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Echovirus 30
tracing an enteric virus in an aquatic environment
Armin Löckher
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Branko Velimirov
DOI
10.25365/thesis.13065
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30057.25491.138854-3
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Enteroviren sind häufige, über Wasser verbreitete Pathogene, die verschiedene Krankheiten bei Menschen auslösen können, manche davon mit ernsten oder sogar tödlichen Folgen. Humanpathogene Enteroviren kommen weltweit vor und der Mensch ist der einzige bekannte natürliche Wirt, obwohl sie auch schon in Wasser- und Bodenproben, Gemüse und in Schalentieren nachgewiesen wurden. In dieser Arbeit wurde das Vorkommen von Enteroviren im Sediment und Freiwasser der Alten Donau in Wien untersucht, nachdem vorherige Arbeiten bereits das Auftreten eines Enterovirus, nämlich Echovirus 30, im Sediment des Gewässers dokumentiert haben.
Wasserproben wurden im Juli, August, September und Oktober 2009 entnommen, Sedimentproben im August und Oktober 2009. Die Proben wurden via "tangential-flow-filtration" (Wasserproben) oder Ausfällung (Sedimentproben) konzentriert. Nach der RNA-Isolation wurde die RNA in cDNA umgeschrieben. Ein Teil der 5`-UTR wurde mittels PCR und "semi-nested" PCR amplifiziert, danach kloniert und sequenziert. Die Sequenzdaten wurden computergestützt analysiert.
Beide Sedimentproben lieferten positive Ergebnisse. Bei den Freiwasserproben konnte nur im August 2009 ein positives Resultat erzielt werden, alle anderen Proben waren negativ. Alle erhaltenen Sequenzen wiesen starke Ähnlichkeit zu Echovirus 30 auf.
Die in dieser Arbeit erzielten Resultate zeigen das Vorhandensein einer niedrigen Konzentration von Echovirus 30 im Sediment und Freiwasser der Alten Donau. Die Sequenzen, die aus dem Sediment extrahiert wurden, waren jenen aus dem Freiwasser sehr ähnlich, was den Schluss nahe legt, dass das Vorhandensein von Echovirus 30 im Wasserkörper auf Resuspension aus dem Sediment zurückzuführen ist.
Abstract
(Englisch)
Enteric viruses are common waterborne pathogens that can cause numerous diseases in humans, sometimes with serious or even fatal consequences. Enteroviruses infecting humans are found worldwide and humans are the only known natural hosts, although the viruses have been detected in water, soil, vegetables and shellfish. This study aims to provide further evidence for the occurrence of enteric viruses in the sediment and the waterbody of the Viennese oxbow lake Alte Donau as previous studies document the presence of an enteric virus, namely Echovirus 30, in the local sediment.
Water sampling was done in July, August, September and October 2009; sediment samples were taken in August and October 2009. Sample concentration was done via tangential flow filtration (freshwater samples) or precipitation (sediment samples). After RNA isolation, the RNA was transcribed into cDNA. Amplification of a part of the 5’UTR was carried out using PCR and semi-nested PCR, and PCR products were cloned and sequenced. Sequence data were analyzed computer-based.
Positive results were obtained from all sediment samples. Freshwater samples only gave positive results in August 2009, all other samples were negative. All obtained sequences were similar to Echovirus 30.
The results achieved in this study show that there is a low level presence of Echovirus 30 in the sediment and the waterbody of the Alte Donau. The sequences obtained from waterbody samples are highly similar to those obtained from sediment samples at the same time, suggesting that the presence of Echovirus 30 in the waterbody of the Alte Donau is due to a resuspension event.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Echovirus 30 enteric virus Alte Donau Danube sediment waterbody sequencing
Schlagwörter
(Deutsch)
Echovirus 30 Enterovirus Alte Donau Sediment Wasserkörper Sequenzierung
Autor*innen
Armin Löckher
Haupttitel (Englisch)
Echovirus 30
Hauptuntertitel (Englisch)
tracing an enteric virus in an aquatic environment
Paralleltitel (Deutsch)
Echovirus 30 ; Detektierung eines Enterovirus im aquatischen Milieu
Publikationsjahr
2010
Umfangsangabe
69 S. : Ill., graf. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Branko Velimirov
Klassifikation
42 Biologie > 42.32 Virologie
AC Nummer
AC08451547
Utheses ID
11753
Studienkennzahl
UA | 444 | | |