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Establishing a trans-packaging system for TBEV replicons to study events of complementation and recombination in the genus Flavivirus
Angelika Berger
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Franz Xaver Heinz
DOI
10.25365/thesis.6158
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29305.53384.518666-1
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Das FMSE Virusgenom besteht aus einem einzelsträngigen RNA Molekül mit positiver Polarität, welches für drei Strukturproteine und sieben Replikationsproteine codiert. Flavivirusgenome, die keine infektiösen Viruspartikel produzieren, werden durch Deletion eines oder mehrerer Strukturproteine generiert und als Replikons bezeichnet. Das Ziel der präsentierten Arbeit war die Verpackung von FSME Virus Replikons in Viruspartikel, mit welchen verschiedene Zelltypen infiziert werden können um verschiedene Aspekte der Flavivirusbiologie wie RNA Rekombination und Packaging untersuchen zu können. Nach Expression der Strukturproteine CprME im Alphavirusvektor VEEV zusammen mit FSME Virus Replikons in BHK-21 Zellen, konnten Viruspartikel, die Replikon RNA enthielten und ein Zelle nur einmal infizieren konnten, produziert werden. Unterschiedliche Zelltypen wurden mit verschiedenen verpackten Replikons zweifach infiziert um mögliche rekombinante Viren zu erfassen. Hierbei zeigte sich, dass die Infektiosität der verpackten Viruspartikel stark zwischen den untersuchten Zelltypen BHK-21, MEF, HEK 293T, IRE-18 variierte und dass Komplementation in trans nur in HEK 293T Zellen nachgewiesen werden konnte. Da die Anzahl der infizierten Zellen zu gering war um eine effiziente Komplementation zwischen den Replikons in der Wirtszelle nachzuweisen, konnten auch keine Zellpassagen durchgeführt werden um rekombinante Viren nachzuweisen. Daher sollte die Produktionseffizienz bei Verpackung der Replikons optimiert werden indem einerseits die Zelllinie HEK 293T zur Verpackung herangezogen wurde und andererseits die Strukturproteine CprME durch das DNA Expressionsplasmid phSV40 in trans zur Verfügung gestellt wurden. In beiden Fällen wurden erfolgreich FSME Virus Replikons in Viruspartikel verpackt, allerdings konnte eine Effizienzoptimierung der Methode nicht erreicht werden und daher war uns die Anwendung zur Untersuchung von Rekombination nicht möglich.
Abstract
(Englisch)
The genome of the flavivirus TBEV consists of a single, positive-strand RNA molecule which encodes three structural and seven non-structural proteins. Flavivirus genomes defective in the production of infectious virus particles are constructed by deletion of one or more structural proteins and are characterized as replicons. We utilized a system to package TBEV replicons into virus particles to allow the infection of different cell types to study different aspects of the flavivirus biology including RNA recombination and packaging. Upon co-expression of TBEV replicons and the structural proteins CprME employing the alphavirus vector VEEV in BHK-21 cells, packaged replicons were recovered which were only capable of infecting a cell once and were termed single round infectious particles (SIPs). The produced SIPs were used in co-infection experiments to test their compatibility for studies on recombination. The infectivity of the produced SIPs strongly varied between the cell types BHK-21, MEF, HEK 293T, IRE-18 and trans-complementation only worked well in HEK 293T cells. However, the number of infected cells was generally too low to allow efficient complementation and therefore no passages could be performed to select recombinant viruses. Consequently, we tried to optimize the production of SIPs first by utilizing HEK 293T cells for packaging of TBEV replicons and secondly by expressing CprME via the plasmid DNA vector phSV40. In both cases trans-packaging of TBEV replicons into SIPs was successful but did not achieve to augment the amounts of produced SIPs to allow investigation of recombination.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
Flaviviruses TBE virus Replicon Virus assembly Single round infectious particles Alphaviruses
Schlagwörter
(Deutsch)
Flaviviren FSME Virus Replikon Virusverpackung Alphaviren
Autor*innen
Angelika Berger
Haupttitel (Englisch)
Establishing a trans-packaging system for TBEV replicons to study events of complementation and recombination in the genus Flavivirus
Paralleltitel (Deutsch)
Etablierung eines Systems zur Verpackung von FSME Virus Replikons zum Studium der Komplementation und Rekombination im Genus Flavivirus
Publikationsjahr
2009
Umfangsangabe
89 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Franz Xaver Heinz
Klassifikationen
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
42 Biologie > 42.32 Virologie
AC Nummer
AC08107791
Utheses ID
5534
Studienkennzahl
UA | 490 | | |