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The toxin gp44 of N. magadii virus ΦCh1: is it a RNase or protease?
Anna Koch
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Zentrum für Molekulare Biologie
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Molecular Microbiology, Microbial Ecology and Immunobiology
Betreuer*in
Angela Witte
DOI
10.25365/thesis.73953
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-15474.58322.331730-8
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Das halo- und alkaliphile Archaeon N. magadii, wird von dem gemäßigten Virus φCh1 infiziert. Der Virus besitzt ein co-translatiertes und co-transkribiertes mutmaßliches Toxin-Antitoxin-System vom Typ II, das von ORF43/44 kodiert wird. ORF44 enthält eine PiN-Domäne und ORF43 keine Sequenz mit bekannter Funktion. Die entsprechenden Genprodukte gp43/44 verstärken nachweislich ORF48/49, welche an der Regulierung des φCh1-Zellzyklus beteiligt sind. Außerdem wird für gp44 eine Endoribonuklease-Aktivität erwartet, da gp34 in Anwesenheit von gp44 abgeschnitten wird. Es wird vermutet, dass ORF43 autoreguliert wird.
Um die mutmaßliche Nukleaseaktivität und den regulierenden Effekt auf ORF48 und ORF49 zu analysieren, wurden das Toxin ORF44 und das Antitoxin ORF43 unter Kontrolle des induzierbaren Promotors ptnaH kloniert. bgaH (β-Galaktosidase aus H. volcanii) wurde als Reportergen verwendet. Zur Überprüfung der Nukleaseaktivität von ORF43/44 wurden RNA-Proben entnommen, um mittels RT-PCR zu testen, ob sie bgaH mRNA schneiden.
Zur Untersuchung der Autoregulation von ORF43 wurde dieser unter Kontrolle des konstitutiven Promotors p34, dem Promotor von ORF34 der für das Schwanzfaserproteins kodiert, kloniert und auf einem zweiten Plasmid der Promotor p43 mit dem Reportergen bgaH fusioniert. Die mutmaßliche RNase-Aktivität von gp44 auf gp34 wurde mit Konstrukten untersucht, die ORF44 unter der Kontrolle des induzierbaren Promotors ptnaN (Tryptophanase-Promotor von N. magadii) enthalten.
Es konnte keine Autoregulation von ORF43 festgestellt werden. Die Auswirkungen von ORF43/44 auf ORF48 und ORF49 konnten nicht gemessen werden, da die Aktivität des Reportergens (bgaH) fehlte. Alle Plasmide mit dem induzierbaren Promotor schienen die Expression des Reportergens (bgaH) verloren zu haben. Die Expression von ORF43/44 führt zu einer verkürzten Version von gp34. Die RNA-Analysen waren wiedersprüchlich und müssen weiter verbessert werden.
Abstract
(Englisch)
The halo- and alkaliphile N. magadii archaeon infecting temperate virus φCh1 has one co-translated and co-transcribed putative toxin-antitoxin system type II, encoded by ORF43/44. ORF44 contains a PiN-domain and ORF43 no sequence of known function. The corresponding gene products gp43/44 have been shown to enhance ORF48/49 involved in the regulation of the φCh1 cell cycle. An endoribonuclease activity is expected for gp44, due to the truncation of gp34 in the presence of gp44, and ORF43 is expected to be autoregulated.
To analyze the putative nuclease activity and the regulating effect on ORF48 and ORF49 the toxin ORF44 and antitoxin ORF43 were cloned under control of the inducible promoter ptnaH. BgaH (β-galactosidase like activity from H. volcanii) was used as reporter gene. To analyze ORF43/44 for nuclease activity RNA samples were taken to test via RT-PCR if cleavage of bgaH mRNA is happening. For investigation of the autoregulation of ORF43 the promoter p43 was fused with the reporter gene bgaH and on a second plasmid ORF43 was cloned under control of the constitutive promoter p34 from ORF34 which encodes for the tail fiber protein. Putative RNase activity of gp44 on gp34 was investigated with constructs containing ORF44 under the control of the inducible promoter ptnaN (tryptophanase promoter from N. magadii).
No autoregulation of ORF43 could be identified. The effects of ORF43/44 on ORF48 and ORF49 could not be measured, because of a lack of reporter gene (bgaH) activity. All plasmids with the inducible promoter seemed to have lost expression of the reporter gene (bgaH). The expression of ORF43/44 leads to a truncated version of gp34 (Hofbauer, 2015). RNA analyses were inconsistent and need further improvement.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
φCh1 Archaea Natrialba magadii Haloferax volcanii L11 Toxin-antitoxin System BgaH
Schlagwörter
(Englisch)
φCh1 Archaea Natrialba magadii Haloferax volcanii L11 Toxin-antitoxin system BgaH
Autor*innen
Anna Koch
Haupttitel (Englisch)
The toxin gp44 of N. magadii virus ΦCh1: is it a RNase or protease?
Paralleltitel (Deutsch)
Das Toxin gp44 des N. magadii virus ΦCh1: ist es eine RNase oder Protease?
Publikationsjahr
2023
Umfangsangabe
VIII, 74 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Angela Witte
Klassifikationen
30 Naturwissenschaften allgemein > 30.00 Naturwissenschaften allgemein. Allgemeines ,
42 Biologie > 42.13 Molekularbiologie
AC Nummer
AC16915639
Utheses ID
67698
Studienkennzahl
UA | 066 | 830 | |