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Methodical comparison of the traditional slab gel electrophoresis and the modern innovation, the 2100 Agilent Bioanalyzer under the aspect of fibrinogen structure analysis
Yvonne Schindlegger
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Chemie
Betreuer*in
Katharina Pock
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29105.71825.663262-4
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Das wichtigste Ziel dieser Arbeit ist die Charakterisierung und Identifizierung der Fibrinogen-Struktur mittels zweier Protein-Größenbestimmungs-Methoden im Vergleich zueinander: der Natriumdodecylsulfat-Polyacrylamidgelelektrophorese (SDS-PAGE) und der On-Chip Protein Elektrophorese (unter Verwendung des Agilent 2100 Bioanalyzers), um das Molekulargewicht (MW) der intakten Fibrinogen-Monomer-Form zu bekommen, um das Protein-Profil inklusive aller Begleitproteine zu zeigen und darüber hinaus den Aufbau des Moleküls über die Einzelketten-Struktur unter Verwendung von denaturierenden Reagenzien zu verstehen. Schließlich wird die Quervernetzungsreaktion durch Hinzufügen aller
gerinnselbildenden Komponenten simuliert. Die Kenntnis über die Einzel-Ketten-Struktur hilft hierbei beim Auffinden der entsprechenden Parameter für die Quervernetzung.
Im Daten Diskussionsteil dieser Arbeit werden die Molekulargewichte beider Methoden, der SDS-PAGE und des Bioanalyzers, mit den Literatur-Werten und
den Daten aus SwissProt miteinander verglichen. Die Auswirkungen möglicher post-translationaler Modifikationen (PTM) begründen, warum die Ergebnisse nur über einen bestimmten Bereich vergleichbar sind.
Ziel der vorliegenden Arbeit ist es unter anderem zu zeigen, ob beide Methoden - SDS-PAGE und automatisierter Bioanalyzer - vergleichbare oder zusätzliche
Datenergebnisse liefern, und ob die SDS-PAGE durch den Bioanalyzer ersetzt werden könnte, da das Analysieren mit der Bioanalyzer Methode bequemer und zeitsparender ist.
Eine wichtige Intention war es schließlich, den besten Arbeitsbereich zur Abbildung der günstigsten Auflösung der jeweiligen Fibrinogen Protein-Peakform zu finden,
um die zuverlässigsten Molekulargewichts-Ergebnisse zu erzielen. In diesem Zusammenhang sollte gezeigt werden, welche Größenbestimmungs-Methode am empfindlichsten ist, die SDS-PAGE oder die Bioanalyzer Methode.
Abstract
(Englisch)
The main objective of this thesis is to characterise and identify the structure of
fibrinogen with two protein sizing methods in comparison: the sodium
dodecylsulfate-polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE) and the On-Chip
Protein Electrophoresis (using the Agilent 2100 Bioanalyzer), in order to get the
molecular weight (MW) from the intact fibrinogen monomer form, to show the
protein pattern, its accompanying proteins and moreover to understand the
assembling of the molecule by studying its single-chain structure when using
denaturing reagents. Finally, the fibrinogen cross-linking reaction is simulated by
adding all clot formation components together. Hereby the knowledge of the single-chain structures helps to find out the responsible parameters for cross-linking.
In the data discussion part of this thesis, molecular weights of both methods, the
SDS-PAGE and the Bioanalyzer, are compared to literature values and the data
from SwissProt. The effects from possible post-translational modifications (PTMs)
justify, why results are only comparable over a certain range. The object of this
thesis is to show, whether both methods, the SDS-PAGE and the automated
Bioanalyzer-method, provide comparable or additional data results and if the SDS-PAGE
might be replaced by the Bioanalyzer, as the Bioanalyzer method is more
comfortable and time-saving at analysis.
Finally, an important intent was to find the best operational range to image the
most favourable resolution of the fibrinogen protein peak shape, in order to achieve
most reliable molecular weight results. In this context it should be shown, which
sizing method, the SDS-PAGE or the Bioanalyzer method, is the most sensitive.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
On-chip-electrophoresis Bioanalyzer (SDS-CGE) electrophoresis microchip LIF SDS-PAGE protein sizing Fibrinogen clot formation time corrected area
Schlagwörter
(Deutsch)
On-Chip-Elektrophorese Bioanalyzer (SDS-CGE) Elektrophorese Mikrochip LIF SDS-PAGE Molekulargewichtsbestimmung Fibrinogen Blutgerinnselbildung zeitkorrigierte Fläche
Autor*innen
Yvonne Schindlegger
Haupttitel (Englisch)
Methodical comparison of the traditional slab gel electrophoresis and the modern innovation, the 2100 Agilent Bioanalyzer under the aspect of fibrinogen structure analysis
Paralleltitel (Deutsch)
Methodischer Vergleich zwischen der traditionellen Slab Gel Elektrophorese und dem modernen innovativen 2100 Agilent Bioanalyzer unter dem Aspekt der Fibrinogenstruktur-Analyse
Publikationsjahr
2011
Umfangsangabe
306 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Wolfgang Lindner
AC Nummer
AC08925809
Utheses ID
15267
Studienkennzahl
UA | 419 | | |