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Computational refinement of SHAPE - RNA probing experiments
Roman Wilhelm Ochsenreiter
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Chemie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Biologische Chemie
Betreuer*in
Ivo Hofacker
DOI
10.25365/thesis.35725
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29374.85681.740663-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Ribonukleinsäuren (RNS) sind von fundamentaler Bedeutung für viele essentielle biochemische Prozesse des Lebens. Nachdem die Funktion eines Moleküls nur im Kontext seiner Struktur sinnvoll erfasst werden kann, war die Entwicklung von Strukturaufklärungsmethoden seit jeher Gegenstand von Untersuchungen. Als Resultat dieser jahrzehntelangen Anstrengungen, kann heute auf ein breites Repertoire aus biochemischen und computergestützten Werkzeugen zur Strukturaufklärung zurückgegriffen werden.
In jüngster Zeit erlebt das Forschungsgebiet eine neue Dynamik, getragen durch die Entwiklung der biochemischen Probingmethode SHAPE, und davon weiterführend Mutate and Map - SHAPE. Durch die Beseitigung einiger limitierender Faktoren bisheriger Probingmethoden, verspricht SHAPE die Aufklärung von RNA-Struktur auf einer bisher mit biochemischen Methoden unerreichten Auflösung - wenn auch mit einem deutlich höheren materiellen Aufwand, verglichen mit anderen Probingmethoden.
Der Erfolg von SHAPE wurde in weiterer Folge durch die Entwicklung neuer Hochdurchsatzverfahren und den dazugehörigen Analysetools begünstigt. Dadurch ist es heute möglich, in kurzen Zeiträumen enorme Mengen an RNA-Sequenzen mittels probings zu untersuchen.
Trotz der dadurch mittlerweile beträchtlichen Menge an verfügbaren Daten, ist die genaue Funktionsweise von SHAPE immer noch unzureichend untersucht. Das Ziel dieser Masterarbeit war es, durch die Analyse der verfügbaren Probingdaten genauer das Verhalten von SHAPE zu verstehen, um darauf aufbauend die Mutate&Map-Technik durch Zurhilfenahme von computergestützten Methoden optimieren und in
ihrer Aufwändigkeit zu reduzieren.
Abstract
(Englisch)
Ribonucleic acid (RNA) plays a fundamental role in life’s biochemical processes. Since a molecules function cannot be studied without knowledge of its structure, the development of structure elucidation methods was always subject of research.
Today, there exist numerous biochemical and computational tools for this purpose. Recently, the whole field has gained new momentum, based
on the development of the probing method SHAPE and Mutate and Map - SHAPE. By overcoming flaws, which had been troubling probing methods for decades, SHAPE allows the investigation of RNA structure at an unprecedented resolution - but not without a steep increase of cost and effort.
The popularity of SHAPE was also boosted by the development of new high-throughput methods and adequate analysis software. Today it is possible to probe enormous amounts of RNA sequences in short time. Eventhough there is a large amount of data availbale, the mechanism of the SHAPE reaction remains poorly understood.
The goal of this masters thesis was, to understand the behaviour of the SHAPE -reaction by analysis of available probing data and subsequently investigate the possibility of optimization of SHAPE by computational means.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
RNA chemical probing RNA-folding RNA-structure prediction SHAPE Mutate and Map
Schlagwörter
(Deutsch)
RNA Chemisches Probing RNA-Faltung RNA-Strukturvorhersage SHAPE Mutate and Map
Autor*innen
Roman Wilhelm Ochsenreiter
Haupttitel (Englisch)
Computational refinement of SHAPE - RNA probing experiments
Paralleltitel (Deutsch)
Computergestützte Optimierung von SHAPE - RNA probing Experimenten
Publikationsjahr
2015
Umfangsangabe
88 S. : Ill., grpah. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Ivo Hofacker
AC Nummer
AC12263953
Utheses ID
31662
Studienkennzahl
UA | 066 | 863 | |