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Functional analysis of the Escherichia coli HfqG29A variant
Hermann Hämmerle
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Udo Bläsi
DOI
10.25365/thesis.5478
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29638.29296.768053-1
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Das RNA Chaperon Hfq ist in Gram-positiven und in Gram-negativen Bakterien konserviert. Mehrere funktionelle Studien über das hexamere E. coli Hfq Protein ließen zwei verschieden Bindungsseiten für RNA erkennen. Die proximale Seite bindet bevorzugt nicht-kodierende RNA (ncRNA), während die distale Seite poly(A) bindet. In einer kürzlichen NMR Studie wurde gezeigt, dass HfqGly29 im Vergleich mit anderen N-terminalen Aminosäuren eine hohe Flexibilität aufweist. In dieser Studie wurde der Effekt einer „missense mutation“ untersucht bei der Glycin in Position 29 zu Alanin ausgetauscht wurde. Gel-shift Experimente zeigten, dass das mutierte HfqG29A Protein in der Lage war mRNA und ncRNA zu binden und biochemische Untersuchungen belegten, dass HfqG29A die Interaktion der ncRNA DsrA und rpoS mRNA stimulierte. Im Gegensatz dazu zeigten Western-Blot Analysen, dass der hfqG29A Stamm AM111 (pAHG29A) vergleichbar reduzierte Werte an RpoS Protein aufwies wie ein hfq- Stamm. Kompetitionsexperimente deuteten darauf hin, dass HfqG29A einen Defekt in der Dissoziation von dem DsrA-rpoS-Hfq Komplex aufweist, was wiederum den Defekt von HfqG29A in der Stimulierung der rpoS Translation erklären könnte.
Abstract
(Englisch)
The RNA chaperone Hfq is conserved throughout Gram-positive and Gram-negative bacteria. Several functional studies on the hexameric E. coli Hfq protein revealed two distinct binding sites for RNA. The proximal site preferably binds non-coding RNA (ncRNA), whereas the distal site binds poly(A) tails. A recent NMR study suggested that HfqGly29 displayed a rather high flexibility when compared to other amino acids in the N-terminal region of Hfq. In this study, the effect of a missense mutation, changing glycine at position 29 to alanine, was studied. Gel-shift experiments showed that the mutant HfqG29A protein was able to bind mRNA and ncRNA, and biochemical experiments confirmed that HfqG29A was functional in facilitating the annealing of the ncRNA DsrA with rpoS mRNA, which is required for translation initiation of rpoS at low temperatures. However, western-blot analysis revealed that the hfqG29A strain AM111 (pAHG29A), grown at 25 °C, had strongly reduced levels of RpoS protein comparable to an hfq- strain. Bandshift competition assays suggested that HfqG29A is defective in the displacement of the protein from the DsrA-rpoS-Hfq complex, which may explain why HfqG29A failed to stimulate rpoS translation.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
functional analysis Escherichia coli Hfq RNA chaperone genetic and biochemical methods microbiology
Schlagwörter
(Deutsch)
Funktionelle Analyse Escherichia coli Hfq RNA Chaperone genetische und biochemische Methoden Mikrobiologie
Autor*innen
Hermann Hämmerle
Haupttitel (Englisch)
Functional analysis of the Escherichia coli HfqG29A variant
Paralleltitel (Deutsch)
Funktionelle Analyse des Escherichia coli HfqG29A Protein
Publikationsjahr
2009
Umfangsangabe
46 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Udo Bläsi
Klassifikationen
42 Biologie > 42.20 Genetik ,
42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie
AC Nummer
AC08118262
Utheses ID
4908
Studienkennzahl
UA | 441 | | |