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Illuminating the gut
design and application of fluorescence in situ hybridization probes targeting health state-associated intestinal bacteria for quantification and single cell analysis
Jochen Reichert
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Michael Wagner
DOI
10.25365/thesis.20129
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29944.89086.352270-0
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Der Säugetierdarm beherbergt eine außergewöhnliche Anzahl und Vielfalt an Mikroorganismen, die verschiedene Rollen in Ernährung, Gesundheit und Krankheit spielen. Die Biologie vieler dieser Mikroorganismen bleibt ungeklärt, aber Dysbiose zwischen dem Immunsystem des Wirts und der Darmmikrobiota kann manchmal zu pathologischen Erscheinungen beim Menschen, wie chronisch-entzündlichen Darmerkrankungen (IBD), führen. Das InflammoBiota Projekt hat zum Ziel, Mikroorganismen und mikrobielle Aktivitäten zu identifizieren, welche wichtig für die Induktion, Verschlechterung und Ausbreitung der Kolitis im experimentellen Mausmodell sind. Das Ziel der Diplomarbeit war das Designen und Testen von Fluoreszenz-in situ-Hybridisierungs-(FISH)-Sonden zur Identifizierung und Optimierung der Detektion bestimmter Darmbakterien, sowie die Entwicklung eines Standard-Protokolls für die Vorbereitung von Darmproben zur Analyse mit NanoSIMS. Es wurden Sonden für sieben Gesundheits- und Krankheits-assoziierte Darmbakterien entwickelt und verwendet um die Häufigkeit dieser Bakterien während der Entwicklung von Kolitis im Mausmodell zu bestimmen. Darüber hinaus wurde ein Protokoll zur Probenvorbereitung von Gewebe-Semidünnschnitten und ganzen Zellen für NanoSIMS Analysen etabliert. Die Ergebnisse dieser Diplomarbeit sind Teil einer wissenschaftlichen Publikation (Berry et al. 2012. ISME Journal, in Druck).
Abstract
(Englisch)
The mammalian gut harbors a huge variety of microorganisms, which play various roles in nutrition and disease development. In this ecosystem, dysbiosis between the hosts immune system and gut microbiota can have pathologic effects like inflammatory bowel disease (IBD). The aim of the InflammoBiota project is to identify microorganisms and microbial activity responsible for induction and development of colitis in experimental mouse models. The aim of this diploma thesis was to design and evaluate probes for fluorescence-in situ-hybridization (FISH) to identify and quantify specific bacteria in the gut, and also to develop a protocol for sample preparation for NanoSIMS analysis. Seven probes for health state-associated intestinal bacteria were developed und used for quantification during colitis development in mice. In addition, a protocol for sample preparation of semi-thin cuts from tissue and whole cell samples for NanoSIMS analysis was established. The results of this thesis are part of a scientific publication (Berry et al. 2012. ISME Journal, in press).
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
FISH Microorganisms Gut IBD Colitis Mouse NanoSIMS Semi-thin cut
Schlagwörter
(Deutsch)
FISH Mikroorganismen Darm IBD Kolitis Maus NanoSIMS Dünnschnitt
Autor*innen
Jochen Reichert
Haupttitel (Englisch)
Illuminating the gut
Hauptuntertitel (Englisch)
design and application of fluorescence in situ hybridization probes targeting health state-associated intestinal bacteria for quantification and single cell analysis
Paralleltitel (Deutsch)
Der Darm : Design and Anwendung von Sonden für die Fluoreszenz in situ Hybridisierung zur Quantifizierung und Einzelzellanalyse spezifischer Gesundheits- und Krankheits-assoziierter Darmbakterien
Publikationsjahr
2012
Umfangsangabe
129 S.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Michael Wagner
AC Nummer
AC10863152
Utheses ID
18003
Studienkennzahl
UA | 441 | | |