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Pan-cancer analysis of chromosome Y loss
Christoph Kreitzer
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Joint-Masterstudium Evolutionary Systems Biology
Betreuer*in
Ulrich Technau
DOI
10.25365/thesis.74017
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-26845.41381.789968-4
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die letzten zehn Jahre haben eine Flut von Tumor-Sequenzierungsdata geliefert. Dennoch wurde die Untersuchung des Chromosoms Y in genomweiten Analysen nahezu einheitlich vernachlässigt. Daher ist die spezifische Rolle des Y-Chromosoms in Bezug auf Tumorentstehung und -progression weitgehend unklar. In der vorliegenden Studie haben wir eine Analyse von Chromosom-Y-Aberrationen bei über 13,000 Patienten in über 45 verschiedenen Krebsarten durchgeführt. Wir haben unsere Ergebnisse mit orthogonalen Datenquellen validiert und Korrelationen mit klinisch-pathologischen und genomischen Faktoren festgestellt. Darüber hinaus wird der prognostische Wert von LOY in verschiedenen Malignitäten beleuchtet. Unsere Studie bestätigte die Eignung der MSK-IMPACT Sequenzierungsmethode und Daten zur Untersuchung von Chromosom-Y-Aberrationen sowohl in normalen als auch in Tumorproben. Wir haben im Durchschnitt 34.9% LOY in den männlichen Tumorproben detektiert, jedoch mit deutlichen Unterschieden zwischen und innerhalb von verschiedenen Krebsarten. Wir haben eine positive Korrelation von LOY mit chromosomaler Instabilität, ausgedrückt durch den Anteil des veränderten Genoms, festgestellt. Darüber hinaus wurden somatische Mutationen in KDM5C, KDM6A und CRLF2 mit LOY in verschiedenen Tumorlinien assoziiert. Letztlich konnten wir zeigen, dass LOY einen prognostischen Wert bei Prostata Adenokarzinomen birgt, da die Gesamtüberlebensdauer bei Patienten mit Y-Chromosomen länger ist. Wir kommen zu dem Schluss, dass LOY häufig vorkommt und weitgehend mit p53- vermittelter genomischer Instabilität assoziiert ist. Daher stellt es für die meisten Tumorarten ein Nebenprodukt der chromosomalen Instabilität dar. Bei Prostata Adenokarzinomen hat das Y-Chromosom jedoch eine klinische Bedeutung, vermutlich durch epigenetische Faktoren wie KDM5D. Zusammenfassend liefert unsere Studie einen umfassenden Katalog von LOY-Schätzungen, bestätigt viele der jüngsten Erkenntnisse und bietet eine Grundlage für weiterführende Untersuchungen.
Abstract
(Englisch)
The last decade provided a deluge of tumor sequencing data; however, the interrogation of chromosome Y in genome-wide tumor analysis was almost universally neglected. Thus, its impact on tumorigenesis and progression remains largely elusive. Here, we conducted a pan-cancer analysis of chromosome Y loss (LOY) across >13,000 patients spanning over 45 cancer types. We validated our findings using orthogonal data resources and further established correlations with clinicopathological and genomic factors. Furthermore, the prognostic value of LOY in various malignancies is elucidated. Our study confirmed the suitability of MSK-IMPACT sequencing data to study chromosome Y aberrations in both normal and tumor specimen, respectively. We observed LOY in 34.9% of male specimen; however, with marked differences across and within cancer types. LOY was positively correlated with chromosomal instability, expressed through the fraction of the genome altered. Moreover, somatic mutations in KDM5C, KDM6A, and CRLF2 were associated with LOY in various tumor lineages. Lastly, we provide evidence of the prognostic value of LOY in prostate adenocarcinoma, where overall survival is increased in patients retaining the Y chromosome. We conclude that LOY is common and largely associated with p53-mediated genomic instability. Hence, for most tumor types, it depicts a byproduct of CIN. However, for prostate adenocarcinomas, the Y chromosome is of clinical significance, presumably through epigenetic factors such as KDM5D. Taken together, our study provides a comprehensive catalog of LOY estimates, confirms many of the recent findings, and further warrants a resource for continuative investigations.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Tumor-Sequenzierung Y Chromosom
Schlagwörter
(Englisch)
Next-generation sequencing Copy-number alterations Y chromosome Tumor evolution Tumor-suppressor genes Prostate cancer
Autor*innen
Christoph Kreitzer
Haupttitel (Englisch)
Pan-cancer analysis of chromosome Y loss
Publikationsjahr
2023
Umfangsangabe
50 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Ulrich Technau
AC Nummer
AC16920328
Utheses ID
67519
Studienkennzahl
UA | 066 | 220 | |