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Analysis of the histone epi-proteome in glioma cells
Nele Feldmann
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Chemie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Biologische Chemie
Betreuer*in
Lothar Brecker
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Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
DOI
10.25365/thesis.59449
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-26558.73055.611161-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Genexpression und Chromatinstruktur in tierischen Zellen werden durch unterschiedlichste epigenetische Mechanismen wie zum Beispiel posttranslationalen Histonmodifikationen gesteuert. Veränderungen dieses Modifikationsmuster bildet die Ursache zahlreicher Erkrankungen. Aufgrunddessen wächst das Interesse die, der epigenetischen-Prozesse, zugrundeliegenden Mechanismen aufzudecken. Bis heute bediente man sich bevorzugt antikörper-basierten Methoden wie zzum Beispiel dem Immunoblotting, Immunohistochemie oder dem Chromatin ImmunoPrecipitation DNA-Sequencing, um Veränderungen des Histonmodifikationsmusters aufzudecken. Das Hauptaugenmerk liegt hierbei vor allem auf Methylierungs-, Acetylierungs- und Phosphorylierungsreaktionen. In Bezug auf die bis dato verwendeten experimentellen Methoden ist besonders der Umstand, dass es nur Antikörper im Hinblick auf bereits bekannte Histonmodifikationen gibt, limitierend [1]. Das Ziel dieses Projekts war die Identifikation der Veränderungen im Histonprofil unter Verwendung einer kürzlich entwickelten Methode, die auf massenspektrometrischen Messungen basiert. Untersucht wurde der Einfluss verschiedener Inhibitoren sowohl auf HeLa Zellen als auch auf Glioblastom-Zellen. Diese Inhibitoren hemmen die spezifischen Enzyme, die in epigenetische Prozesse eingebunden sind. Es wurden die Veränderungen von über 100 Histonmodifikationen quantifiziert. Die so generierten Daten zeigen, dass diese neue Methode, vor allem in Kombination mit etablierten biologischen Untersuchungsansätzen, eine neue Strategie bilden, um den Zusammenhang zwischen epigenetischen Veränderungen und der Entwicklung verschiedenster Erkrankungen zu untersuchen.
Abstract
(Englisch)
Gene expression and the arrangement of chromatin structure in marmmalian cells is regulated by epigenetic mechanisms such as post-translational modifications of histones. Therefore the investigation on the modification system plays a crucial role in the understanding of epigenetic processes. The methods of choice to investigate on PTMs are antibody-based and include immunoblotting, immunohistochemistry and ChIP-seq. But a limiting circumstance is the availability of antibodies: they are act only against few of the reported histone modifications and sequence isoforms [1]. The aim of this project was to identify changes in the abundance of >100 histones after treatment with small molecule inhibitors that inhibit specific epigenetic modifiers. Using a recently developed mass spectrometry-based approach we were able to study the function and regulation of the inhibited epigenetic enzymes. The obtained results show that histone epi-proteomics provide a new strategy, especially in combination with other approaches, to create a link between epigenetic changes and the development of a disease.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
posttranslationale modifications histone epi-proteome glioma cell lines mass spectrometry inhibitors
Schlagwörter
(Deutsch)
Posttranslationale Modifikationen Histon Epi-Proteom Glioblastom Zelllinien Massenspektrometrie Inhibitoren
Autor*innen
Nele Feldmann
Haupttitel (Englisch)
Analysis of the histone epi-proteome in glioma cells
Paralleltitel (Deutsch)
Analyse des Histon Epi-Proteom in Gliomazellen
Publikationsjahr
2019
Umfangsangabe
V, 58 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Lothar Brecker
Klassifikationen
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.00 Naturwissenschaften allgemein: Allgemeines ,
35 Chemie > 35.23 Analytische Chemie: Allgemeines ,
35 Chemie > 35.26 Massenspektrometrie
AC Nummer
AC15541322
Utheses ID
52505
Studienkennzahl
UA | 066 | 863 | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1