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Minicircle DNA Immobilization in Bacterial Ghosts (BGs):
investigation for the reduction of un-recombined mother plasmid and miniplasmid DNA in BGs
Muhammad Abbas
Art der Arbeit
Dissertation
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Werner Lubitz
DOI
10.25365/thesis.17291
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29961.51318.974863-3
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die vorliegende Arbeit „Minicircle DNA Immobilization in the Bacterial Ghosts: Investigation for the Reduction of Un-recombined Mother Plasmid DNA and Miniplasmid DNA in BGs” diskutiert die verschiedenen Möglichkeiten zur Verbesserung der aktuellen Methodik zur Herstellung von Minicircle DNA (mcDNA) beladenen Bacterial Ghosts (BGs), die frei von restlicher miniplasmid DNA (mpDNA) sowie nicht-rekombinierter mother plasmid DNA (mopDNA) sind. Spezifische Änderungen im Selbstimmobilisierenden Plasmid (SIP) beziehungsweise die Verwendung der Staphylococcal Nuclease A (SNUC) ermöglichten die Produktion von mcDNA-beladenen BGs, die überwiegend frei von mpDNA sowie nicht-rekombinierter mopDNA sind. Die Einführung einer neuen Methode zur Detektion von unterschiedlichen Formen von Plasmid DNA in BGs ermöglicht einen einfacheren, effizienteren und verlässlicheren Quantifizierungsprozess als zuvor. Durch die enzymatische Aktivität von SNUC wurde mpDNA und nicht-rekombinierter mopDNA hydrolysiert: durch quantitative Real Time PCR (qPCR) wurde gezeigt, dass 2.38% der mcDNA (23-59 Plasmidkopien/BG) von der hydrolytischen Aktivität von SNUC nicht betroffen waren. Im Übrigen verfügt dieses System über den Vorteil der Fähigkeit zur Berechnung der Rekombinationseffizienz, ohne auf densitometrische Analysen des Rekombinationsprodukts angewiesen zu sein.
Abstract
(Englisch)
This thesis “Minicircle DNA Immobilization in the Bacterial Ghosts: Investigation for the Reduction of Un-recombined Mother Plasmid DNA and Miniplasmid DNA in BGs” discusses the different possibilities for the improvement of current technique for production of minicircle DNA loaded BGs, that are free of residual miniplasmid DNA / un-recombined mother plasmid DNA. Specific changes in the Self Immobilizing Plasmid and use of staphylococcal nuclease A lead to the production of mcDNA loaded BGs that are almost free of miniplasmid DNA / un-recombined mother plasmid DNA. Introduction of new method for detection of plasmid DNA present in BGs in different forms makes the quantification process more easy, efficient and reliable. The mpDNA and un-recombined mopDNA has been hydrolyzed through the enzymatic activity of Staphylococcus aureus nuclease A (SNUC). It has shown through real time quantitative PCR that 2.38% of mcDNA (23-59 plasmid copies / BG) escaped the hydrolysis activity of SNUC. Through introduction of this new technique, mpDNA and mcDNA is quantified efficiently without the involvement of any further assumptions. This system has another advantage over old quantification method due to its ability to calculate the recombination efficiency without the densitometric analysis of recombination product.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
bacterial ghost minicircle DNA vaccine real time PCR
Schlagwörter
(Deutsch)
Bacterial Ghost Minicircle DNA vaccine Real time PCR
Autor*innen
Muhammad Abbas
Haupttitel (Englisch)
Minicircle DNA Immobilization in Bacterial Ghosts (BGs):
Hauptuntertitel (Englisch)
investigation for the reduction of un-recombined mother plasmid and miniplasmid DNA in BGs
Publikationsjahr
2011
Umfangsangabe
212 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*innen
Vladimir Zelnik ,
Christoph Herwig
Klassifikation
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC08948418
Utheses ID
15499
Studienkennzahl
UA | 091 | 441 | |