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Long non-coding RNAs in the intergenic spacer of 47S pre-ribosomal RNA genes
Sonja Peter
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molekulare Mikrobiologie, Mikrobielle Ökologie und Immunbiologie
Betreuer*in
Silvia Bulgheresi
DOI
10.25365/thesis.55633
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-18038.85876.683554-8
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die 43kb rDNA setzt sich aus der 13.3kb langen codierenden Sequenz der 47S pre-ribosomal RNA (rRNA) und dem nicht kodierenden intergenetischen Spacer (IGS) zusammen, welcher die aufeinanderfolgenden, repetitiven DNA Einheiten voneinander trennt.
Lange Zeit wurde davon ausgegangen, daß der intergenetische Spacer zwischen ribosomalen repetitiven Einheiten nicht transkribiert wird (Grummt and Pikard, 2003), bis Zentner et al., (2011) den Beweis erbrachte, daß die Transkription des IGS in geringem Maße stattfand. Im Mausgenome bindet, 2kb vom Transkriptionsstart der 47S pre-RNA entfernt, eine Promoter assoziierte RNA (pRNA) an die TIP5 Untereinheit des nucleolar remodeling Komplexes (NoRC). Dieser wird dadurch zum core Promoter der 47S pre-rRNA vermittelt. Die Bindung von NoRC and den core Promoter induziert die Formation von Heterochromatinstrukturen, welche die Transkription der 47S pre-rRNAs inhibieren. (Guetg et al., 2010). Im menschlichen Genom wurde keine Promoter assoziierte RNA entdeckt, doch Tschurikov et al., (2015) legten nahe, daß regulatorische ncRNAs im humanen IGS vorkommen und Teil der Transkriptionskontrolle von rDNA Einheiten sind. Darüber hinaus zeigte Audas et al., (2011), daß Umwelteinflüsse, wie beispielsweise Ansäuern oder Hitzeshock, die Transkription dreier langer, nicht kodierender RNAs (lncRNAs) beeinflussen.
Stephanie Böhm entdeckte drei weitere lncRNA, welche dem humanen IGS entstammen. Ihr Name orientiert sich zum einen an ihrer Transkriptionsrichtung, zum anderen am Locus ihres Transkriptionsstarts bezugnehmend auf den 47S pre- rRNA: 19 antisense RNA (19asRNA), 32 antisense RNA (32asRNA) und 38 sense RNA (38sRNA).
Das erste Ziel meiner Masterthese ist die Definition der Sequenz aller drei lncRNAs. Des weiteren untersuchte ich ob die Loci dieser lncRNAs in die Replication, in Reparaturmechanismen oder in die Architektur des Chromatins involviert sind. Die dritte Aufgabe meiner Masterthesis beschäftigt sich mit der Frage, ob die Expression dieser lncRNAs abhängig vom Zellzyklus ist.
Abstract
(Englisch)
The 43-kb rDNA unit contains the 13.3kb long 47S pre-ribosomal RNA (rRNA) coding sequence and a non-coding intergenic spacer (IGS) which separates the adjoining DNA repeats.
It has long been assumed that the intergenic spacer of ribosomal repeat units is transcriptionally silent (Grummt and Pikard, 2003), but Zentner et al., (2011) has demonstrated that the IGS is transcribed at a very low level. In the mouse genome a promoter associated RNA (pRNA), transcribed 2kb from the transcription start site of the 47S pre-RNA binds the TIP5 subunit of the nucleolar remodeling complex (NoRC) and guides it to the core promoter of the 47S pre-rRNA. Binding of NoRC to the core promoter leads to formation of heterochromatin structures, which inhibits transcription of 47S pre-rRNAs (Guetg et al., 2010). In the human genome such a promoter associated RNA has not been found, but Tschurikov et al., (2015) proposed that regulatory ncRNAs arise from the IGS and take part in transcription control of rDNA units. Furthermore Audas et al., (2011) showed that three IGS long non coding RNAs (lncRNA) respond to environmental clues, such as acidosis and heat shock.
Stephanie Böhm discovered three lncRNA transcribed from the IGS. They are termed after their direction of transcription and the location with respect to the 47S pre- rRNA transcription start site: 19 antisense RNA (19asRNA), 32 antisense RNA (32asRNA) and 38 sense RNA (38sRNA).
The first aim of my master thesis is to define the sequence of all three lncRNAs. Secondly I want to investigate if the loci of these lncRNAs are involved in replication, repair or chromatin architecture. The third aim is to find out if the expression pattern of these lncRNAs is cell cycle dependent.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
lncRNA intergenic spacer humen ribosomal genes
Schlagwörter
(Deutsch)
lncRNA intergenic spacer menschliche ribosomale gene
Autor*innen
Sonja Peter
Haupttitel (Englisch)
Long non-coding RNAs in the intergenic spacer of 47S pre-ribosomal RNA genes
Paralleltitel (Deutsch)
Lange, nicht kodierene RNAs im intergenic Spacer von 47S pre-ribosomalen RNA Genen
Publikationsjahr
2018
Umfangsangabe
34 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Silvia Bulgheresi
Klassifikationen
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
42 Biologie > 42.20 Genetik
AC Nummer
AC15272345
Utheses ID
49160
Studienkennzahl
UA | 066 | 830 | |