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Detection of methylated tumor DNA in serum as a marker for the colorectale carcinoma
Alexandra Cee
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Ibrahim Elmadfa
DOI
10.25365/thesis.5910
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29273.47027.890465-4
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Kolorektale Karzinome sind die dritthäufigsten bösartigen Tumore weltweit. Daher ist es wichtig eine sensitive und verlässliche Methode für die Diagnose und die Verlaufskontrolle dieser Erkrankung zu finden. Ein Ansatz für diesen Zweck ist, epigenetisch veränderte DNA im Serum als Marker für das kolorekale Karzinom zu nützen. Daher war das Ziel unseres Projektes eine Methode für die Detektion und Quantifizierung von methyliertem RASSF1A und P16 im Serum zu finden.
Nach der Etablierung einer Standardkurve, verglichen wir zwei Ansätze für die Berechnung des Methylierungslevels einer Probe. Die Berechnung des %Methylierung Werts lieferte akkuratere Ergebnisse, während die „Percentage of Methylated Reference“ Methode praktikabler ist. In einem weiteren Schritt untersuchten wir die Effizienz fünf verschiedener, kommerziell erhältlicher Kits für die Aufreinigung von DNA. Wir konnten zeigen, dass der Kit, der auf einer Methode basiert, die magnetic beads nützt, die besten Ergebnisse erzielte. Wir testeten auch eine Bisulfit-unabhängige, auf Restriktionsenzymen basierende Methode für die quantitative Detektion von methylierten DNA Sequenzen im Serum, die aber keine Verbesserung der Sensitivität brachte.
Anschließend benutzen wir das geeignetste Protokoll um Serumproben von Patienten mit kleinzelligen Lungenkarzinom und kolorektalem Karzinom zu untersuchen. Wir konnten bei 2 von 8 (25%) Bronchialkarzinom Patienten und 0 von 9 (0%) CRC Patienten methyliertes RASSF1A detektieren. Bei der Untersuchung auf P16 waren alle Proben aus beiden Gruppen negativ.
Abstract
(Englisch)
Colorectal carcinomas (CRCs) are the third most common malignant tumors worldwide. Thus, it is important to find sensitive and reliable methods for the diagnosis and the clinical monitoring of this disease. An approach for this purpose is the use of epigentically altered DNA as a marker for the CRC. Therefore, the aim of our project was to establish methods to detect and quantify the methylated forms of the genes P16 and RASSF1A in serum.
After the establishment of the standard curve, we compared two approaches for calculating the methylation level of a sample. We obtained more accurate results using the %methylation approach, on the other hand the calculation of the Percentage of Methylation Reference (PMR) is more reasonable and more practicable to perform. Second we compared the efficiency of five different, commercially available DNA isolation kits. We found that the kit applying magnetic beads provided the best extraction rates. Finally, we tested also another, sodium-bisulfite independent, restriction enzyme based method to quantitatively detect methylated DNA sequences in serum. But it did not improve the sensitivity of the method.
Using the most efficient protocol, we analyzed serum samples of small cell lung cancer (SCLC) and of CRC patients. We could detect methylation of RASSF1A in 2 of 8 (25%) lung cancer patients and in 0 of 9 (0%) of CRC patients. When using the primer and probes for P16 all samples of both cancer groups were negative.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
methylated DNA serum tumor marker colorectal carcinoma RASSF1A P16
Schlagwörter
(Deutsch)
methylierte DNA Serum Tumor Marker Kolorektales Karzinom RASSF1A P16
Autor*innen
Alexandra Cee
Haupttitel (Englisch)
Detection of methylated tumor DNA in serum as a marker for the colorectale carcinoma
Paralleltitel (Deutsch)
Detektion von Methylierter Tumor DNA im Serum als Marker für das Kolorektale Karzinom
Publikationsjahr
2009
Umfangsangabe
86 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Ibrahim Elmadfa
AC Nummer
AC07805434
Utheses ID
5303
Studienkennzahl
UA | 474 | | |