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Resolving the structure and function of the intestinal microbiota at a fine spatial scale
Owen Williams
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molekulare Mikrobiologie, Mikrobielle Ökologie und Immunbiologie
Betreuer*in
Alex Loy
Mitbetreuer*in
David Berry
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Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
DOI
10.25365/thesis.41170
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30459.71407.912553-3
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Mit der vorliegenden Studie wollen wir das Verständnis von Darm Mikrobiome, bei Menschen und Mäusen, erweitern. Dafür haben wir die Anwendung des neuen Fixative Dithiobis (succinimidyl propionate) (DSP) erforscht. Hierfür haben wir Histologie Proben mit einem Fluorescence in situ hybridisation (FISH), mit dem Schwerpunkt auf den Schleim-verbündete Bakterien Akkermansia muciniphila, prepariert. Das Experiment wurde durchgeführt, indem wir das Biovolumen und die Intensität von FISH Signalen von Histologie Proben, fixiert mit DSP, mit Proben unter der Anwendung der Standard Fixative für solche Protocolen Paraformaldehyde (PFA)verglichen haben. Wegen DSP’s reversiblen Eigenschaften als Fixativ konnten wir, durch Laser Assisted Micro-Dissection Microscopy (LMD), DNA extrahieren und die Gensequenzierung von 16S rRNA durchführen. Wir haben auch versucht eine neuartige FISH Sonde zur Anwendung gegen die Allobaculum Familie zu designen, da diese Familie oftmals die Werte der Diäten von Mäusen in Experimenten erhöhen. Als abschließenden Schritt hoffen wir, in Zusammenarbeit mit unseren Kollegen von der Fakultät der Lebensmittelchemie und Toxikologie an der Universität Wien, unser Verständnis über die Veränderung von bakteriellen Gemeinschaften in menschlichen Stuhlproben unter den Bedingungen einer Diät mit erhöhter Konzentration von Anthoncyanin, zu erweitern. Wir konnten aufzeigen das DSP in bestimmten Situationen ein nützliches Fixative für FISH ist, da die Ergebnisse vergleichbar mit denen des Standard Fixativ PFA sind. DSP kann auch Proben Fixieren für Immune-Histologie Protocole. Wir konnten Genetisches Material von Mäusedärmen extrahieren, die mit DSP angereichert wurden. Dadurch konnten wir Änderungen von bakteriellen Gemeinschaften bei 67 Mäusedärmen, unter dem Einfluss von zwei verschiedenen Diäten, feststellen. Diese beweist die Nützlichkeit von DSP, als ein reversible FISH Fixativ. Gleichfalls wurden die 16S rRNA Gene von menschlichen Stuhlproben, von Spendern welche auf einer Diät mit erhörten Anthocyanin Konzentrationen sind, sequenziert. Diese Ergebnisse sind aber außerhalb des Rahmens dieser Studie.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
Microbiology FISH Microbiome DSP Gut Bacteria
Schlagwörter
(Deutsch)
Mikrobiologie FISH Mikrobiome DSP Darm Bakterien
Autor*innen
Owen Williams
Haupttitel (Englisch)
Resolving the structure and function of the intestinal microbiota at a fine spatial scale
Publikationsjahr
2016
Umfangsangabe
74 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Alex Loy
Klassifikation
42 Biologie > 42.97 Ökologie: Sonstiges
AC Nummer
AC13067650
Utheses ID
36438
Studienkennzahl
UA | 066 | 830 | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1