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ORF79 - a putative regulator of gene expression in ɸCH1 and analysis of gp3452 as a tail fibre protein of Nab. magadii

Judith Beraha

Art der Arbeit

Diplomarbeit

Universität

Universität Wien

Fakultät

Zentrum für Molekulare Biologie

Betreuer*in

Angela Witte

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DOI

10.25365/thesis.29413

URN

urn:nbn:at:at-ubw:1-29242.94764.156765-8

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Abstracts

Abstract

(Deutsch)

Lange Zeit stand die Gruppe der Archaeen nicht im Fokus der Wissenschaft bis Woese sie 1987 als dritte Domäne des Lebens definierte. Danach gewann die Arbeit mit Archaeen mehr und mehr an Bedeutung, da sie Eigenschaften besitzen, die andere Organismen nicht aufweisen. In dieser Studie wird der halophile Virus ɸCh1, der das haloalkalophile Archaeum Nab. magadii infiziert, genauer untersucht. Zwei offene Leserahmen von ɸCh1, ORF49 and ORF79, sind von besonderem Interesse, da sie scheinbar repressive- sowie regulatorische Elemente in der Lyse von Nab. magadii darstellen. ORF49 steht im Mittelpunkt dieser Arbeit aufgrund der Entdeckung eines Nab. magadii Stammes, der eine mutierte Version von ɸCh1, ɸCh1-1, trägt. Der mutierte Stamm weist unter anderem eine frühere Lyse sowie eine vermehrte Plaque Rate auf. Weitere Studien zeigten, dass ɸCh1-1 eine Mutation in ORF49 trägt, was Veranlassung war, diesen offenen Leserahmen detailliert zu untersuchen. Die Unterdrückung der Lyse durch gp49 sowie die Fähigkeit von gp49, DNA zu binden, konnten nachgewiesen werden. Weiterhin konnte die exakte Position der DNA Bindungsdomäne sowie die Region, die zuständig für die repressive Aktivität ist, bestimmt werden. Der Verlust der DNA Bindungsdomäne führt jedoch nicht zum Verlust des repressiven Effekts von gp49. Das gibt Anlass zu der Vermutung, dass gp49 die Fähigkeit besitzt, Dimere mit anderen viralen Proteinen zu bilden. Auch dies wird in dieser Arbeit genauer untersucht. Die Annahme, dass gp79 eine repressive Aktivität besitzt, wurde anders als bei gp49 durch die Erstellung einer Deletion von ORF79 getroffen. Zu dieser Zeit war die Funktion von ORF79 noch unbekannt. Der Stamm der die Mutation trägt zeigt ebenfalls eine frühere Lyse sowie eine abnormale Regulation der Expression bestimmter Proteine von ɸCh1. Die Komplementierung von L11-ΔORF79 sowie eine Studie über die Position der Promoterregion von ORF79 werden in dieser Arbeit genauer untersucht. Die Untersuchung eines Gens, das eine site specific Rekombinase, die Integrase1 von ɸCh1, codiert, führte zu der Entdeckung von verschiedenen gp34 und gp36 Varationen. Die integrase1 fördert den Austausch von Teilen der 3´ Sequenz von den offenen Leserahmen ORF34 und ORF36, die ORF35 (int1) umgeben. Im Gegensatz zu gp36 hat eine Variante von gp34, gp3452, die Fähigkeit an die Zelloberfläche von Nab. magadii zu binden. Diese Strategie könnte der Schlüssel zum Verständnis darüber sein in welcher Weise die Infektion der Wirtszelle durch ɸCh1 erfolgt. In dieser Arbeit wird die Überexpression von int1 mit Hilfe des induzierbaren Promoters tnaN von Nab. magadii diskutiert. tnaN stellt den Promoter der Tryptophanase dar und ist deshalb mit Tryptophan induzierbar. Zusätzlich wird die Bindung von gp3452 an ein anderes halophiles Archaeum, Nbt. gregoryi, untersucht.

Autor*innen

Judith Beraha

Haupttitel (Englisch)

ORF79 - a putative regulator of gene expression in ɸCH1 and analysis of gp3452 as a tail fibre protein of Nab. magadii

Paralleltitel (Deutsch)

ORF79 – ein putativer Regulator in der Genexpression von ɸCh1 und Analyse von gp3452, ein Schwanzfaserprotein von Nab. magadii

Publikationsjahr

2013

Umfangsangabe

100 S. : Ill.

Sprache

Englisch

Beurteiler*in

Angela Witte

Klassifikation

42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie

AC Nummer

AC11678854

Utheses ID

26242

Studienkennzahl

UA | 441 | | |

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