Detailansicht
Histone H2A variants organize the chromatin landscape in Arabidopsis thaliana
Bhagyshree Jamge
Art der Arbeit
Dissertation
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Doctor of Philosophy-Doktoratsstudium Molecular Biosciences (DissG: Molekulare Biologie)
Betreuer*in
Frédéric Berger
DOI
10.25365/thesis.72074
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-22675.98575.396118-5
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Meine Forschungsarbeit konzentriert sich auf das Verständnis des Beitrags von Histon-Varianten bei der Definition der Chromatinzustandslandschaft in der Modellpflanze Arabidopsis thaliana. Meine Ergebnisse zeigen, dass Histon-H2A-Varianten eine Schlüsselrolle bei der Unterteilung des Arabidopsis-Genoms in verschiedene Chromatin-Domänen spielen. In meiner Arbeit habe ich die Landschaften der Chromatinzustände in Arabidopsis thaliana charakterisiert. Dabei konnte ich feststellen, dass Histonvarianten bei der Definition der verschiedenen Chromatinzustände in Arabidopsis eine wesentliche Rolle spielen. Wir zeigen, dass Subtypen von H2A.W verschiedene Subtypen von konstitutivem Heterochromatin definieren. Überraschenderweise sind die verschiedenen Chromatinzustände mit spezifischen Transposon-Familien und einer neuen Klasse von Genen verbunden, die in den Gameten exprimiert werden. H2A.Z ist die Histonvariante, die mit allen entwicklungsunterdrückten Genen assoziiert ist, und sie ist nicht unbedingt mit H3K27me3 verbunden. Bei exprimierten Genen assoziieren die Chromatinzustände auf spezifische Weise und bilden unterschiedliche Chromatinlandschaften. Diese Landschaften definieren die Art der Aktivität von RNA Pol II. Insgesamt führt diese umfassende Analyse das Konzept der Chromatinlandschaft als stereotype Anordnung von Chromatinzuständen ein und unterstützt, dass Chromatinlandschaften die Transkriptionsregulation steuern. In einem parallelen Projekt war ich daran interessiert zu verstehen, wie Chromatin-Remodelers die Chromatinlandschaften aufrechterhalten oder beeinflussen. Hier haben wir den Wirkmechanismus des Chromatin-Remodelers Decrease in DNA methylation 1 (DDM1) aufgedeckt. DDM1 ist ein SWI/SNF2-Chromatin-Remodeler, der zuvor mit dem Verlust von DNA-Methylierung und H3K9me2 in Verbindung gebracht wurde, dessen direkte Wirkung jedoch unbekannt war. Durch diese Arbeit konnten wir zeigen, dass DDM1 an Histonvarianten H2A.W bindet und H2A.W an bestimmten Transposon-Loci ablagert, um Transposons in einem silenced chromatin state zu halten.
Abstract
(Englisch)
My research focuses on understanding the contribution of histone variants in the in the definition of the chromatin state in the model plant Arabidopsis thaliana. My Results show that Histone H2A variants play a key role in the division of Arabidopsis Play genomes in different chromatin domains. In my work, I have characterized the landscapes of chromatin states in Arabidopsis thaliana. I found that histone variants are essential in the definition of the different chromatin states in Arabidopsis. Conditions in Arabidopsis are essential. We show that subtypes of H2A.W different subtypes of define constitutive heterochromatins. Surprisingly, the various chromatin states are associated with specific Transposon families and a new class of genes expressed in Gameten. H2A.Z is the histone variant associated with all developmentally suppressed genes, and it is not not necessarily associated with H3K27me3. In expressed genes, the chromatin states associate in a specific way to different chromatin landscapes. These landscapes define the the type of activity of RNA Pol II. Overall, this comprehensive analysis leads the concept of Chromatin landscape as a stereotypical arrangement of chromatin states and proves that Chromatine landscapes control transcription regulation. In a parallel project, I was interested in understanding how chromatin remodelers or influence the chromatin landscapes. Here we have the mechanism of action of the Chromatin remodelers Decrease in DNA methylation 1 (DDM1). DDM1 is an SWI/SNF2 Chromatine remodeler, which was previously associated with the loss of DNA methylation and the loss of of H3K9me2, but the direct effect of DDM1 was unknown. Through this work, we were able to show show that DDM1 binds to histone variants H2A.W and H2A.W to certain Transposon loci is deposited to keep transposons in a silenced chromatin state.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Chromatin states Chromatin landscape Histone variants Histone modifications Transposon silencing Chromatin remodeller
Schlagwörter
(Englisch)
Chromatin-Zustände Chromatin-Landschaft Histon-Varianten Histon-Modifikationen Transposon-Silencing Chromatin-Remodeller
Autor*innen
Bhagyshree Jamge
Haupttitel (Englisch)
Histone H2A variants organize the chromatin landscape in Arabidopsis thaliana
Paralleltitel (Deutsch)
Histon H2A-Varianten organisieren die Chromatinlandschaft in Arabidopsis thaliana
Publikationsjahr
2022
Umfangsangabe
xii, 134 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*innen
Crisanto Gutierrez ,
Arndt <<von>> Haeseler
Klassifikation
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC16598996
Utheses ID
63725
Studienkennzahl
UA | 794 | 620 | 490 |