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Dynamic exo- and endoproteome analysis of Deinococcus radiodurans
Kaan Georg Kutlucinar
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Chemie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Biologische Chemie
Betreuer*in
Wolfraum Weckwerth
Mitbetreuer*in
Tetyana Milojevic
DOI
10.25365/thesis.43186
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30942.52471.660354-0
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Deinococcus radiodurans ist eine polyextremophiles gram positives Bakterium, das zu Deinococcus Genus gehort. Die polyextremophilen Eigenschaften, wie UV-Resistenz, ionisierende Strahlung Resistenz, oxidationsmitteln Resistenz und Trocknungsresistenz macht Deinococcus radiodurans ein interessanter Modellorganismus für die Untersuchung von möglichen Ubertragungen von Mikroben durch den Weltraum. Für diese Untersuchung wurde dieses Bakterium unter Weltraumbedingungen in „Japan experimental module” (JEM) an der Internationale Raumstation (ISS) ausgesetzt1–3.
Sensitive und quantitative Analysen von Proteinen mit Hilfe von massenspektrometrischen Methoden kann uns helfen die Rolle von Proteinen in biologischen Systemen zu verstehen4. Um die wichtige Proteine von Deinococcus radiodurans, die unter verschiedenen umweltbedingten oder künstlichen Stress eine Rolle spielen aufzuklären, haben wir verschiedene Probenvorbereitungsmethoden getestet und wir haben herausgefunden, dass unter getesteten Methoden die MCW-Phenol Methode die größte Deckung von Proteome ergeben hat. MCW-Phenol Methode hat nicht nur mit der größten Deckung vom Proteome ergeben, sondern hat auch die integrative metabolische Analyse ermoglicht.
Abstract
(Englisch)
Deinococcus radiodurans is a gram positive polyextremophylic bacteria belonging to the Deinococcus genus. Its polyextremophylic features like UV-resistance, ionising radiation resistance, oxidising agent resistance and desiccation resistance makes D. radiodurance an interesting model organism for investigation of the possible transfer of microbes through space. For this investigation the bacteria is exposed to space conditions in the Japan experimental module (JEM) of the international space station (ISS)1–3.
Sensitive and quantitative analysis of proteins using high throughput mass spectrometric analysis methods can help us to understand the role of proteins in biological systems4. To elucidate important proteins of Deinococcus radiodurans, which play an important role under different environmental or artificial stresses, we have tested different sample preparation methods and found that the MCW-Phenol method resulted in the best proteome coverage of all tested methods. MCW-Phenol method did not only result in the best proteome coverage it also made an integrative metabolomic analysis possible.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Microbiologie Proteomics Deinococcus
Schlagwörter
(Deutsch)
Microbiologie Proteomics Deinococcus
Autor*innen
Kaan Georg Kutlucinar
Haupttitel (Englisch)
Dynamic exo- and endoproteome analysis of Deinococcus radiodurans
Paralleltitel (Deutsch)
Dynamische exo- und endoproteome Analyse von Deinococcus radiodurans
Publikationsjahr
2016
Umfangsangabe
61 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Wolfraum Weckwerth
Klassifikationen
35 Chemie > 35.26 Massenspektrometrie ,
42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie
AC Nummer
AC13452082
Utheses ID
38222
Studienkennzahl
UA | 066 | 863 | |