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Domestication and Evolution
analysis of the genomes of selected cultivated Chile peppers
Sophie Rothen
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Lehramtsstudium UF Biologie und Umweltkunde UF Englisch
Betreuer*in
Hanna Schneeweiss
DOI
10.25365/thesis.56090
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-22756.45914.407053-2
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die vorliegende Arbeit umfasst eine Genomanalyse ausgewählter Vertreter der Gattung Capsicum. Die im Rahmen dieser Diplomarbeit analysierten Pflanzen sind den Spezies Capsicum annuum und Capsicum chinense zugeordnet. Der erste Teil der Arbeit beinhaltet eine Literaturanalyse und beschäftigt sich einerseits mit grundlegenden Prozessen der Veränderung pflanzlicher Genome, andererseits mit der Charakterisierung der Gattung Capsicum. Der praktische Teil der Arbeit befasst sich mit der Beschreibung 25 ausgewählter Indivuduen von C. annuum und C. chinense und dem Vergleich der beiden Spezies. Chromosomenzählungen mittels Feulgen-Färbung bestätigten die in der Literatur angegebenen Werte für diploide Organismen (2n = 2x = 24). Genomgrößen wurden mittels Durchflusszytometrie gemessen und ergaben Werte zwischen 3.4081 und 3.5796 pg. Bei einem Individuum, C. chinense cv. ‚Japonaise‘, wurden ein deutlich höherer DNA-Gehalt des Chromosomensatzes gemessen (5.2253 pg). Chromosomenzählungen bestätigten, dass es sich um ein triploides Individuum hält (2n = 3x = 36). Polyploidie wurde in domestizierten Vertretern der Gattung Capsicum bisher selten beschrieben. Die Analyse beinhaltete weiters den Nachweis von ribosomaler DNA durch Fluoreszenz-in-situ Hybridisierung ausgewählter Individuen. Schließlich wurden in der vorliegenden Arbeit die Genome von C. annuum und C. chinense mittels „Next-generation Sequencing“ analysiert, und dadurch Anteile repetitiver DNA-Elemente in den Genomen der beiden Arten identifiziert.
Abstract
(Englisch)
The present thesis provides a cytogenetic characterization of selected individuals of Capsicum annuum and C. chinense. The first part of the thesis is a literature review and covers basic processes of plant genome evolution and includes a characterization of the genus Capsicum. The second part of the thesis is a characterization of 25 selected individuals of C. annuum and C. chinense. Chromosome counts showed numbers of 2n = 2x = 24 for diploid organisms. Genome sizes were measured by flow cytometry and ranged from 3.4081 to 3.5796 pg. One organism, C. chinense ‘Japonaise’ showed a significantly higher DNA-content (5.2253 pg). Chromosome counts confirmed that this individual was a triploid (2n = 3x = 36). The analysis further included the localization of ribosomal DNA by fluorescent in situ hybridization of selected individuals, as well as the identification of repetitive DNA elements by next-generation sequencing. The characterization of repetitive DNA fractions within the genomes showed an abundance of transposable elements, with the largest proportion of elements belonging to Ty3-gypsy lineages. Additionally, homologous satellites in C. annuum and C. chinense were identified.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
domestication evolution Capsicum Chile pepper FISH flow cytometry Next-generation sequencing
Schlagwörter
(Deutsch)
Domestikation Evolution Capsicum Paprika FISH Durchflusszytometrie DNA-Sequenzierung
Autor*innen
Sophie Rothen
Haupttitel (Englisch)
Domestication and Evolution
Hauptuntertitel (Englisch)
analysis of the genomes of selected cultivated Chile peppers
Paralleltitel (Deutsch)
Domestikation und Evolution: Analysen ausgewählter kultivierter Paprika
Publikationsjahr
2019
Umfangsangabe
ii, 68 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Hanna Schneeweiss
AC Nummer
AC15311697
Utheses ID
49546
Studienkennzahl
UA | 190 | 445 | 344 |