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Epigenetic regulation of microRNAs as biomarkers in malignant pleural mesothelioma

Mustafa Aslan

Art der Arbeit

Masterarbeit

Universität

Universität Wien

Fakultät

Zentrum für Molekulare Biologie

Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)

Masterstudium Genetik und Entwicklungsbiologie

Betreuer*in

Franz-Michael Jantsch

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DOI

10.25365/thesis.40104

URN

urn:nbn:at:at-ubw:1-29440.29560.471663-1

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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract

(Deutsch)

Zweck: Bestimmung der epigenetischen Herunterregulierung Mechanismus der microRNA-145 beim malignen Pleuramesotheliom (MPM) und mögliche Verwendung von miR-145 als diagnostischer Biomarker in MPM. Experimentelles Design: Die Korrelation der Methylierungsstatus und Expression-Muster der miR-145 und durch die Untersuchung Mechanismen der Ko-Regulierung mit seinen "möglichen Host-Gene. Analyse der DNA-Methylierung ob epigenetischen Mechanismus in Herunterregulierung von miR-145 in MPM beteiligt ist, wurde unter Verwendung methylierungsspezifischer PCR (MSP) an Formalin-fixierten Paraffinflossen eingebetteten (FFPE) chirurgischen Proben nach Bisulfit-Behandlung durchgeführt. Die Methylierung von miRs wurde durch Pyrosequenzierung quantifiziert und miR Expression durch quantitative RT-PCR (qRT-PCR) nachgewiesen. Ergebnisse: Die Methylierung spezifischer PCR-Ergebnisse, wie in Tabelle 12 zu sehen ist, ergab die folgenden Ergebnisse: Insgesamt sind 11 Proben voll methyliert, 22 Proben sind Hemi-methyliert und eine Probe ist nicht methyliert. Im Durchschnitt Tumorgewebeproben von MPM-Patienten (n = 25) hatten 72,6% Methylierung für pri-miR-145-Promotor-Region und NNP Gewebe Proben von MPM Patienten hatten 74,6% (n = 10) Methylierung. Diese Ergebnisse zeigen, daß sowohl nicht-neoplastischen pleuralen Gewebe und als auch Tumor-gewebe hat die gleiche Menge Methylierung an ihrer pri-miR-145-Promotorregion. Darüber hinaus gab es keine signifikanten Unterschied zwischen MPM Patienten mit epitheloiden malignen Mesotheliom (EMM) Diagnose und MPM Patienten mit biphasischen malignes Mesotheliom (BMM) Diagnose, NNP Gewebe EMM - BMM Diagnose. QPCR Daten, die ich aus dem Labor bekommen habe, zeigt auch Herunterregulation der miR-145 in Tumorgewebeproben im Vergleich zu NNP Gewebeproben von Patienten mit MPM. Im Durchschnitt miR-145 Expressionsrate von Tumorgewebeproben von MPM-Patienten (n = 13) 2,7 im Vergleich zu NNP Gewebeproben von MPM-Patienten (n = 7) ist 4,5 und Kontrollgewebeprobe aus dem Patienten mit Pneumothorax hat 5,13. Dies zeigt an, daß eine höhere Menge der Herunterregulierung erfolgt im EMM-Patienten im Vergleich zu BMM Patienten. Zusammen, auch wenn es eine Herunterregulierung miR-145 in Tumorge-webeproben von Patienten MPM im Vergleich zu NNP Gewebeproben von MPM Patienten gibt, der Mechanismus der Herunterregulierung ist nicht Methylierung als bisher angenommen.

Abstract

(Englisch)

Purpose: Determination of epigenetic down-regulation mechanism of microRNA-145 in malignant pleural mesothelioma (MPM) and potential use of miR-145 as a diagnostic biomarker in MPM. Experimental Design: Correlating the methylation-status and expression-pattern of the miR-145 and by investigating mechanisms of co-regulation with its’ possible host-genes. Analysis of DNA methylation as possible epigenetic mechanism involved in down-regulation of miR-145, in MPM is performed by using methylation-specific PCR (MSP) on formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) surgical samples after bisulfite treatment. The methylation of miRs is further quantified by pyrosequencing and the methylation status correlated with miR expression levels detected by quantitative RT-PCR (qRT-PCR). Results: Methylation specific PCR results as can be seen in table 12 gave the following results: In total there were 11 samples that were full methylated, 22 samples that were hemi-methylated and 1 sample that is unmethylated. On average tumour tissue samples from MPM patients (n=25) had 72,6% methylation for pri-miR-145 promoter region and NNP tissue samples from MPM patients had 74,6% (n=10) methylation. These results indicate that both non-neoplastic pleural tissue and tumour tissue has the same amount of methylation on their pri-miR-145 promoter region. Moreover there was no significant difference detected between MPM patients with epithelioid malignant mesothelioma (EMM) diagnosis and MPM patients with biphasic malignant mesothelioma (BMM) diagnosis between both tumour tissues – NNP tissues and EMM – BMM diagnosis. QPCR data that I have received from the lab also shows downregulation of miR-145 in tumour tissue samples vs NNP tissue samples of MPM patients. On average miR-145 expres-sion rate of tumour tissue samples from MPM patients (n=13) is 2,7 compared to NNP tissue samples from MPM patients (n=7) is 4,5 and control tissue sample from the patient with pneumothorax has 5,13. This indicates that a higher amount of downregulation takes place in EMM patients compared to BMM patients. Taken together even though there is a down-regulation miR-145 in tumour tissue samples of MPM patients compared to NNP tissue samples from MPM patients, the mechanism of downregulation is not methylation as previously suspected.

Autor*innen

Mustafa Aslan

Haupttitel (Englisch)

Epigenetic regulation of microRNAs as biomarkers in malignant pleural mesothelioma

Paralleltitel (Deutsch)

Epigenetischen Regulation von microRNAs als Biomarker beim Maignant Pleural Mesothelioma

Publikationsjahr

2015

Umfangsangabe

128 Seiten : Illustrationen, Diagramme

Sprache

Englisch

Beurteiler*in

Franz-Michael Jantsch

Klassifikation

42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie

AC Nummer

AC13008730

Utheses ID

35526

Studienkennzahl

UA | 066 | 877 | |

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