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RNA viruses in aquatic systems
Susanne Fister
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Betreuer*in
Sylvia Hagemann
Alle Rechte vorbehalten / All rights reserved
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29605.26916.521369-0
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)

Abstracts

Abstract
(Deutsch)
Enteroviren sind häufige über Wasser verbreitete Pathogene, die ernsthafte bis lebensbedrohliche Krankheiten verursachen können und als Wasserqualitätsindikatoren dienen. In dieser Arbeit wurde untersucht ob Enteroviren auch in heimischen Gewässern vorhanden sind und um welche Enteroviren es sich handelt. Da die Überlebenszeit von Viren im Sediment größer ist als im Freiwasser, Viren aus dem Wasser ins Sediment absinken können und außerdem die Möglichkeit besteht, dass die Viren dort auf Grund von Wasserbewegungen wieder ausgespült und über das Wasser in Umlauf gebracht werden können, wurden nicht Wasser- sondern Sedimentproben untersucht. Für vorliegende Arbeit wurde im November 2008 eine Sedimentprobe aus dem Wasserpark sowie Sedimentproben von Februar, Mai und August 2009 aus der Alten Donau verwendet. Als Kontrolle und Beispiel für ein „verschmutztes Gewässer“ wurde ausserdem eine Abwasserprobe untersucht. Es wurden verschiedene Methoden getestet, wobei nur 3 teilweise erfolgreich waren: Bei der ersten Methode wurde direkt aus dem Sediment RNA isoliert, bei den anderen beiden erfolgte vor der RNA Isolation eine Virenkonzentration durch Filtration oder Präzipitation. Die isolierte RNA wurde in cDNA umgeschrieben, ein Teil der 5`-UTR mittels PCR oder semi-nested PCR amplifiziert, kloniert und sequenziert. Die Sequenzdaten wurden computergestützt analysiert. Wurde direkt aus den Sedimentproben – also ohne vorhergehende Virenkonzentration – RNA isoliert oder nur mit „einfacher“ PCR gearbeitet, konnten keine positiven Resultate erzielt werden. Echovirus 30 ähnliche Sequenzen konnten mittels semi-nested PCR aus RNA-Isolaten der konzentrierten Proben amplifiziert werden. Hinweise darauf, dass mit den verwendeten 5`-UTR-spezifischen Primern auch andere Enteroviren amplifiziert wurden, stellten sich als Sequenzierungs-Artefakte heraus. Somit weisen die untersuchten Sedimente eine sehr geringe Diversität der Viren, die mit den verwendeten Primern hätten gefunden werden können, auf.
Abstract
(Englisch)
Enteroviruses are common waterborne pathogens which can cause serious or even life threatening diseases and which can be used as potential markers for determination of water quality. In this work it was investigated if and which enteroviruses are present in domestic waters. Viruses persist longer in sediments than in water column and viruses of water column are likely to settle onto the sediment. There viruses may be resuspended due to water turbulences and thereby redistributed in the system. Therefore we choose to investigate rather sediment samples than water samples. For this work sediment samples of Wasserpark of November 2008 and of the Alte Donau of February, May and August 2009 were collected. As a control and an example for polluted water a sewage sample was used. Several methods were tested but only 3 were partly successful: In the first approach RNA was isolated directly out of sediment sample; in the other 2 approaches virus concentration via filtration or precipitation was done before RNA isolation. Then RNA was transcribed into cDNA. Amplification of a part of the 5’UTR was carried out using PCR or semi-nested PCR and PCR products were cloned and sequenced. Sequence data were analyzed computer-based. If RNA was isolated directly out of sediment samples (without virus concentration before) or if only single (and not semi- nested) PCR was done, no positive results were obtained. Employing semi- nested PCR based on RNA isolates of concentrated samples Echovirus 30 similar sequences could be amplified. Indications that PCRs using the primers specific for the 5‘-UTR resulted also in the amplification of other enteroviruses turned out to be sequencing artifacts. Therefore the investigated sediments are poor in virus diversity which could be found with the employed primers in theory.

Schlagwörter

Schlagwörter
(Englisch)
RNA viruses enteroviruses pathogens freshwater sediments
Schlagwörter
(Deutsch)
RNA Viren Enteroviren Pathogene Wasser Sediment
Autor*innen
Susanne Fister
Haupttitel (Englisch)
RNA viruses in aquatic systems
Paralleltitel (Deutsch)
RNA Viren in aquatischen Systemen
Publikationsjahr
2009
Umfangsangabe
IX, 74, iii S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Sylvia Hagemann
Klassifikationen
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
42 Biologie > 42.20 Genetik ,
42 Biologie > 42.30 Mikrobiologie ,
42 Biologie > 42.32 Virologie
AC Nummer
AC08115700
Utheses ID
6142
Studienkennzahl
UA | 441 | | |
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