Detailansicht
Identification and molecular characterization of fusion genes in hematological malignancies and disorders
Johanna Marlene Kralik
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Betreuer*in
Johann Rotheneder
DOI
10.25365/thesis.4270
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30125.05634.140065-8
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Im ersten Teil des Projekts wurde der Fusionspartner von ETV6 (ein hämatopoetischer Transkriptionsfaktor) bei einem AML-Patienten identifiziert.
Mittels RACE PCR, Klonierungen und Sequenzierungen wurde die neurotrophe Rezeptorkinase NTRK3 als Partner ermittelt. FISH-Studien belegten die zugrundeliegende Chromosomentranslokation. Weiters wurden die strukturelle Organisation des Chimärtranskriptes und alternatives Splicing der NTRK3-RNA beschrieben. Das Fusionstranskript wurde in der Form bisher noch nicht für AML beschrieben.
Im zweiten Teil sollten ebenfalls Fusionsgene identifiziert und die Methode dazu etabliert werden. Zwei Eosinophilie-Patienten zeigten ungewöhnliche Translokationen, die nur durch konventionelle Zytogenetik definiert wurden. Die Chromosomenbruchpunkte sollten mittels bakteriellen artifiziellen Chromosomen (BACs) spezifiert werden.
Dazu wurde erst die Einfuhrbewilligung beantragt, danach wurde nach den passenden BACs in Internetdatenbanken gesucht und diese schließlich über Internet (BACPAC Resources Center at CHORI in California, USA) bestellt.
Weiters wurde eine adäquate Methode zur Herstellung von fluoreszenzmarkierten BAC-Sonden etabliert und die komfortabelste Arbeitsweise für Hybridisierungen gefunden.
Die fluoreszenzmarkierten BACs wurden schließlich verwendet, um Bruchpunkte zu lokalisieren und Gene zu finden, die von der Translokation betroffen sind.
In einem der Patientenfälle konnte leider kein Bruchpunkt gefunden werden. Dies zeigt, dass zusätzliche Analysen durch passende Sonden erforderlich sind, um die Translokation genau zu definieren.
Im weiteren Patientenfall wurden die BAC-Sonden verwendet, um entlang eines betroffenen Chromosomenarms zu wandern. Der Bruchpunkt wurde so auf einen weitaus kleineren Bereich eingeengt und weitere BAC-Hybridisierungen identifizierten ein Kandidat-Gen, Lipidphosphatase TPIP, das mit sehr hoher Wahrscheinlichkeit von der Translokation betroffen ist.
Abstract
(Englisch)
In the first part of the project the fusion partner of ETV6 (a hematopoietic transcription factor) in an AML patient had to be identified.
By performing RACE PCR, cloning, and sequencing the neurotrophic receptor kinase NTRK3 was identified as partner. FISH assays proved the existence of the underlying chromosomal translocation. Furthermore, the structural organization of the chimeric transcript and alternative splicing of the NTRK3 RNA were unveiled. This exact fusion transcript has not been previously described for AML.
The second part of the project dealt with the identification of fusion genes again, though the intended method had to be established first.
Two patients with eosinophilia constituted unusual translocations that have only been defined by conventional cytogenetic methods. The chromosomal breakpoints had to be specified with the help of bacterial artificial chromosomes (BACs).
First, the import license of BACs had to be obtained, then adequate BACs were searched for in different data bases and were ordered over the internet (BACPAC Resources Center at CHORI in California, USA). A method for labeling BAC DNA and the most convenient way for hybridization of the self-labeled probes were developed.
Fluorescently labeled BACs were then used to find genes affected by the translocation. In one case, the breakpoint could not be located indicating that additional analyses using appropriate probes are required for exact evaluation of the translocation.
In the other case, the lipid phosphatase TPIP, which is most likely to be translocated, was identified with the help of self-labeled BAC probes.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
AML eosinophilia ETV6 NTRK3 BAC FISH TPIP
Schlagwörter
(Deutsch)
AML Eosinophilie ETV6 NTRK3 BAC FISH TPIP
Autor*innen
Johanna Marlene Kralik
Haupttitel (Deutsch)
Identification and molecular characterization of fusion genes in hematological malignancies and disorders
Paralleltitel (Deutsch)
Identifizierung und molekulare Charakterisierung von Fusionsgenen in hämatologischen Erkrankungen
Publikationsjahr
2009
Umfangsangabe
77 S.
Sprache
Deutsch
Beurteiler*in
Johann Rotheneder
Klassifikation
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.03 Methoden und Techniken in den Naturwissenschaften
AC Nummer
AC08156984
Utheses ID
3779
Studienkennzahl
UA | 490 | | |