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The proteome of the peroxisomal membrane
Isabella Magyar
Art der Arbeit
Diplomarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Chemie
Betreuer*in
Andreas Hartig
DOI
10.25365/thesis.7250
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-29893.71418.567670-6
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Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Peroxisomen sind kleine, von einer Einzelmembran umgebene Organellen, die in allen eukaryotischen Zellen vorkommen. Je nach Zelltyp und Umgebung beherbergen sie diverse Stoffwechselwege, unter anderem die ß-Oxidation von Fettsäuren, den Glyoxylatzyklus und den Stoffwechsel von Wasserstoffperoxid. Um diesen breitgefächerten Anforderungen gerecht zu werden müssen Peroxisomen ein breites Spektrum an Proteinen besitzen. Obwohl den Peroxisomen, seit ihrer ersten Isolierung in den 60er Jahren, viele Stoffwechselwege und neue Proteine mit unterschiedlicher Funktion zugeordnet werden konnten, bleibt das Studium des peroxisomalen Proteoms ein interessantes Arbeitsfeld. Diese Studie im Modellorganismus Hefe hatte zum Ziel eine neue Isolationsmethode für Peroxisomen – und langfristig gesehen auch für peroxisomale Vorstufen – einzuführen, die die klassische subzelluläre Fraktionierung durch Dichtegradientenzentrifugation mit FAOS bzw. FAVS (Fluorescence Activated Organellar / Vesicle Sorting) verbindet. Diese gereinigten Fraktionen sollten einer LC gekoppelten Tandem MS Analyse unterzogen werden um einerseits den Proteininhalt von Peroxisomen aus Hefezellen, die unter unterschiedlichen Bedingungen gewachsen sind, zu bestimmen und damit existierende Daten zu ergänzen und um andererseits neue Informationen über die dynamische Änderung der Proteinzusammensetzung der peroxisomalen Vorstufen während der Peroxisomen-Biogenese zu erlangen. Wir konnten reife Peroxisomen ausreichend intensiv mit fluoreszierenden Proteinen markieren um FAOS durchzuführen. Die MS Analyse der sortierten Fraktionen lieferte mehrere Kandidaten für neue peroxisomale Proteine, welche noch durch unabhähgige Methoden bestätigt werden müssen (MS Daten als Zusatzmaterial beigefügt). Die peroxisomalen Vorstufen betreffend konnten die vermeintlichen Startpunkte der Peroxisomen-Biogenese im ER mit fluoreszierenden Proteinen markiert werden, was weitere Tests ermöglicht, die sich mit der Einführung von FAVS als Reinigungsschritt vor der MS Analyse beschäftigen.
Abstract
(Englisch)
Peroxisomes are small, single membrane bound organelles present in all eukaryotic cells. Depending on the cell type and the environment peroxisomes harbour various metabolic pathways amongst others the ß-oxidation of fatty acids, the glyoxylate cycle and the metabolism of hydrogen peroxide. To meet these wide-ranging requirements peroxisomes must possess a large set of proteins. Although various metabolic pathways and new proteins of different functions have been assigned to peroxisomes, peroxisomal proteomic studies currently remain a field of intensive research. In this study employing yeast as model organism, we aimed at the establishment of a new isolation procedure for peroxisomes – and in the long run for peroxisomal precursors – combining classical subcellular fractionation by density gradient centrifugation with FAOS or FAVS respectively (Fluorescence Activated Organellar / Vesicle Sorting). These purified fractions should be subjected to LC coupled tandem MS to determine the protein content of peroxisomes from yeast grown under different conditions supplementing existing data and to gather new information about the dynamic changes of the protein composition of peroxisomal precursors during peroxisome biogenesis. We were able to establish sufficiently intense labelled mature peroxisomes to perform FAOS and the MS analysis of the sorted fractions revealed several candidates for new peroxisomal proteins which remain to be confirmed by independent methods (MS data as supplementary material). Concerning the peroxisomal precursors, the ER regions representing the putative starting points of peroxisome biogenesis could be labelled fluorescently allowing for future tests aiming at the implementation of FAVS as purification step prior to the MS analysis.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Englisch)
peroxisomes peroxisomal precursors FAOS FAVS
Schlagwörter
(Deutsch)
Peroxisomen peroxisomale Vorstufen FAOS FAVS
Autor*innen
Isabella Magyar
Haupttitel (Englisch)
The proteome of the peroxisomal membrane
Paralleltitel (Deutsch)
Das Proteom der peroxisomalen Membran
Publikationsjahr
2009
Umfangsangabe
110 S. : Ill., graph. Darst.
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Andreas Hartig
Klassifikationen
35 Chemie > 35.26 Massenspektrometrie ,
35 Chemie > 35.71 Biochemische Methoden
AC Nummer
AC08103240
Utheses ID
6567
Studienkennzahl
UA | 419 | | |