Detailansicht
Extension of imprinted silencing in the Igf2r cluster in extra-embryonic tissues
Daniel Andergassen
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Denise Barlow
DOI
10.25365/thesis.21593
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30095.63263.822163-8
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Geprägte Gene kommen in Gruppen vor, welche meist von einer makro-nichtprotein-
kodierende (mnk) RNA reguliert werden. Die inneren Gene der
Gruppe können von der mnk RNA überlappt werden und zeigen im gesamten
Embryo und in extra-embryonalen Geweben geprägte Expression. Die
äußeren Gene der Gruppe werden nicht von der mnk RNA überlappt und
zeigen nur in extra-embryonalen Geweben eine geprägte Expression. Extraembryonales
Gewebe besteht aus unterschiedlichen Zelltypen und kann von
mütterlichem Gewebe kontaminiert werden. Dadurch kann die genomische
Prägung des untersuchten Gens durch biallelische Expression im
kontaminierenden Gewebe maskiert werden.
Um Kontaminationen zu vermeiden, haben wir eine effiziente Methode
entwickelt, um eine pure Population von viszeralem Endoderm (VE) aus dem
Dottersack zu isolieren. VE ist somit eine gutes extra-embryonales Model-
Gewebe um neue geprägte Gene zu finden. Die monoallelische “T-hairpin”
Deletion, welche die gut charakterisierte geprägte Igf2r Gengruppe
einschließt, wird genutzt um im VE nach neuen geprägten Genen zu suchen.
In der Igf2r Gengruppe reguliert die mnk RNA Airn die Expression der
geprägten Gene. Um zu testen, ob ein geprägtes Gen zu der Igf2r Gengruppe
gehört, habe ich untersucht ob dieses von Airn reguliert wird. Dabei habe ich
Wildtyp Embryonen mit Embryonen verglichen, welche eine gekürzte, nicht
funktionelle Variante von Airn exprimieren. Mit diesem Ansatz habe ich 15
Gene getestet, wovon drei vorranging vom mütterlichen Allele exprimiert
werden. Zusätzlich zeigen meine vorläufigen Daten, dass das in der Plazenta
mütterliche geprägte Gen Pde10a von Airn reguliert wird. Zusammenfassend
zeigen meine Ergebnisse, dass die Igf2r Gruppe nicht wie bisher
angenommen 440Kb groß ist, sondern sich in extra-embryonalen Gewebe auf
bis zu 4Mb ausbreitet.
Abstract
(Englisch)
Imprinted genes occur in clusters, several of which are regulated by a macro
long non-protein-coding (lnc) RNA. Inner genes within the cluster can be
overlapped by the macro lncRNA and show multi-lineage (ML) imprinted
expression in the embryo and extra-embryonic tissues, while outer genes are
not overlapped by the macro lncRNA and show extra-embryonic-lineage
(EXEL) specific imprinted expression. Extra-embryonic tissues are a mixture
of ML and EXEL cell types, so imprinted expression may be masked by
biallelic expression in ML tissues if a whole organ is examined. We have
developed an efficient method to isolate a pure population of visceral
endoderm (VE), an EXEL cell type, providing a system to discover new
imprinted genes as EXEL tissues show imprinted expression of both, ML and
EXEL genes, and masking is avoided. Using this system I have taken
advantage of the T-hairpin uniparental deletion to systematically check for the
limits of the well-characterised Igf2r cluster. Imprinted genes can be
definitively shown to be part of these Igf2r cluster by determining if they are
regulated by the Airn macro lncRNA. This is done by comparing wildtype
embryos with those containing a truncated and non-functional Airn. Using this
system I have tested 15 genes and identified three genes showing biased
imprinted expression in VE and shown that they are part of the Igf2r cluster. In
addition, I have preliminary data confirming a recent report that Pde10a
shows imprinted expression in placenta, and have shown that imprinted
silencing is regulated by Airn. Taken together these results extend the known
region showing imprinted expression in the Igf2r cluster from 440Kb up to
4Mb in extra-embryonic tissues.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
genomic i/ Igf2r cluster extra-embryonic tissues
Schlagwörter
(Deutsch)
geprägte Gene Igf2r extraembryonales Gewebe
Autor*innen
Daniel Andergassen
Haupttitel (Englisch)
Extension of imprinted silencing in the Igf2r cluster in extra-embryonic tissues
Paralleltitel (Deutsch)
Ausbreitung der Igf2r Gen Gruppe in extraembryonalem Gewebe
Publikationsjahr
2012
Umfangsangabe
66 S. : graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Denise Barlow
Klassifikation
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC10725144
Utheses ID
19304
Studienkennzahl
UA | 490 | | |