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Identification and validation of new interactors from unbiased Turbo ID screen
Biljana Andjelkovic
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Pharmazie
Betreuer*in
Manuela Baccarini
DOI
10.25365/thesis.71245
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-31074.15051.334382-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
In den letzten Jahren hat das Interesse an der Suche und Beschreibung lysosomaler Rollen bei der Zellsignalübertragung einen anhaltenden Anstieg erfahren. Studien aus dem letzten Jahrzehnt haben gezeigt,
dass das Lysosom ein Koordinationszentrum für verschiedene Signalereignisse ist, einschließlich Autophagie, Translation, Genexpression, Organellenbewegung und vielem mehr andere Prozesse. Um diese vielfältigen Funktionen auszuüben, ist die Oberfläche des Lysosoms mit Proteinen und Proteinkomplexen dekoriert. Das Ziel dieses Projektes ist die Kartierung der lysosomalen Oberfläche, um ein Verständnis der räumlichen Verteilung lysosomaler Membranproteine zu erhalten und zu sehen. Wir haben uns für eine gängige Markierungstechnik ("proximity-dependent labeling") gekoppelt mit Massenspektrometrie entschieden. Dazu wurden sieben späte endosomale und lysosomale Proteine (LAMTOR1, LAMTOR3, Rab7, TMEM192, LAMP1, LAMP2A und LAMP2B) mit der Biotin-Ligase TurboID fusioniert und in HeLa-Zellen exprimiert. Außerdem wollten wir die Protein-Interaktionsdynamik an der lysosomaler Oberfläche bezüglich räumlicher Reorganisation innerhalb der Zelle untersuchen.
Abstract
(Englisch)
In recent years, there has been a continuing surge of interest in finding and describing lysosomal roles in cell signaling. Studies from the past decade revealed that the lysosome is a coordination center for different signaling events, including autophagy, translation, gene expression, organelle movement, and many other processes. In order to execute these multiple functions the lysosome’s surface is decorated with protein and protein complexes. The aim of this project is to map the lysosomal surface in order to get an understanding of the spatial distribution of lysosomal membrane proteins as well as to see which factors are recruited to the specific complex sites. We decided to use a proximity-dependent labeling approach coupled to mass spectrometry. To this purpose seven late endosomal and lysosomal proteins (LAMTOR1, LAMTOR3, Rab7, TMEM192, LAMP1, LAMP2A, and LAMP2B) were fused to the biotin ligase TurboID and expressed in HeLa cells. Moreover, we wanted to investigate the protein interaction dynamics at the lysosomal surface
upon spatial reorganization within the cell.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Lysosomen TurboID LAMPs Ragulator
Schlagwörter
(Englisch)
Lysosomes TurboID Ragulator LAMPs
Autor*innen
Biljana Andjelkovic
Haupttitel (Englisch)
Identification and validation of new interactors from unbiased Turbo ID screen
Publikationsjahr
2022
Umfangsangabe
vii, 49 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Manuela Baccarini
Klassifikationen
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie ,
44 Medizin > 44.41 Pharmazeutische Biologie
AC Nummer
AC16546442
Utheses ID
62416
Studienkennzahl
UA | 066 | 605 | |