Detailansicht
Characterization of the repeatome and karyotype of Capsicum flexuosum (Solanaceae) with special emphasis on tandem repeats
Nadine Jany
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Genetik und Entwicklungsbiologie
Betreuer*in
Hanna Schneeweiss
DOI
10.25365/thesis.71916
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-26455.98102.708278-9
Link zu u:search
(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Fünf von fast 40 Chili Arten sind wichtige Gemüse und Gewürzpflanzen die weltweit konsumiert werden. Trotz der wirtschaftlichen Wichtigkeit der Gattung ist relativ wenig über die Komposition des Genoms von speziell wilden Capsicum Arten bekannt. Alle Capsicum Arten sind diploid, ihre Genomgröße variiert jedoch stark, was auf eine aktive Rolle von repetitiver DNA in der Evolution der Gattung hindeutet. Satelliten DNAs und besonders rDNAs werden oft als chromosomale Marker genutzt um einen Einblick in die Evolution des Karyotyps und Genoms von vielen Pflanzengruppen zu gewinnen. Das Ziel dieser Arbeit ist die Charakterisierung des Karyotyps und der repetitiven DNA Fraktion einer wilden Capsicum Art, C. flexuosum, welche das größte Genom von allen Capsicum Arten vorweist. Genome-Skimming und die RepeatExplorer Pipeline wurden verwendet um das Repeatom von C. flexuosum zu charakterisieren. Großteils bestand das Genom aus Ty3-gypsy Retrotransposons, ähnlich wie in anderen Solanaceae Gattungen. Sieben Satelliten DNAs, welche 7% des Genoms ausmachten, wurden identifiziert. Zwei von diesen waren neu und einzigartig für das Taxon. Zwei 35S und 5S rDNAs und zehn früher identifizierte Satelliten DNAs wurden auf den Chromosomen von C. flexuosum durch fluorescence in situ hybridization gefunden. Die meisten Tandem Repeats variierten zu teilen und wiesen Polymorphismen auf, mit der Ausnahme von 5S rDNA. Die meisten Satelliten DNAs wurden in Heterochromatin Blöcken gefunden. Alle zwölf Chromosomenpaare von C. flexuosum konnten durch die Kartierung der zwölf Repeats eindeutig identifiziert werden.
Abstract
(Englisch)
Five of nearly 40 chile pepper species are important vegetable and spice crops consumed worldwide. Given the economic importance of the genus, little is known about the genome and its composition especially of wild Capsicum species. All pepper species are diploids, but their genome sizes vary significantly, implying active role of repetitive DNAs in genome evolution of the genus. Satellite DNAs and rDNAs in particular are widely used as chromosomal markers to gain better insight into the evolution of karyotypes and genomes in many plant groups. This study aimed to characterize karyotype and repetitive DNA fraction of one of the wild species of the genus Capsicum, C. flexuosum, possessing the largest genome among all chile pepper species. Genome skimming and RepeatExplorer pipeline were used to characterize the repeatome profile of C. flexuosum. The genome of this species was found to be mostly populated by Ty3-gypsy retrotransposons, similarly to other Solanaceae genera. Seven satellite DNAs were identified making up 7% of the genome, two of which were novel and unique to this taxon. Two 35S and 5S rDNAs as well as ten earlier identified satellite DNAs were mapped in the chromosomes of C. flexuosum using fluorescence in situ hybridization. Most of these tandem repeats showed some level of variation and polymorphisms, with the exception of 5S rDNA. Most of the satellite DNAs were mapped within the heterochromatic blocks. The mapping of all twelve repeats provided combinations of probes for unequivocal identification of all twelve chromosome pairs in C. flexuosum.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Genetik Satelliten DNA Capsicum Capsicum flexuosum FISH DNA-Sequenzierung Evolution Tandem Repeats
Schlagwörter
(Englisch)
genetics satellite DNA Capsicum Capsicum flexuosum FISH next-generation sequencing evolution tandem repeats
Autor*innen
Nadine Jany
Haupttitel (Englisch)
Characterization of the repeatome and karyotype of Capsicum flexuosum (Solanaceae) with special emphasis on tandem repeats
Paralleltitel (Deutsch)
Charakterisierung des Repeatoms und Karyotyps von Capsicum flexuosum (Solanaceae) mit einem Schwerpunkt auf Tandem Repeats
Publikationsjahr
2022
Umfangsangabe
58 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Hanna Schneeweiss
Klassifikation
42 Biologie > 42.20 Genetik
AC Nummer
AC16594508
Utheses ID
63754
Studienkennzahl
UA | 066 | 877 | |