Detailansicht
The function of gp34 and its regulation by ORF79 of φCh1 as well as the influence of other regulation elements
Christoph Hofbauer
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molekulare Mikrobiologie und Immunbiologie
Betreuer*in
Angela Witte
DOI
10.25365/thesis.35424
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29825.59364.529259-6
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Das Verständnis der Regulation von Viren ermöglicht die Entwicklung von Methoden für genetische Manipulation sowie die Synthese von Proteinen in der Wirtszelle. Vor allem in noch weniger erforschten Organsimen ist die Entwicklung neuer Methoden essentiell. Diese Masterarbeit beschäftigt sich mit der Regulation des Virus φCh1, der das haloalkaliphile Archaeon Natrialba magadii infiziert.
Der erste Teil dieser Arbeit untersucht die Regulation des tail fibre Proteins gp34. Dieses Protein ist Teil eines Phasenvariationssystem und kann in zwei Orientierungen produziert werden. Die Produktion beider Varianten in dem vom Virus geheilten Stamm Nab. magadii L13 zeigte, dass bei einer Variante der Virustiter stark verringert wird. Das Ergebnis bestätigt somit, dass nur eine Version die Bindung an die Wirtszelle ermöglicht. Eine weitere Analyse der Regulation zeigte, dass die Regulatoren ORF48 und ORF49 keinen Einfluss auf ORF34 haben, jedoch ORF44 die Expression inhibiert. Eine mögliche Erklärung ist die Homologie von ORF44 zu einer PIN-Domäne Nuclease und somit zu einem Toxin- Antitoxin System.
Der zweite Teil beschäftigt sich mit dem ORF34 Regulator ORF79. In einer früheren Arbeit wurde die inhibierende Wirkung dieses Regulators auf ORF34 gezeigt. Um zu zeigen, ob ORF79 spezifisch auf ORF34 wirkt, wurde der Einfluss auf andere Proteine von φCh1 untersucht. Dazu wurde das Protein Soj ausgewählt und ein Antikörper dagegen hergestellt. Das Protein zeigte keinen Regulationseffekt durch ORF79, aber einen Einfluss auf die Stabilität des Plasmides. Dies kann durch die Homologie von Soj zu Partitionierungsproteinen erklärt werden. Deshalb wurde zusätzlich die Produktion der Methyltransferase unter Einfluss von ORF79 untersucht. Hier konnte erneut kein Regulationseffekt von ORF79 auf die Expression festgestellt werden. Weiters wurde das Expressionsmuster von ORF79 im Vergleich zu ORF34 untersucht.
Im letzten Teil dieser Arbeit wurde versucht eine Deletionsmutante des ORF49 zu konstruieren. Dieser ORF49 ist involviert in den Wechsel vom lysogenen zum lytischen Lebensstil des Virus. Eine homozygote Mutante sollte dieses Protein weiter charakterisieren. Doch der Versuch blieb ohne Erflog, da es nicht möglich war alle Kopien von ORF49 aus der Zelle zu löschen.
Abstract
(Englisch)
Understanding of the regulation of the viral life cycle is important to develop tools for genetic manipulation or protein synthesis in the host organism. This is especially important for less studied organisms. This thesis therefore concerns the transcriptional regulation of the virus φCh1, which infects the haloalkaliphilic archaeon Natrialba magadii.
The first part of this thesis deals with the regulation of the tail fibre protein gp34. This protein is a part of a phase variation system, in which the C-terminal end can be exchanged to produce two different orientation of this protein. Production of each variant in the cured strain Nab. magadii L13, showed that the (+) orientation reduces the infectivity of φCh1. This result is another confirmation that only one orientation of gp34 is able to adsorb to Nab. magadii. It has been further shown, that the lysogeny regulators ORF48 and ORF49 have no influence on the production of the tail fibre protein. However, ORF44 has a repressing effect on ORF34. ORF44 is a part of a putative archeal toxin- antitoxin system and has homologies to a PIN-domain nuclease. The antitoxin of ORF43 prevents this repressing effect.
The focus of the second part of this thesis lies on the ORF34 regulator ORF79. Previous experiments revealed a repressing activity of ORF79 on the production of gp34. Here, the specificity of the regulator was tested by co-expression with other φCh1 genes. The first investigated gene was soj. In the course of this experiment an antibody against the protein Soj was created. It has been shown that the production of this protein is not regulated by ORF79, but this protein had an influence on plasmid stability. This could be explained by the homologies of Soj to partitioning proteins. For this reason the influence of ORF79 on a second protein was observed. Therefore, the methyltransferase was used, which is also not affected by ORF79. Additionally, the expression pattern of ORF79 was monitored and compared with the expression pattern of ORF34.
The last part of this thesis deals with the regulator ORF49, which is involved in the switch between lysogenic and lytic life style. To further characterize this ORF, I tried to construct a homozygous deletion mutant. This attempt failed, because the complete deletion of the wild type ORF49 was not possible.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Natrialba magadii φCh1 regulation tail fibre protein phase variation system
Schlagwörter
(Deutsch)
Natrialba magadii φCh1 Regulation tail fibre Protein Phasenvariationssystem
Autor*innen
Christoph Hofbauer
Haupttitel (Englisch)
The function of gp34 and its regulation by ORF79 of φCh1 as well as the influence of other regulation elements
Paralleltitel (Deutsch)
Die Funktion von gp34 und die Regulation durch ORF79 von φCh1 sowie der Einfluss anderer Regulationselemente
Publikationsjahr
2015
Umfangsangabe
86 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Angela Witte
Klassifikationen
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie
AC Nummer
AC12191578
Utheses ID
31390
Studienkennzahl
UA | 066 | 830 | |