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Etablierung einer MS/MS-Spektrenbibliothek für Triterpenoide und Sesquiterpene
Dunja Grbic
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Masterstudium Pharmazie
Betreuer*in
Gottfried Reznicek
Mitbetreuer*in
Ammar Tahir
DOI
10.25365/thesis.74663
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-10011.21770.289974-1
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Mit der erhöhten Nutzung von molekularem Networking in der Naturstoffforschung in den letzten Jahren, erhöhte sich auch der Bedarf an open-access spektrenbasierten Datenbanken und deren Erweiterung. Die Rate neuer Identifizierungen und Entdeckungen bisher unbekannter Naturstoffe mit potenziellen pharmakologischen Eigenschaften ist von der Qualität und Vollständigkeit der Datenbanken abhängig. Das Ziel dieser Masterarbeit war die Erstellung eines Datensatzes, welches MS/MS-Datenbanken dieser Art qualitativ ergänzen soll. Dafür wurden zwei Naturstoffgruppen ausgewählt – Sesquiterpene und Triterpenoide. Bei 42 Sesquiterpenen und 80 Triterpenoiden wurden die ersten MS/MS-Spektren in silico auf der CFM-ID-Plattform generiert. Die Reinheit der Sesquiterpene war unzureichend, um eine erfolgreiche automatisierte MS-Messung durchzuführen. Die MS/MS-Spektren dieser Stoffgruppe wurden manuell mittels ESIIT-MS erzeugt. Trotzdem wurden die Sesquiterpene von der weiteren Arbeit ausgeschlossen und der Fokus wurde auf Triterpenoide gelegt. ESI-IT-MS und hochauflösende ESI-qTOF-MS wurden als Methoden zur Gewinnung von MS/MS-Spektren der Triterpenoide verwendet. Diese Ionisierungsart wird am häufigsten in der Naturstoffforschung eingesetzt und wurde daher für diese Arbeit ausgewählt. Die IT-MS wurde mit und ohne Pufferzusatz sowohl im positiven als auch im negativen Modus aufgenommen. Nach der Evaluierung der Ergebnisse wurde festgestellt, dass die Triterpenoide besser im negativen Modus ionisierbar waren, was dazu geführt hat, dass die qTOF-MS nur im negativen Modus eingesetzt wurde. Bei 23 Triterpenoiden wurden keine nachvollziehbaren MS/MS-Spektren bei keiner der beiden Methoden erzeugt, während 31 Triterpenoide Fragmentierungsdaten aus beiden Messmethoden geliefert haben. Anschließend wurden MGF-Dateien erstellt, welche Fragmentierungsdaten aus allen drei Methoden enthalten.
Abstract
(Englisch)
Increased implementation of molecular networking and dereplication in the natural product research in the last years made the expansion of open-access spectra-based databases necessary. The rate of new substance identifications, which lead to a discovery of new natural products with potential pharmacological properties, depends on the quality and extent of used databases. The aim of this master thesis was the establishment of a MS/MS-database in order to increase available data in spectra-based databases. Two natural product classes were selected – sesquiterpenes and triterpenoids. First MS/MS-data for 42 sesquiterpenes and 80 triterpenoids were generated in silico using CFM-ID-Platform. The purity of sesquiterpenes was insufficient for a successful automated mass spectrometry, therefore the MS/MS-spectra were manually produced using direct injection ESI-IT-MS. Nevertheless, the sesquiterpenes were excluded from further work and the focus was placed on triterpenoids. MS/MS-spectra of triterpenoids were obtained using ESI-IT-MS and high-resolution ESIqTOF-MS. ESI is the most used ionization technique in natural product research and was for this reason applied in this master thesis. IT-MS was performed with and without added buffer in both positive and negative modes. After evaluation of the spectra, it was found that the triterpenoids were better ionizable in the negative mode, which led to qTOF-MS only being performed in the negative mode. For 23 triterpenoids no useful MS/MS spectra were generated by either method, while for 31 triterpenoids fragmentation data were provided by both methods. MGF-files, containing fragmentation data from the three spectra sources were generated.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Massenspektrometrie Triterpenoide Sesquiterpene Spektrenbibliothek
Schlagwörter
(Englisch)
mass spectrometry triterpenoids sesquiterpenes spectral library
Autor*innen
Dunja Grbic
Haupttitel (Deutsch)
Etablierung einer MS/MS-Spektrenbibliothek für Triterpenoide und Sesquiterpene
Paralleltitel (Englisch)
Establishment of an MS/MS spectral library for triterpenoids and sesquiterpenes
Publikationsjahr
2023
Umfangsangabe
312 Seiten : Illustrationen
Sprache
Deutsch
Beurteiler*in
Gottfried Reznicek
AC Nummer
AC16981611
Utheses ID
68973
Studienkennzahl
UA | 066 | 605 | |