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The oncobiome in preclinical in vivo models (critical issues and challenges)
Daphne del Carmen Kolland
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Chemie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Biologische Chemie
Betreuer*in
Wolfgang Sommergruber
DOI
10.25365/thesis.76118
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-14357.87355.467353-7
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Das menschliche Mikrobiom ist ein stark wachsendes Forschungsgebiet in der Pharmakologie.
Studien berichten von intratumoralen Bakterien, die fähig sind Krebstherapien zu beeinflussen.
In unserem Projekt wollten wir preklinische Onkobiom Maus Modelle etablieren um sie für
spätere Onkobiom Analysen verwenden zu können. Als Analysemethode um das bakterielle
Profil der Modelle zu analysieren, wählten wir 16S rRNA Sequenzierung für 11 ausgewählte
CDX Maus Modelle.
Während des experimentellen Prozesses mussten wir jedoch feststellen, dass Bakterien
detektiert wurden, die eigentlich nicht präsent sein dürften in den jeweiligen Proben. Aus
diesem Grund analysierten wir zusätzlich in silico vorhandene Literatur zu dem Thema um die
Methode zu evaluieren gefolgt von einer Fehlerdiagnose. Diese Analysen brachten uns zu
dem Fazit, dass die 16S Sequenzierung eine äußerst sensitive Methode ist, welche genau
etabliert und validiert werden muss um keine Kontaminationen zu verursachen und den
Prozess möglichst rein durchführen zu können. Aus diesem Grund führten wir noch ein in situ
Hybridisation Experiment durch um grundsätzlich die Präsenz von intratumoralen Bakterien in
in–Haus generierten Mausmodellen zu verifizieren.
Unsere Resultate weisen stark darauf hin, dass die Bakterienanzahl von CDX Modellen sich
unter einer signifikanten Nachweisgrenze befinden und die generierten Resultate deswegen
nicht reproduzierbar sind. Deswegen würden wir empfehlen, den experimentellen Prozess mit
PDX Modellen zu wiederholen, da solche Proben wahrscheinlich mehr Bakterienpräsenz
aufweisen und aufgrund dessen, zuverlässigere Ergebnisse ergeben würden.
Abstract
(Englisch)
The human microbiome is a fast growing field of interest in pharmacology. Recent studies have
identified intratumoural bacteria and how it can alter anticancer treatment.
Our research aimed to establish preclinical oncobiome mouse models as a tool to enable future
investigations. 16S rRNA sequencing, the method we chose for our analysis is the standard
method for microbiome analysis. 11 different CDX mouse models were generated and their
bacterial profile was examined.
Upon experimental procedure, we came across different challenges, the main one being the
prevalence of bacteria that was not supposed to be present. Deeper investigation could identify
them as contamination, as a consequence we decided to execute an in silico analysis, to
evaluate the method in literature and proceeded with troubleshooting suggestions.
Consequently we conclude that 16S sequencing is very sensitive and special measurements
have to be taken to perform a clean library process such that no contamination is generated.
Upon this conclusion we performed a simple in situ hybridization experiment using a general
eubacteria probe to answer the main question whether there are bacteria present in tumour
tissue in in–house grown CDX mouse models or not. Our results strongly suggest that the
bacterial load of CDX samples might just be under a threshold such that no significant and
reliable data can be yielded. Nevertheless, we would suggest repeating the experimental
procedure with PDX samples, since they might harbour more bacteria thus, producing more
reliable data.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Micorbiome Oncobiome cancer therapy cancer 16S rRNA sequencing ISH FISH establishment troubleshooting xenograft in vivo
Schlagwörter
(Deutsch)
Mikrobiom Onkobiom Krebstherapie Krebs 16S rRNA Sequenzierung ISH FISH Methodenetablierung Troubleshooting Xenograft in vivo
Autor*innen
Daphne del Carmen Kolland
Haupttitel (Deutsch)
The oncobiome in preclinical in vivo models (critical issues and challenges)
Paralleltitel (Deutsch)
Das Onkobiom in präklinischen in vivo-Modellen
Publikationsjahr
2019
Umfangsangabe
65 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Deutsch
Beurteiler*in
Wolfgang Sommergruber
Klassifikationen
35 Chemie > 35.79 Biochemie: Sonstiges ,
42 Biologie > 42.03 Methoden und Techniken der Biologie
AC Nummer
AC15416046
Utheses ID
51320
Studienkennzahl
UA | 066 | 863 | |