischen Elements in einem UV-induzierbaren Promoter des hyperthermophilen Archaeons Sulfolobus solfataricus.
Publikationsjahr
2010
Umfangsangabe
97 S.
Sprache
Deutsch
Beurteiler*in
Christa Schleper
Klassifikationen
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.00 Naturwissenschaften allgemein: Allgemeines ,
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC08461067
Utheses ID
11406
Studienkennzahl
UA | 444 | | |