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Dissecting the role of PBRM1 in ccRCC tumourigenesis and the search for synthetic lethal interactions
David Hoffmann
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molekulare Biologie
Betreuer*in
Christian Seiser
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Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
DOI
10.25365/thesis.38947
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30031.53231.255470-7
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Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Klarzellkarzinom ist ein eine Tumorart, die spezifische Mutationen von Genen benötigt, die alle am 3p Chromosom lokalisiert sind. Am dominantesten ist die Mutation von VHL, doch trotz der hohen Mutationsrate ist der Verlust von VHL nicht genug um Klarzellkarzinom auszulösen. Deshalb wird ein tieferes Verständnis der Tumorbildung dringend benötigt. PBRM1 ist mit 40% das Gen mit der zweithöchsten Mutationsrate in Klarzellkarzinomen. Bereits veröffentlichte Arbeiten, die durch transienten PBRM1 knockdown in Klarzellkarzinomzelllinien generiert wurden, deuten auf eine starke tumorsuppressive Wirkung des Verlusts von PBRM1 hin. Jedoch hatte die Expression von PBRM1 in Zelllinien die eine PBRM1 Mutation tragen weder eine Wirkung auf normales Wachstum noch auf Wachstum in Stresssituationen. Außerdem konnte PBRM1 Expression die Resistenz zu reaktiven Sauferstoffmolekülen und induzierten DNA Schaden nicht erhöhen. Die Kapazität metastatischer Zellen Kolonien in Weichagar zu bilden erhöhte sich durch Expression von PBRM1 sogar, was im Gegensatz zu bereits publizierten Daten steht. Weiters wurde das CRISPR-Cas9 System verwendet um die PBRM1 Mutation in den OS-RC2 Zellen zu reparieren und es konnte ein indirekter Hinweis auf geglückte Reparation gefunden werden. Es könnte sein dass eine synthetisch letale Verbindung zwischen PBRM1 und Verlust eines zweiten Genes besteht. Deshalb wurden die Hypothesen aufgestellt, dass Verlust von Proteinen die Bromodomänen, die Mitglieder des SWI/SNF Komplexes oder des PRC Komplexes sind zu synthetischer Letalität führt. Getestet wurden diese Hypothesen durch einen shRNA Screen. Es konnte gezeigt werden dass sich, auch nach Durchführung des Experimentes, die shRNA Fragmente aus der genomischen DNA amplifizieren lassen und dass alle experimentellen Konditionen immer noch aus einem shRNA Mix bestehen.
Abstract
(Englisch)
PBRM1 has recently been identified to be mutated in up to 40% of ccRCCs. The mechanisms through which PRBM1 loss contributes to renal tumourigenesis remain unknown. Previously published data by others, acquired by transient PBRM1 knockdown in PBRM1 wildtype ccRCC cell lines suggest a strong tumour suppressive role for PBRM1 in proliferation and colony formation. However, these studies did not interrogate ccRCCs that had developed in the PRBM1 mutant background. Here, I show that in PBRM1 mutant ccRCC, proliferation in standard and stress conditions and resistance to ROS and DNA damaging agents remained unchanged upon PBRM1 restoration. Colony formation was even elevated upon PBRM1 expression in metastatic cells. Furthermore the CRISPR-Cas9 system was applied to repair the small PBRM1 mutation in the OS-RC2 cell line and an indirect evidence for successful repair could be found. PBRM1 loss may have synthetic lethal interactions with other bromodomain containing proteins, SWI/SNF complex or PRC members. These hypotheses were tested by setting up a synthetic lethality screen using shRNA-mediated knockdown.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
ccRCC PBRM1
Schlagwörter
(Deutsch)
ccRCC PBRM1
Autor*innen
David Hoffmann
Haupttitel (Englisch)
Dissecting the role of PBRM1 in ccRCC tumourigenesis and the search for synthetic lethal interactions
Paralleltitel (Deutsch)
Untersuchung der Rolle von PBRM1 in der ccRCC Karzinogenese und die Suche nach synthetisch letalen Interaktionen
Publikationsjahr
2015
Umfangsangabe
99 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Christian Seiser
Klassifikation
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC13011906
Utheses ID
34502
Studienkennzahl
UA | 066 | 834 | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1