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Evaluation of multi-colour transfections via flow cytometry
Islam Abd El Rahman
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Diplomstudium Pharmazie
Betreuer*in
Manfred Ogris
Mitbetreuer*in
Haider Sami
DOI
10.25365/thesis.49783
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-10960.16274.867969-1
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
In den letzten Jahrzenten die Krebsforschung immer mehr an Bedeutung gewonnen. Das Verständnis des Wesens eines Tumors stellt eine Grundlage für seine erfolgreiche Diagnose und Therapie dar. Man konnte herausfinden, dass bei der Entstehung von Krebs drei Pathways oder auch biochemische Zellkaskaden eine große Rolle spielen. Der Hedgehog-, Notch- und Wnt-Pathway. Fehlregulierungen dieser Pathways tragen bei der Entstehung von Krebserkrankungen bei. Dahingehend besteht die Notwendigkeit einer Analyse dieser Pathways unter anderem über ihre Funktionsmechanismen und wodurch sie aktiviert werden und wann genau sie aktiv sind. Eine einfache Methode um zelluläre Mechanismen zu visualisieren bieten Fluorophorefluoreszierenden Reporterproteine. Im Rahmen dieser Arbeit wurden vier Fluorophore ausgewertet. Das türkis fluoreszierende mTurquoise2, das grün fluoreszierende Protein eGFP, das rot fluoreszierende tdTomato und das naähe-infrarot fluoreszierende iRFP. Ziel ist es diese letztendlich an die Pathways zu koppeln sodass eine Aussage über ihre Aktivität ermöglicht werden kann. In unseren Experimenten wurde Krebszellen mit fluorophore-Genen transfeziert und ihr Emissionsverhalten via mittels Durchflusszytometrie evaluiert. Unserer Resultate zeigten, dass aufgrund von Interferenzen, die Verwendung dieser Fluorophore in Kombination noch weitere Anforderungen benötigt, wie beispielsweise der Erstellung einer Kompensationsmatrix.Ein anderes zentrales Thema dieser Arbeit und auch in unserem Labor ist die Vorbereitung von kompetenten Zellen um sie transformierbar zu machen. Zwei Protokolle, um sie chemisch kompetent zu machen und ein Protokoll, um sie elektrokompetent zu machen, wurden im Rahmen dieser Arbeit getestet. Inwiefern die Bakterien dann tatsächlich kompetent gemacht wurden, wurde mit einem Transformationseffizienztest ermittelt. Wir konnten herausfinden, dass in unserem Fall die Transformationseffizienz elektrokompetenter Zellen um 2 – 3 Potenzen höher war, als jene der chemisch kompetenten Zellen. Zusätzlich konnten wir auch feststellen, dass die Transformation mittels Elektroporation viel schneller prozessiert werden kann als eine Hitzeschocktransformation, dahingehend, dass der Vorbereitung chemisch kompetenter Zellen ein großer Zeitaufwand beizumessen ist, wohingegen der Bereitung elektrokompetenter Zellen nicht.
Abstract
(Englisch)
The cancer research field became increasingly relevant in the past decades. The understanding the character of a tumour is the base for a successful diagnosis and therapy of cancer. Research has shown that three developmental pathways play a big role in tumorigenesis: The Hedgehog, Notch and Wnt pathways. The understanding of the function and activity of these pathways could lee to new approaches in fighting cancer. A good method to visualize cellular mechanisms, like these pathways, is provided by fluorophores. As part of this thesis, four fluorophores were tested. The turquois fluorescing mTurquoise2, the green fluorescing eGFP, the red fluorescing tdTomato and the near infrared fluorescing iRFP. The aim is to eventually link this fluorophores to the mentioned pathways to get more clues about the functionality of these pathways in genesis of cancer. We have tested these fluorophore genes via transfection experiments with lung cancer cells. The behaviour of the fluorophores was evaluated via flow cytometry. In the end, we could figure out that the usage of these fluorophores in combination is not very practicable as they interference is too big. To evade this matter an establishment of a compensation matrix is recommended. Another central topic in this thesis and in our laboratory, is the preparation of competent cells to get them easily transformable. Two protocols to prepare chemical competent cells and one protocol for preparing electrocompetent cells were tested. The competence of the bacteria was tested with the measurement of transformation efficiency. In our case the transformation efficiency when using electroporation was 2 – 3 potencies higher compared to heat shock transformation of chemical competent cells. Moreover, we could find out that using electroporation to transform bacteria is a very quick method whereas the using of heat shock transformation of chemical competent cells takes much more time as the preparation of chemical competent cells is a very long process.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Cancer Cancer Stem Cells Fluorescent Reporter Proteins Fluorophores Cancer Therapy
Schlagwörter
(Deutsch)
Krebs Tumorstammzellen Fluoreszierende Reporter Proteine Fluorophore Krebstherapie
Autor*innen
Islam Abd El Rahman
Haupttitel (Englisch)
Evaluation of multi-colour transfections via flow cytometry
Paralleltitel (Deutsch)
Evaluierung von Multifarbtransfektionen mittels Durchflusszytometrie
Publikationsjahr
2017
Umfangsangabe
68 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Manfred Ogris
AC Nummer
AC14499708
Utheses ID
44017
Studienkennzahl
UA | 449 | | |