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A distributed data aggregation platform for plant metabolomics and biochemistry
Lorenz Sauer
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Wolfram Weckwerth
DOI
10.25365/thesis.20931
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29066.55875.679466-8
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Metabolomics ist eine wissenschaftliche Disziplin die sich mit der unverfälschten
Messung und Charakterisierungs aller kleinen molekularen Verbindungen innerhalb
eines Organismus beschäftigt. Durch den Umgang mit Metaboliten, ist die physische
Granularität feiner als in anderen Omics-Disziplinen und damit die Menge der Daten-
Generierung. Die Daten-Situation wird durch die erschöpfende Zahl von Metaboliten in
Pflanzen aufgrund eines komplexen sekundären pflanzlichen Stoffwechsel verschärft.
Metabolomics ist eng mit der Systembiologie verknüpft und ermöglicht Einblick in
Pflanzen-Prozesse. Diese Erkenntnisse werden beispielsweise bei der Suche neuer
Heilmittel gegen Diabetes, Fettleibigkeit und Krebs angewendet. Die Systembiologie
und Metabolomics-Community bietet eine große Fülle von Daten, Werkzeugen und
ergänzende Informationen von spezialisierten Forschungsgebieten, die schrittweise
erweitert und aktualisiert werden, - an unterschiedlichen Standorten und in
unterschiedlichen Datenformaten. Wünschenswert, im Bereich der Metabolomik und
Biochemie wäre eine schnelle, aktuelle Forschungs-Übersicht mit ungehinderten
Zugriff auf Daten, und ohne die Notwendigkeit zur Untersuchung der Art der zugrunde
liegenden Daten und deren Formate.
Beschrieben wird hierin, die Motivation, Implementierung, Herausforderung und
Perspektiven eines Metabolomics Aggregation - Portals, und dessen zugrunde
liegende, offene, service-orientierte Architektur (SOA),die gefügig für Aspekte des
verteilten Rechnens ist. Metabolomics, als rechnerisch anspruchsvolle und
datenintensive Disziplin mit einem vielen Datentypen und verstreuten Datensätzen,
wird geholfen durch die prototypische Umsetzung eines Aggregations web-Portals.
Das zugrundeliegendes Toolkit ermöglicht die schnelle Entwicklung von
wissenschaftlichen Web-Applikationen (RAD) und Metabolomics bezogenen Web-
Services.
Abstract
(Englisch)
Metabolomics is a scientific discipline concerned with the unbiased measurement and
characterization of all small molecular compounds within an organism. By dealing with
metabolites, physical granularity is finer than in other Omics disciplines and, inextrica-
bly, the amount of data generation. The situation is aggravated by the exhaustive
number of metabolites in plants, owing to a complex secondary plant metabolism.
Metabolomics is tightly interwoven with Systems Biology, thereby gaining functional
insight into plant processes. This knowledge is applied for instance in the quest of find-
ing new remedies against diabetes, obesity and cancer. The Systems Biology and Me-
tabolomics communities offer vast amounts of data, tools and supplementary informa-
tion of specialist research areas, which are incrementally expanded and updated at
many different locations and in many different data formats. Desirable to the field of
Metabolomics and Biochemistry would be a quick up-to-date research-overview with
unimpeded data accessibility, and without the need for deeper initial investigation into
the nature of the underlying data and its formats.
Described herein are the motivation, implementation, challenges and future outlook of
a Metabolomics summarization portal, and its underlying open-ended service-oriented
architecture (SOA), amenable to aspects of distributed or cloud computing. Metabo-
lomics, as a computationally demanding and data-intensive discipline, subject to a
broad range of data types and distributed data-sets, is aided by the prototypal imple-
mentation of an aggregation web portal.
The underlying toolkit provides rapid application development (RAD) of scientific web-
applications and Metabolomics related web-services.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Arabidopsis Plant Metabolomics Aggregation Web Portal SOA Database Metabolomics Visualization Web Application Service Oriented Architecture
Schlagwörter
(Deutsch)
Arabidopsis Plant Metabolomics Aggregation Web Portal SOA Database Metabolomics Visualization Web Application Service Oriented Architecture
Autor*innen
Lorenz Sauer
Haupttitel (Englisch)
A distributed data aggregation platform for plant metabolomics and biochemistry
Paralleltitel (Deutsch)
Eine distributierte Daten Aggregations Platform für Pflanzen Metabolomik und Biochemie
Paralleltitel (Englisch)
A Distributed Data Aggregation Platform for Plant Metabolomics and Biochemistry
Publikationsjahr
2012
Umfangsangabe
100 S.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Wolfram Weckwerth
AC Nummer
AC10882239
Utheses ID
18718
Studienkennzahl
UA | 490 | | |