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In-silico models for the characterization of compounds interfering with clinical relevant ABC-multidrug-transporters
Michael Alexander Demel
Art der Arbeit
Dissertation
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Gerhard F. Ecker
DOI
10.25365/thesis.30426
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29514.11219.789260-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Humane ABC-Transporter spielen eine entscheidende Rolle bei der Verteilung von Arzneistoffen im menschlichen Körper und sie sind auch an der Entstehung der multiplen Arzneistoff-Resistenz in Zusammenhang mit Chemotherapie beteiligt. In-silico Klassifikationsmodelle stellen eine schnelle, effiziente und kostengünstige Methode zur identifizierung von ABC-Transporter Substraten dar. In dieser Arbeit kommen verschiedene "Machine Learning Algorithmen" (Rule-based Modelling, RandomForests, Support Vector Machines), die zur Klassifizierung von ABC-Transporter Substraten und Nicht-Substraten dienen, zur Anwendung. Von einem methodischem Standpunkt werden unterschiedliche "Feature Selection"-Methoden, neue chemische Deskriptoren und Maße zur Abschätzung der "Applicability Domain" evaluiert. Zusätzlich wird noch die neue pharmakologische Klasse der sog. "MDR-selective ("collateral sensitive") compounds" mithilfe von Network-like Similarity Graphs (NSGs) charakterisiert.
Abstract
(Englisch)
Human ABC-transporters, which act as drug carriers, are notorious for their pivotal role in influencing the pharmacokinetic fate of a plethora of marketed drugs and also for their contribution to MDR, a leading cause of failure of anti-cancer pharmacotherapy in clinical practice. In-silico methods have gained a lot of acceptance in the last years with respect to understand the molecular triggers that drive biological activity of small molecules on the one hand but also with respect to support rational decision making in early phases of drug development on the other hand. In this thesis different machine learning algorithms (Rule-based Modelling, SVM, RandomForests) are employed to characterize proprietary and public data sets of ABC-Transporter substrates and non-substrates. From a pharmacological viewpoint the thesis will concentrate on ABCB1. From a methodological viewpoint the thesis concentrates on the assessment of different feature selection methods, descriptor development (extension of the SIBAR approach), and evaluation of distance-to-model (applicability domain) measurements. An additional focus is also the in-silico characterization of MDR-selective ("collateral sensitive") molecules by means of Network-like Similarity Graphs (NSGs).
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Pharmacoinformatics chemoinformatics in-silico drug discovery machine learning multidrug transporter ABC-Transporter polyspecificity random Forests feature selection rule-based modelling
Schlagwörter
(Deutsch)
Pharmakoinformatik Chemoinformatik in-silico Arzneistoffforschung, Maschinelles Lernen, multidrug transporter, ABC-Transporter
Autor*innen
Michael Alexander Demel
Haupttitel (Englisch)
In-silico models for the characterization of compounds interfering with clinical relevant ABC-multidrug-transporters
Paralleltitel (Deutsch)
In-silico Modelle zur Charakterisierung von Verbindungen, die mit klinisch relevanten ABC-Multidrug-Transportern interferieren
Publikationsjahr
2013
Umfangsangabe
XV, 264 S. : Ill., graf. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*innen
Ferran Sanz ,
Rudolf Karch
Klassifikationen
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.30 Naturwissenschaften in Beziehung zu anderen Fachgebieten ,
35 Chemie > 35.06 Computeranwendungen
AC Nummer
AC11335968
Utheses ID
27120
Studienkennzahl
UA | 796 | 610 | 449 |