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Dimensional reduction through metric pseudotime
interfering developmental processes from single cell RNA sequence data samples
Christiane Puchhammer
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Physik
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Physik
Betreuer*in
Stefan Thurner
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Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
DOI
10.25365/thesis.63015
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-16297.20982.974158-4
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Abstracts

Abstract
(Deutsch)
In dieser Arbeit analysieren wir ein Set aus Daten, das mithilfe von Einzelzell-RNA-Seqenzierung erhoben wurde und die Entwicklung des Nebennierenmarks bei der Entstehung von Mausembryonen beschreibt. Wir verwenden Methoden die sowohl inder Physik als auch in den Komplexitätswissenschaften verwendet werden, um, wenn möglich, neue Erkenntnisse über die zeitliche Struktur der Genregulation in diesemEntwicklungsprozess zu erhalten. Hauptsächlich aber testen wir dabei, ob RNA-Sequenzierungsdaten aussagekräftig genug sind, um ein Differentialgleichungssystemmit den Daten zu fitten. Wir nehmen an, dass ein Entwicklungsprozess durch einelinearisierte Differentialgleichung mit der nichtlinearen Bedingung, dass die Menge einer Spezies positiv sein muss, beschrieben werden kann.
Abstract
(Englisch)
In this work we analyse a set of single cell RNA sequencing data that describes the development of the adrenal medulla in the genesis of mouse embryos. We use methods in the overlap of physics and complex science to gain new insights into the temporal structure of gene regulation during such developmental processes if possible, but mainly to test whether RNA sequencing data is sufficiently informative to fit an ODE model to the data. We assume that a developmental process can bedescribed by a linearized differential equation with a non-linear constraint forcing the species abundances to remain positive.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
dimensional reduction pseudotime cell differentiation gene regulatory processes functional optimization
Schlagwörter
(Deutsch)
Dimensionsreduktion Pseudozeit Zellteilung genetische Regulation Funktionaloptimierung
Autor*innen
Christiane Puchhammer
Haupttitel (Englisch)
Dimensional reduction through metric pseudotime
Hauptuntertitel (Englisch)
interfering developmental processes from single cell RNA sequence data samples
Paralleltitel (Deutsch)
Dimensionsreduktion durch metrische Pseudozeit
Publikationsjahr
2020
Umfangsangabe
51 Seiten
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Stefan Thurner
Klassifikationen
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.20 Nichtlineare Dynamik ,
33 Physik > 33.90 Physik in Beziehung zu anderen Fachgebieten ,
42 Biologie > 42.15 Zellbiologie
AC Nummer
AC16143006
Utheses ID
55801
Studienkennzahl
UA | 066 | 876 | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1