Detailansicht
Generation of inducible epigenome editing tools
Kalina Bozhkova
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Genetik und Entwicklungsbiologie
Betreuer*in
Christian Seiser
DOI
10.25365/thesis.70260
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-11187.80912.609422-3
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die Erforschung der Rolle der DNA-Methylierung in der frühen Präimplantationsentwicklung und der Reprogrammierung von zellulärer Potenz wird dazu beitragen, grundlegende Fragen zur frühen Entwicklung zu beantworten und zu neuen Strategien für die regenerative Medizin beitragen. Erst seit kurzem ist eine gezielte Manipulation der DNA-Methylierung aufgrund der Entdeckung des CRISPR/Cas9-Systems und der Verwendung eines dCas9 möglich. Im Rahmen dieser Masterarbeit wurde mit Hilfe eines dCas9- und eines PB-Transposon-Vektors ein induzierbares Epigenom-Editing-Tool zur gezielten Manipulation von DNA Methylierung erstellt. Das Potenzial dieses neuartigen Tools zur Manipulierung der DNA-Methylierung wurde über einen längeren Zeitraum getestet. Darüber hinaus wurde die Möglichkeit zum „Multiplexed Editing“ mehrerer genomischer Loci in derselben Zelle untersucht, indem ein einzelner Expressionsvektor erzeugt wurde, der mehrere gRNAs beherbergt. Als Targets für das Editing-Tool wurden wichtige Schlüsselfaktoren ausgewählt, die an der Induktion von „2C-like cells“ (2CLCs) beteiligt sind. Schließlich wurden die Auswirkungen des neu geschaffenen Epigenom-Editing-Systems auf die 2CLC-Population analysiert. Die Ergebnisse dieser Masterarbeit ergaben neue Erkenntnisse über das Design und die Effizienz neuartiger Werkzeuge zur Epigenom-Editierung, die wesentlich dazu beitragen werden, effiziente neuartige Epigenome-Editing Tools herzustellen, welche dazu beitragen werden grundlegende epigenetische Fragen der DNA-Methylierungs-Reprogrammierung in Entwicklung und Krankheit zu verstehen.
Abstract
(Englisch)
Studying the role of DNA methylation in early preimplantation development and reprogramming of cellular potency will unravel fundamental questions about early development and further help to advance novel strategies for regenerative medicine. Only recently targeted manipulation of DNA methylation has become available due to the discovery of the CRISPR/Cas9 system, and the utilization of a dCas9. In the course of this master thesis an inducible epigenome editing tool for the targeted manipulation of DNA methylation of selected genomic loci has been created, by utilizing a dCas9-system and a PB-transposon vector for generating stable transgenic cell lines. The potential of the tool to edit DNA methylation for a prolonged time has been tested. Additionally, multiplexed editing of several genomic loci in the same cell has been examined, by creating a single “CARGO”-vector harboring multiple small guide RNAs. As targets important key factors involved in the induction of “2C-like cells” (2CLCs) have been selected to study the effects of the newly created epigenome editing system on the 2CLC-population in mouse embryonic stem cells. The results generated during this master thesis revealed new insights into the design and efficiency of novel epigenome editing tools, which will greatly help to generate improved epigenome editing tools to study fundamental epigenetic questions of DNA methylation reprograming in development and disease.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
DNA methylation epigenome editing 2C-like cells cellular potency CRISPR/dCas9
Schlagwörter
(Deutsch)
DNA-Methylierung Epigenom-Editierung 2C-ähnliche Zellen zelluläre Potenz CRISPR/dCas9
Autor*innen
Kalina Bozhkova
Haupttitel (Englisch)
Generation of inducible epigenome editing tools
Publikationsjahr
2021
Umfangsangabe
VI, 75 Seiten, Seite VI - VII : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Christian Seiser
AC Nummer
AC16467166
Utheses ID
60246
Studienkennzahl
UA | 066 | 877 | |