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Molekulare Untersuchung von mikrobieller Gemeinschaften namibischer Böden
Ingo Claus Starke
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Michael Wagner
DOI
10.25365/thesis.5504
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-30332.41916.660661-7
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die anthropogene Wirkung auf Bodenhabitate durch Industrie und Landwirtschaft ist
nach wie vor weitgehend unbekannt. Intensive Landnutzung ist oft der Grund für
dauerhafte Schädigungen an Böden. Umso wichtiger ist es mikrobielle Gemeinschaften,
die den ständigen Beanspruchungen wie Düngung und Brandrodung ausgesetzt sind
zu untersuchen, um deren Bedeutung festzumachen. Zu diesem Zweck wurden Bodenproben
aus drei unterschiedlich bearbeiteten Böden für diese Arbeit bereitgestellt. Die
Probenahmestellen sind in den offenen Waldregionen um das Kavangodelta
im Norden Namibias und stehen im Zuge des BIOTA-Afrika Projektes unter ständiger
Beobachtung.
Aufgrund der immer bedeutend werdenden molekularen Diagnostik wurde in dieser
Arbeit die Strategie der 16S rRNA-basierenden Analyse auf drei unterschiedliche Bodenhabitate
angewendet, um unkultivierte Acidobacteria zu charakterisieren, und das
Wirken der verschiedenen Bodenbehandlungsarten auf die mikrobiellen Gemeinschaften
zu untersuchen. Für die Erstellung der 16S Gen-Bibliothek wurden spezielle Primer
eingesetzt. Von 234 gefundenen Sequenzen konnten 79 den Actinobacterien, 51 den Acidobakterien,
53 den Bacilli zugeordnet werden. Damit stellen
Actinobakterien mit 33% das dominierende Phylum, gefolgt von Acidobakterien (22 %)
und Bacilli (22 %). Die übrigen Phyla (Verrucomicrobia,Proteobacteria, Cyanobacteria,
Nitrospira und OP10 machen 23% der Klonbibliothek aus. Unter den Acidobakterien
dominierte die Untergruppe 4 mit 16 Sequenzen gefolgt von der Untergruppe 3 mit 11
Sequenzen und Untergruppe 6 mit 7 Sequenzen. Zwischen den unterschiedlichen Bodenbehandlungsarten
konnten keine Unterschiede gefunden werden. Sowohl
der unberührte Boden, als auch die landwirtschaftlich genutzten Böden zeigten in der
mikrobiellen Zusammensetzung ähnliche Spektren. Keine gefundene Sequenz konnte auf
Artniveau einem bereits bekannten oder kultivierten Vertreter zugeordnet werden.
Die in dieser Studie erhaltenen 16S Gensequenz-Daten geben über die hohe Diversität
in Bodenhabitaten Aufschluss. Weitere Untersuchungen könnten mit unterschiedlichen
Primern oder größeren Klondatenbanken bzw. mit anderen molekularbiologischen Techniken
als Referenz vorgenommen werden.
Abstract
(Englisch)
Only little is known about the impact of industry and agricultur on soil habitats and
its microbial communities so far. Intensive land use is often a reason for irreparable soil
damage. Thefore, it is even more important to investigate on the impact of anthropological
impact like manuring and clearence on microorganisms in soil ecosystems.
In this study soil samples were taken from three different treated soils in Namibia. The
aims of this project were to identify a key group of soil microorganisms: Acidobacteria,
which constitute a major part of soil bacteria. The database of Acidobacteria 16S rRNA
sequences is growing permanently. The vast majority of this dataset is comprised
of sequences from non-cultured representatives. In 2007, Barns and colleagues extended Acidobacteria from 11 to 26 subdivisions. The majority of the new
subdivisions have only been detected in uranium contaminated soils so far.
The soil sampling sites, which are located in the Kavango region in the north of Nabibia,
are under maintainance of the BIOTA-Africa project. 29 different soil samples were
screened from acre, pristine and fallow soils. Therefore, primers that target
the phylum Acidobacteria were used to create a 16S rRNA gene library. 234 sequences
were obtained and analyzed. The dominant phyla of the gene library were Actinobacteria
(33 %), Bacilli (22 %) Acidobacteria (22 %) and Verrucomicrobia
(6 %) followed by Proteobacteria accounting for 5 % of the gene library. The remaining
phyla (Nitrospira, Cyanobacteria, OP 10) accounted for less than 3 %. Among the acidobacterial
sequences subdivision 4 dominated with 16 sequences followed by subdivision
3 (11 sequences) and subdivision 6 (7 sequences). There were no differences
in the microbial composition between the different soil treatments. No bacterial clone
had a sequence similarity at genus level so that the physiological traits discussed remain
speculative.
Based on the 16S rRNA gene sequences obtained in this study, further studies can focus
more on individual microbial communities by using better primers
or other molecular biological approaches to reveal their potential ecophysiologies. These
bio-indicators should assist in the development of a forecast system
that allows predicting the impact of different soil management modes on soil fertility.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Acidobakterien Boden Namibia Landwirtschaft
Autor*innen
Ingo Claus Starke
Haupttitel (Deutsch)
Molekulare Untersuchung von mikrobieller Gemeinschaften namibischer Böden
Publikationsjahr
2009
Umfangsangabe
94 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Deutsch
Beurteiler*in
Michael Wagner
Klassifikation
42 Biologie > 42.97 Ökologie: Sonstiges
AC Nummer
AC08166583
Utheses ID
4932
Studienkennzahl
UA | 444 | | |