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Characterization of RNAse J in Sulfolobus acidocaldarius
Lukas Zeichen
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Udo Blaesi
DOI
10.25365/thesis.18561
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29840.82075.196366-0
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Das Exosome ist die wichtigste 3´-zu- 5´ RNA Prozessierungs- und Degradie-rungsmaschinerie in Archaea. Zusätzlich wurde kürzlich eine Exoribonuclease in Sulfolobus solfataricus (Sso-RNase J) identifiziert. In dieser Arbeit charakteri-sierten wir ein Sso-RNase J ortholog in Sulfolobus acidocaldarius (SacI-RNase J), die eine 5´ → 3´ Exonucleaseaktivität aufwies. Diese Arbeiten zeigten, dass beide Enzyme gleiche Eigenschaften aufweisen und somit ist anzunehmen, dass ein RNA Abauprozess mit 5´ → 3´ Direktionalität in Crenarcheoten vor-handen ist. Zusätzlich wurde gezeigt, dass die Bindung des Translationalen Initiations Faktors a\eIF2 (γ) an das 5´- Ende der RNA einen 5 → 3´ Abbau durch SacI-Rnase J inhibiert.
Um die biologische Relevanz von RNase J in Crenarcheoten nä-her zu beleuchten, wurde eine SacI-RNase J Deletationsmutante konstruiert und das Transkriptom mittels „high throughput RNA sequencing“ analysiert. In Abwesenheit von SacI-RNases J wurden 667 Gene detektiert, deren Transkrip-te häufiger bzw. weniger häufig vorkamen. Dies deutet auf eine komplexe Rolle der Rnase J im RNA Metabolismus von Crenarcheoten hin.
Abstract
(Englisch)
In Archaea the exosome is a 3´-to- 5´ RNA processing and degaradation ma-chinery. However, recent studies identified a 5´-to- 3´ exoribonuclease termed Sso-RNAse J in the crenarchaeum Sulfolobus solfataricus (Sso). Here, we characterized a Sso-RNase J orthologue in Sulfolobus acidocaldarius (SacI-RNase J), which comprises typical signature motifs of the β-CASP family of metallo-β-lactamases. Our studies revealed the similarities between Sso-RNase J and SacI-RNase J and suggest a conserved 5´-to- 3´ degradation process in the crenarchaeal clade of Archaea. In addition, we showed that binding of trans-lation initiation factor a/eIF2 (γ) to the 5´-end of RNA counteracts the 5´-to- 3´ exoribonucleolytic activity of SacI-RNase J in vitro.
To address the biological significance of the RNase J orthologue in S. acidocaldarius, a deletion mutant strain was constructed and the effect of SacI-RNase J on the transcriptome was studied by high throughput RNA sequencing. The absence of SacI-RNases J revealed 667 genes whose transcript abun-dance was either increased or decreased, suggesting a complex role of this ribonuclease in both degradative and regulatory processing events.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
RNase J Sulfolobus acidocaldarius Archaea
Schlagwörter
(Deutsch)
RNase J Sulfolobus acidocaldarius Archaea
Autor*innen
Lukas Zeichen
Haupttitel (Englisch)
Characterization of RNAse J in Sulfolobus acidocaldarius
Paralleltitel (Deutsch)
Charakterisierung von RNase J in Sulfolobus acidocaldarius
Publikationsjahr
2012
Umfangsangabe
74 S.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Udo Blaesi
Klassifikation
42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie
AC Nummer
AC10757277
Utheses ID
16632
Studienkennzahl
UA | 490 | | |