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Identifying the mechanisms of complex transformations
from transition pathways to reaction coordinates
Christian Leitold
Art der Arbeit
Dissertation
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Physik
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Doktoratsstudium NAWI aus dem Bereich Naturwissenschaften (Dissertationsgebiet: Physik, IK: Computational Sciences)
Betreuer*in
Christoph Dellago
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-24233.56540.955258-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
In dieser Doktorarbeit untersuche ich Kristallisationsmechanismen und suche nach Reaktionskoordinaten in zwei verschiedenen physikalischen Systemen. In beiden Fällen können wir Übergänge von ungeordneten, flüssigkeitsartigen zu geordneten, kristallinen Zuständen beobachten. Das erste System ist eine Polymerkette, die aus sphärisch-symmetrischen Monomeren besteht, welche untereinander mit einem Kastenpotential wechselwirken. Solange die Reichweite des Potentials genügend klein ist, tritt für das Polymer ein Phasenübergang erster Ordnung von einem ausgedehnten, ungeordneten zu einem kompakten, kristallinen Zustand auf. Wir untersuchen diesen Gefrierprozess mit Hilfe von Transition Path Sampling und einem neu entwickelten Algorithmus zur Erzeugung von reaktiven Pfaden, der explizit an die Eigenschaften von Polymeren angepasst wurde. Typische Übergangszustände, die sich zwischen den beiden stabilen Phasen befinden, bestehen aus einem einzelnen kristallinen Kern, der an eines oder mehrere kettenartige Fragmente angeheftet ist.
Das zweite System besteht aus weichen Teilchen mit rein abstoßender Wechselwirkung. Da das Paarpotential für verschwindenden Abstand zwischen zwei Teilchen endlich bleibt, kann das GEM-4-System einen so genannten Cluster-Kristall bilden. In einem solchen Kristall befinden sich zwei oder mehr Teilchen übereinander an ein und demselben Gitterplatz. In Hopping-Ereignissen springt ein Teilchen aus seinem Cluster in einen angrenzenden Cluster auf einem anderen Gitterplatz. Wir untersuchen, welche mikroskopischen Mechanismen zur Entstehung eines Cluster-Kristalls in einer unterkühlten Flüssigkeit führen. Außerdem vergleichen wir die Resultate unserer Simulation mit den Vorhersagen der klassischen Nukleationstheorie.
Für beide Systeme berechnen wir die freie Energie als Funktion verschiedener Ordnungsparameter und optimieren die Reaktionskoordinate. Für das Polymer verwenden wir die potentielle Energie kombiniert mit einem Maß für seine mittlere Kristallinität als Indikator für den Fortschritt der Reaktion. Dieser Indikator funktioniert deutlich besser als die Größe des kristallinen Kerns, der in der klassischen Nukleationstheorie verwendet wird. Im Cluster-Kristall-System legen wir besonderen Wert auf die Untersuchung der Rolle von verschiedenen kristallinen Strukturen während des Gefrierprozesses. Wie wir herausfinden, wird auch für Bedingungen, bei denen ein mehrfach besetzter kubisch-flächenzentrierter Kristall thermordynamisch stabil ist, die Nukleation in eine kubisch-raumzentrierte Struktur kinetisch stark bevorzugt.
Abstract
(Englisch)
In this doctoral thesis, I investigate the crystallization mechanisms and search for reaction coordinates in two different physical systems. In both cases, we observe transitions from an unordered, liquid-like state to an ordered, crystalline state. The first system is a polymer chain consisting of identical monomers interacting via a square-well potential. For a sufficiently small well width, the polymer undergoes a first-order freezing transition from an expanded, unordered phase to a compact, crystalline state. Using transition path sampling in combination with a new path generation algorithm developed specifically for polymers, we study this freezing transition. We find that typical transition states, located between the two stable phases, consist of a single crystalline nucleus attached to one or more chain fragments.
The second system consists of soft particles with purely repulsive interactions. Due to the finite value of the pair potential for zero separation, the GEM-4 system can form a cluster crystal. In such a crystal, a number of particles sit on top of each other at the same lattice site. Hopping events occur where a particle jumps from its cluster to an adjacent one at another lattice site. We investigate which microscopic mechanisms lead to the formation of cluster crystal structures from a supercooled liquid. We also compare our simulation results with predictions from classical nucleation theory.
For both systems, we calculate free energy landscapes as a function of different order parameters and optimize the reaction coordinate. In the case of the polymer we find that the total potential energy combined with a measure of its overall crystallinity is a better indicator of the progress of the transition than the size of its crystalline nucleus, which is used in classical nucleation theory. For the cluster crystal system, we place particular emphasis on investigating the role of various structural compositions during the freezing transition. We find that even for conditions where a multiply-occupied fcc crystal is the thermodynamically stable phase, kinetically, the nucleation into bcc cluster crystals is strongly preferred.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
nucleation reaction coordinate transition pathways transformations polymer bond order parameters voronoi soft particles cluster crystals
Schlagwörter
(Deutsch)
Nukleation Reaktionskoordinate Übergangspfade reaktive Pfade Transformationen Phasenübergang Polymer Bond-Order-Parameter Voronoi weiche Teilchen Cluster-Kristalle
Autor*innen
Christian Leitold
Haupttitel (Englisch)
Identifying the mechanisms of complex transformations
Hauptuntertitel (Englisch)
from transition pathways to reaction coordinates
Paralleltitel (Deutsch)
Identifizierung der Mechanismen komplexer Übergänge : von reaktiven Pfaden zu Reaktionskoordinaten
Publikationsjahr
2016
Umfangsangabe
xiii, 127 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*innen
Gerhard Hummer ,
Gerhard Kahl
AC Nummer
AC13393605
Utheses ID
39617
Studienkennzahl
UA | 796 | 605 | 411 |