Detailansicht

Characterisation of a double-stranded RNA-binding domain that serves as a nuclear localization signal

Sabina Dani

Art der Arbeit

Diplomarbeit

Universität

Universität Wien

Fakultät

Zentrum für Molekulare Biologie

Betreuer*in

Michael Jantsch

Volltext herunterladen
Volltext in Browser öffnen

DOI

10.25365/thesis.12692

URN

urn:nbn:at:at-ubw:1-30218.05733.583662-8

Link zu u:search

(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract

(Deutsch)

Es gibt viele Schritte und Mechanismen die die RNA während und nach der Transkription prozessieren und modifizieren. Ein Beispiel posttranskriptioneller Modifikation ist RNA-editing, welches Deletion, Insertion oder chemische Umwandlung von Nukleotiden umfasst. Adenosin zu Inosin RNA editing wird durch Enzyme katalysiert, die ADARs ( adenosine deaminase that act on RNA) genannt werden welche in den meisten Metazoan gefunden werden konnten. Als Folge der Veränderung der RNA Sequenz, können die Eigenschaften der RNA Moleküle und der translatierten Proteine modifiziert werden. ADARs agieren an partiell oder perfekt doppelsträngigen RNAs und sind an einem breiten Spektrum von zellulärer Funktionen beteiligt. Menschliches ADAR1 hat die Fähigkeit zwischen Nukleus und Cytoplasma zu pendeln und besitzt zwei Promotoren, welche zu zwei Versionen des Proteins führen. Das längere, Interferon induzierte, enthält einen Nuklear Export Signal (NES) und ist im Nukleus sowie im Cytoplasma lokalisiert. Das kürzere hat einen gekürzten Aminoterminus, ist konstitutiv exprimiert und vorwiegend nukleär. Die dritte doppelstrang RNA bindende Domäne von ADAR1 wird von einem untypischen Nuklear Lokalisierung Signal (NLS) überlagert. Ziel dieser Arbeit war es, die dritte doppelstrang RNA bindende Domäne (dsRBD3) von menschlichen ADAR1 zu charakterisieren, indem ihre dreidimensionale Struktur bestimmt werden sollte. Daher wurden unterschiedliche Konstrukte diese Proteins gemacht, welche sich in der Länge ihrer N- oder C- Termini unterschieden, um hochkonzentriertes, Protein für Kernspinresonanzspektroskopie (NMR), zu reinigen. Zusätzlich wurden verschiedene Puffer, Temperaturen, pH- Werte, Inkubations- und Induktionszeiten getestet um die besten Konditionen für dieses Protein zu finden.

Abstract

(Englisch)

There are many steps and mechanisms that process and modify RNA during and after transcription. One example of a post-transcriptional processing event is RNA-editing which includes deletion, insertion or chemical conversion of nucleotides. Adenosine to inosine RNA editing is catalyzed by enzymes named adenosine deaminases that act on RNA (ADARs), which are found in most metazoa. As a consequence of the alteration of the RNA sequence, the properties of the RNA molecules and of the translated proteins can be modified. ADARs act on partially or perfectly double stranded RNA and are involved in a wide range of cellular functions. The human adenosine deaminase that acts on RNA 1 (ADAR1) has the ability to shuttle between the nucleus and cytoplasm and possesses two promoters which lead to the expression of two versions of the protein. The longer one, interferon inducible, contains a nuclear export signal (NES) and in contrast to the shorter one is located in the nucleus as well as in the cytoplasm. The shorter one, has a truncated amino-terminus, is constitutively expressed and predominantly nuclear. The third double stranded RNA binding domain of ADAR1 is overlapped by an atypical nuclear localization signal (NLS). The objective of this work was to characterize the third double stranded RNA binding domain (dsRBD3) of the human ADAR1, by determining its three dimensional structure. For this purpose different constructs of this protein which differ from each other in the length of their N- or C-termini, were made to achieve a high concentrated, non aggregated protein for nuclear magnetic resonance spectroscopy (NMR). Additionally different buffers, temperatures, pH values, incubation and induction times, were tested to find the best conditions under which this protein is suitable for NMR analysis.

Autor*innen

Sabina Dani

Haupttitel (Englisch)

Characterisation of a double-stranded RNA-binding domain that serves as a nuclear localization signal

Paralleltitel (Deutsch)

Characterisation of a double-stranded RNA-binding domain that serves as a nuclear localization signal

Publikationsjahr

2010

Umfangsangabe

113 S. : Ill., graph. Darst.

Sprache

Englisch

Beurteiler*in

Michael Jantsch

Klassifikation

42 Biologie > 42.20 Genetik

AC Nummer

AC08534077

Utheses ID

11435

Studienkennzahl

UA | 441 | | |

Detailansicht

Abstracts

Schlagwörter