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Characterization of macro non-protein-coding RNAs in the mouse genome
Wolfgang Allhoff
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Denise Barlow
DOI
10.25365/thesis.23740
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29418.86286.977366-4
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Innerhalb des Igf2r Clusters im Genom der Maus überlappt die väterlich exprimierte, lange nicht protein-kodierende RNA (macro long non-codingRNA, macro lncRNA) Airn mit dem Igf2r Gen in entgegengesetzter transkriptioneller Orientierung. Dadurch wird die väterliche Kopie des Igf2r Gens sowohl in embryonalen als auch in adulten Geweben stillgelegt.
Verkürzungen vom 3’-Ende zeigten, dass ein Großteil des Airn-Transkripts nicht zur Stilllegung von Igf2r benötigt wird. Um den funktionellen Abschnitt von Airn weiter einzuengen, wurde der Airn Promoter unmittelbar vor den Igf2r Promoter verschoben (forward Airn promoter, FAP). Diese Verkürzung vom 5’- Ende hatte jedoch keinen negativen Effekt auf die Stilllegung von Igf2r. In meiner Diplomarbeit habe ich ein in vitro Stammzell-Differenzierungssystem verwendet, um den Chromatinstatus der Igf2r Promoterregion in Zellen zu untersuchen, die eine väterliche Kopie des FAP-Alleles tragen. Im Wildtyp ist der Igf2r Promoter üblicherweise methyliert und durch repressive Histonmodifikationen gekennzeichnet. Ich konnte jedoch zeigen, dass in differenzierten FAP-Zellen keine Methylierung des Igf2r Promoters stattfindet, dennoch wurde Igf2r stillgelegt. Zusätzlich zeigte der inaktive Igf2r Promoter eine Histonmodifikation, die mit transkriptioneller Aktivierung assoziiert ist. Diese Daten unterstützen die Hypothese, dass Airn nicht über die Interaktion mit inaktivierenden Proteinen funktioniert, sondern Transkription durch den überlappten Igf2r Promoter ausreichend ist um Igf2r am väterlichen Chromosom stillzulegen. Weiters habe ich ein Zellkultursystem etabliert um die Stabilität von lncRNAs zu untersuchen. Die Halbwertszeit ist einer der Parameter um die Funktion von lncRNAs einzuschätzen. Eine stabile RNA indiziert eine Funktion des RNA Produkts, während eine instabile RNA darauf hinweist, dass die Transkription der biologisch relevante Mechanismus ist.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
macro nicht-protein-codierende RNA
Autor*innen
Wolfgang Allhoff
Haupttitel (Englisch)
Characterization of macro non-protein-coding RNAs in the mouse genome
Paralleltitel (Deutsch)
Charakterisierung von macro nicht-protein-codierenden RNAs im Genom der Maus
Publikationsjahr
2012
Umfangsangabe
97 S.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Denise Barlow
Klassifikation
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC10720709
Utheses ID
21227
Studienkennzahl
UA | 490 | | |