Detailansicht

Influence of Dam-like Methyltransferase (M.Nma φCh1- I) on φCh1 lifecycle and its mode of regulation
Laxmikant Wali
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molekulare Mikrobiologie, Mikrobielle Ökologie und Immunbiologie
Betreuer*in
Angela Witte
Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-11111.06329.543694-2
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Der temperente φCh1 Myovirus ist ein Kopf-Schwanz-Virus, der das haloalkaliphile Archaeon Natrialba magadii infiziert. φCh1 zeigt eine bemerkenswerte Anpassung an die extremen Bedingungen von 4-5M Salz und einem pH-Wert von 8,5-11, in denen sein einziger bekannter Wirt N. magadii wächst. Die 58,5 kbp lange dsDNA des viralen Genoms besteht aus 98 Open-Reading-Frames (ORFs). Weitere Analysen ergaben, dass ORF94 von φCh1 für eine Methyltransferase (M.NmaφCh1-I) kodiert, die für die Adeninmodifikation innerhalb der 5'-GA TC-3'-Sequenzen des φCh1-V irusgenoms verantwortlich ist. Die folgenden phänotypischen und Gen-Knockout-Charakterisierungsstudien zeigten eine mögliche direkten und/oder indirekten Regulation der ORF94-Expression durch ORF43/44 bzw. 48/49. Während Konsens darüber besteht, dass Methyltransferasen unter anderem als regulatorische Elemente in Prokaryoten und Eukaryoten wirken, ist ihre Bedeutung und Funktion(en) im Lebenszyklus von Viren noch nicht verstanden. Diese Arbeit zielt auf einer grundlegenden Ebene darauf ab, die Bedeutung und den Einfluss der Methyltransferase (ORF94) auf den viralen Lebenszyklus von φCh1 zu verstehen, und erforscht gleichzeitig die Modi der ORF94-Regulation, indem sie den Einfluss von ORF43/44 und ORF48/49 auf ORF94 weiter untersucht. Um den Einfluss der Methyltransferase auf den viralen Lebenszyklus von φCh1 zu untersuchen, wurde ORF94 durch Klonierung in ein Plasmid mit hoher und niedriger Kopienzahl überexprimiert. Gleichzeitig wurde das gesamte virale Genom von φCh1, isoliert aus den Stämmen N. magadii L11 (pNB102-ORF94) und N. magadii L11 (pNB102-ORF94_M2), einem vergleichenden V erdau mit isoschizomeren Restriktionsenzymen unterzogen, um die Adeninmethylierung zu quantifizieren. Weiterhin wurde der Einfluss von ORF43/44 und ORF48/49 auf ORF94 untersucht, indem die entsprechenden Gene überexprimiert und die phänotypischen V eränderungen, das Lyseverhalten, die Produktion von viralen Partikeln und die Produktion von viralen Schlüsselproteinen analysiert wurden. In parallelen in vivo-Experimenten wurde ORF44 unter der Kontrolle des Tryptophan-induzierbaren Promotors von N. magadii zusammen mit dem Wildtyp ORF94 oder der Mutante ORF94_M2 exprimiert, um insbesondere die Wirkung von gp44 auf ORF94 zu verstehen. Die Ergebnisse deuten auf das Vorhandensein eines noch unbekannten Regulationsweges von ORF94 hin, der dosisunabhängig ist. Weitere Beweise werden zur Unterstützung unserer Hypothese präsentiert, dass gp44 die Expression von ORF94 reguliert, indem es seine Upstream-Sequenz erkennt. Obwohl keine eindeutigen Beweise dafür gefunden wurden, dass ORF48/49 die Expression von ORF94 beeinflusst, werden Ergebnisse präsentiert, die die drastischen Veränderungen im Phänotyp und in der Produktion von viralen Schlüsselproteinen zeigen, die durch die Überexpression von ORF94 zusammen mit ORF48 oder ORF49 entstehen.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Deutsch)
Methyltransferase Archaea N. magadii φCh1 Genregulation temperenter Virus
Autor*innen
Laxmikant Wali
Haupttitel (Englisch)
Influence of Dam-like Methyltransferase (M.Nma φCh1- I) on φCh1 lifecycle and its mode of regulation
Publikationsjahr
2021
Umfangsangabe
83 Seiten : Diagramme
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Angela Witte
Klassifikation
42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie
AC Nummer
AC16194601
Utheses ID
59238
Studienkennzahl
UA | 066 | 830 | |
Universität Wien, Universitätsbibliothek, 1010 Wien, Universitätsring 1