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Structure-based pharmacophore models for prediction of developmental toxicity
Vanja Mitrovic
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Diplomstudium Pharmazie
Betreuer*in
Gerhard Ecker
Mitbetreuer*in
Riccardo Martini
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Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
DOI
10.25365/thesis.56836
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-17285.13095.220570-2
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Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Das Ziel dieser Diplomarbeit war es zu bestimmen, ob die Ergebnisse einer Pharmakophor–Datenbankdurchsuchung zum Erstellen von Computermodelle durch maschinelles Lernen verwendet werden können, um zu bestimmen welche chemischen Verbindungen zu DART führen können. Diese Diplomarbeit basiert auf einer Liste von Proteinen, die vermutlich am DART Signalweg beteiligt sind. Die Liste wurde von Crackit DART challenge erstellt. Zuerst wurden alle PDBs mit dazugehörigen UniprotIDs heruntergeladen, um die strukturbasierte Pharmakophormodelle zu erstellen, die dann für die Datenbankduchsuchung verwendet wurden. Abschließend wir haben die Modelle erstellt, deren Voraussagen verglichen wurden.
Abstract
(Englisch)
The objective of this thesis was to evaluate whether the final output of structure-based pharmacophore virtual screening can be a valid input for machine learning methods in order to obtain predictions for a compound to induce DART. This thesis started with a list of proteins, that are supposed to participate in the molecular initiating event of a DART adverse outcome pathway, taken from the Crackit DART challenge. We downloaded all the PDBs associated with the UniprotIDs to generate structure-based pharmacophore models. The pharmacophore models were subsequently used for screening. The virtual screening output was used to create a model whose prediction was compared with the prediction of a model made using a set of fingerprints calculated based on the dataset.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
Screening machine learning methods developmental toxicity
Schlagwörter
(Deutsch)
Toxizität Pharmakophor Datenbank
Autor*innen
Vanja Mitrovic
Haupttitel (Englisch)
Structure-based pharmacophore models for prediction of developmental toxicity
Paralleltitel (Deutsch)
Strukturbasierte Pharmakophor Modelle zur Vorhersage der Entwicklungstoxizität
Publikationsjahr
2019
Umfangsangabe
56 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Gerhard Ecker
Klassifikation
35 Chemie > 35.06 Computeranwendungen
AC Nummer
AC15363481
Utheses ID
50206
Studienkennzahl
UA | 449 | | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1