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Genetic structure of cheetah (Acinonyx jubatus) populations through genome-wide double-digest restriction-site associated DNA (ddRAD) sequencing
Julia Zumbroich
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Evolutionsbiologie
Betreuer*in
Pamela Burger
DOI
10.25365/thesis.54892
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-18773.74458.423252-3
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Zu der Art Acinonyx jubatus (Gepard) gehörten bis vor einigen Jahren fünf Unterarten, wovon vier über Afrika verteilt waren, und nur eine, vom Aussterben bedrohte Unterart (A. venaticus) blieb in Asien erhalten und ist heute ausschließlich im Iran vorhanden. Wegen der bekannten, relativ kurzen Divergenzzeiten zwischen einigen dieser Unterarten wurde seitens der IUCN Cat Specialist Group diskutiert, die Unterarten auf zwei zu reduzieren, und unter den Namen A. j. jubatus für den südlichen, und A. j. venaticus für den nördlichen Geparden zu vereinen. Dieser Ansatz macht eine neue, größer angelegte Evaluierung der phylogeografischen Struktur notwendig. Die Probensammlung des Forschungsinstituts für Wildtierkunde und Ökologie der Veterinärmedizinischen Universität Wien vereint moderne Proben mit historischen Proben, die das ursprüngliche Habitat des Geparden widerspiegeln, und ermöglicht somit diese Evaluierung. Angelehnt an frühere Studien lautete unsere Hypothese, dass die beiden südlichen afrikanischen Unterarten, A. j. jubatus und A. j. raineyii, eine ähnliche genetische Abstammung aufweisen, wohingegen zwischen afrikanischen und asiatischen Populationen größere Divergenz zu erwarten ist. Um diese Hypothese zu testen haben wir 180 Individuen ausgewählt, die die historische Verbreitung des Geparden repräsentieren, und ihre genetische Vielfalt mittels ddRAD Sequenzierung analysiert. Trotz der vergleichsweise niedrigen Anzahl gemeinsamer SNPs unterstützen unsere Analysen deutlich die Diversität der bestehenden Unterarten, weshalb wir unbedingt empfehlen, die letzten verbleibenden asiatischen Geparden nicht mit den nordafrikanischen A. j. soemmeringii zusammen zu legen. Die Ergebnisse dieses Projekts haben unmittelbare Anwendbarkeit für den Erhalt der Geparden in Afrika und Asien.
Abstract
(Englisch)
The cheetah (Acinonyx jubatus) species once consisted of five subspecies; four were distributed over Africa, but only one critically endangered population (A. j. venaticus) remained in Asia, now exclusively present in Iran. Due to short divergence times between some of the subspecies, there have been discussions by the IUCN Cat Specialist Group to collapse them into only two remaining subspecies, the northern A.j.venaticus, and the southern A.j.jubatus. The ongoing discussion made a re-evaluation of the phylogeographic structure on a larger scale necessary. A globally distributed sample set including historic specimens stored at the Research Institute of Wildlife Ecology, Vetmeduni Vienna, made this re-evaluation possible. Based on previous studies, we hypothesised that the two southern African subspecies, A. j. jubatus and A. j. raineyii, share similar genetic ancestry, while we expected long-term divergence between Asiatic and African populations. To test this hypothesis, the genetic diversity of 180 individuals covering the historic distribution range of the cheetah was re-evaluated using double-digest restriction-site associated DNA (ddRAD) sequencing. Despite a low amount of shared SNPs between individuals, our analyses clearly support the split between the existing subspecies; therefore we strongly recommend not collapsing the northern African subspecies with the Asiatic population. The results of this project have immediate applicability on the current conservation and management strategies of cheetah populations throughout Africa and Asia.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Acinonyx jubatus cheetah ddRAD SNPs DNA sequencing conservation genetics population genetics
Schlagwörter
(Deutsch)
Acinonyx jubatus Gepard ddRAD SNPs DNA sequencing Konservationsgenetik Populationsgenetik
Autor*innen
Julia Zumbroich
Haupttitel (Englisch)
Genetic structure of cheetah (Acinonyx jubatus) populations through genome-wide double-digest restriction-site associated DNA (ddRAD) sequencing
Paralleltitel (Deutsch)
Genetische Populationsstruktur von Geparden (Acinonyx jubatus) mittels genomweiter ddRAD Sequenzierung
Publikationsjahr
2018
Umfangsangabe
71 Seiten : Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Pamela Burger
AC Nummer
AC15218392
Utheses ID
48518
Studienkennzahl
UA | 066 | 829 | |