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Structural basis of ligand recognition at free fatty acid receptors
Paul Schubert
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Diplomstudium Pharmazie
Betreuer*in
Gerhard Ecker
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Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
DOI
10.25365/thesis.63464
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-18868.77539.685664-8
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Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Diese Arbeit verfolgt das Ziel, ein tieferes Verständnis für strukturelle und funktionelle Eigenschaften der Free Fatty Acid Rezeptoren zu erlangen. Basierend auf dem aktuellen Wissensstand über diese Rezeptorfamilie wurde mit der Hilfe von gängigen computergestützten Methoden versucht neue Erkenntnisse zu gewinnen. Homologiemo-dellierung ermöglichte es fundierend auf einer bereits ermittelten Kristallstruktur des Subtyps FFAR1 weitere Modelle der Subtypen FFAR2, FFAR3 und FFAR4 zu generieren. Auf der Grundlage dieser Modelle konnten weitere Experimente durchgeführt werden. Eine vergleichende Analyse zwischen FFAR1 und FFAR2 konnte eine Erklärung für die jeweilige Selektivität, welche von der Kettenlänge der dazugehörigen Fettsäure abhängt, liefern. Docking von sowohl endogenen als auch synthetischen Bindungspartnern führte zur Aufklärung der jeweiligen Bindungsmodi, einschließlich dem dualen Bindungsmodus von orthosterischen und allosterischen Liganden mit FFAR2. Abschließende Molekulardynamiksimulationen konnten weitere Details in einem dynamischen Kontext darstellen.
Abstract
(Englisch)
This paper’s aim is to lead to a deeper understanding of structural and functional properties of Free Fatty Acid Receptors. On the basis of the latest state of knowledge of this receptor-family, common computational methods were used to gain new insights. Homology modeling made it possible to generate models of all receptor subtypes based on an existing crystal structure of subtype FFAR1. On the basis of these models, further experiments were conducted. A comparative analysis between FFAR1 and FFAR2 resulted in an explanation for the carbon-chain-length-selectivity of each receptor. Molecular docking of both endogenous and synthetic ligands led to the elucidation of the according binding modes, including the dual binding mode of orthosteric and allosteric ligands at FFAR2. Concluding molecular dynamic simulations revealed additional details in a dynamic context.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
Free Fatty Acid Receptors Fatty Acids GPCR Computational Methods In Silico Pharmacy Chemistry Homologymodelling Docking
Schlagwörter
(Deutsch)
Free Fatty Acid Rezeptoren Freie Fettsäuren GPCR Computergestützte Methoden Pharmazie Chemie Homologiemodellierung Docking
Autor*innen
Paul Schubert
Haupttitel (Englisch)
Structural basis of ligand recognition at free fatty acid receptors
Paralleltitel (Deutsch)
Strukturelle Grundlagen der Ligandenerkennung an Freien Fettsäure-Rezeptoren
Publikationsjahr
2020
Umfangsangabe
vii, 59 Seiten : Illustrationen, Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Gerhard Ecker
Klassifikation
35 Chemie > 35.06 Computeranwendungen
AC Nummer
AC16146219
Utheses ID
56294
Studienkennzahl
UA | 449 | | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1