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Establishment of a reference database for Acanthamoeba, Legionella and non-tuberculous mycobacteria using MALDI TOF MS (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time of Flight Mass Spectrometry)

Dzenita Hasanacevic

Art der Arbeit

Diplomarbeit

Universität

Universität Wien

Fakultät

Fakultät für Lebenswissenschaften

Betreuer*in

Julia Walochnik

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DOI

10.25365/thesis.24176

URN

urn:nbn:at:at-ubw:1-30007.65507.402464-4

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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract

(Deutsch)

Acanthamoeba spp. gehören zu den häufigsten Protozoen welche in verschiedenen Lebensräumen auf der ganzen Welt gefunden wurden. Neben zahlreichen schweren Infektionen können sie auch die Acanthamoeba-Keratitis (AK) und die granulomatöse Amöben-Enzephalitis (GAE) hervorrufen. Darüber hinaus können sie als Vektoren für Legionellen, Mykobakterien und auch andere wichtige menschliche Krankheitserreger dienen. Auch die ubiquitär vorkommenden Legionellen, können aus verschiedenen Habitaten isoliert werden. Der Erreger der Legionärskrankheit (Legionellose) ist in den meisten Fällen L. pneumophila. Nicht-tuberkulöse Mykobakterien (NTM), welche neben potenziell tödlicher Infektionen der Lunge und des Weichteilgewebes ebenso eine Lymphadenitis oder eine mykobakterielle Erkrankung hervorrufen können, gehören zur der Gattung Mycobacterium, zu der auch die Arten M. tuberculosis und M. leprae angehören. Der MALDI Biotyper ist ein neues, schnelles und kostengünstiges Gerät zur Artbestimmung auf der Basis der Proteinzusammensetzung eines Organismus. Das Ziel der vorliegenden Studie war die Erstellung einer Referenzdatenbank anhand von Protein-Massenspektren für Akanthamöben, Legionellen und nichttuberkulöse Mykobakterien mit Hilfe des MALDI-TOF-MS und der MALDI Biotyper Software. Die Organismen wurden auf verschiedenen Kulturmedien (Akanthamöben auf NN-Agar-Platten, Legionellen auf BCYE Platten und NTM auf dem Löwenstein Medium) kultiviert. Vor der Erstellung der Referenzdatenbank wurden die Organismen einem Reinigungsschritt unterzogen. Während der Diplomarbeit wurden insgesamt drei Referenz-Datenbanken erfolgreich mit acht verschiedenen Akanthamöbenstämmen, 39 verschiedene Legionellenstämmen und acht verschiedene NTM-Stämme erstellt. Die neu erstellten Datenbanken mit dem MALDI Biotyper werden der wesentlich schnelleren Identifizierung von Mikroorganismen dienlich sein.

Abstract

(Englisch)

Acanthamoeba spp. are among the most common protozoa, found in various habitats all over the world. They can provoke severe infections, including Acanthamoeba keratitis (AK) and granulomatous amoebic encephalitis (GAE). Moreover, they can serve as hosts and vehicles for legionellae, mycobacteria and several other important human pathogens. Also the ubiquitous bacteria Legionella spp. can be isolated from various habitats. The causative agent of Legionnaires´ disease (legionellosis) is in most cases L. pneumophila. Non-tuberculous mycobacteria (NTM), which can provoke potentially lethal lung infections, lymphadenitis, soft tissue disease and disseminated mycobacterial diseases, belong to the genus Mycobacterium and to the family Mycobacteriaceae, as also M. tuberculosis and M .leprae. The MALDI Biotyper is a new, rapid and cost-effective device for species identification based on the analysis of the protein composition of an organism. The aim of the present study was the establishment of a reference database for protein mass spectra of Acanthamoeba spp, Legionella spp. and nontuberculous mycobacteria using the MALDI TOF MS and the MALDI Biotyper software. The organisms were cultivated on different culture media (Acanthamoeba on NN-agar plates, Legionella on BCYE plates and NTM on Lowenstein medium). For the establishment of a reference database the organisms were subjected to a purification process. During the diploma thesis three reference databases were successfully established with eight different Acanthamoeba strains, 39 different Legionella strains, and eight different NTM strains, respectively. The newly established databases will serve as essential tools for the rapid identification of these microorganisms with the MALDI Biotyper.

Autor*innen

Dzenita Hasanacevic

Haupttitel (Englisch)

Establishment of a reference database for Acanthamoeba, Legionella and non-tuberculous mycobacteria using MALDI TOF MS (Matrix Assisted Laser Desorption Ionisation Time of Flight Mass Spectrometry)

Paralleltitel (Deutsch)

Erstellung einer Referenz-Datenbank für Akanthamöben, Legionellen und nichttuberkulöse Mykobakterien mit dem MALDI-TOF (Matrix-unterstützte Laser-Desorption/Ionisation)

Publikationsjahr

2012

Umfangsangabe

108 S. : Ill., graf. Darst.

Sprache

Englisch

Beurteiler*in

Julia Walochnik

Klassifikationen

42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie ,

42 Biologie > 42.35 Protistologie

AC Nummer

AC10735164

Utheses ID

21621

Studienkennzahl

UA | 442 | | |

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