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Genetic characterization of patient derived bladder cancer cell models
Emily Aline Grubb
Art der Arbeit
Masterarbeit
Universität
Universität Wien
Fakultät
Fakultät für Lebenswissenschaften
Studiumsbezeichnung bzw. Universitätlehrgang (ULG)
Joint-Masterstudium Evolutionary Systems Biology
Betreuer*in
Thomas Rattei
DOI
10.25365/thesis.74783
URN
urn:nbn:at:at-ubw:1-26319.21983.573299-6
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(Print-Exemplar eventuell in Bibliothek verfügbar)
Abstracts
Abstract
(Deutsch)
Die Heterogenität von Blasenkrebses stellt eine bedeutende Herausforderung für die Entwicklung wirksamer Behandlungen dar. In der Vergangenheit fehlte es an Modellen, die die Biologie dieser Krankheit in situ präzise nachbilden konnten. Um die Entwicklung von Therapien zu fördern und das allgemeine Verständnis der Tumorbiologie zu vertiefen, wurden primäre, von Patienten stammende Zellmodelle entwickelt. Von diesen Modellen wurden 42 einer vollständigen Exom-Sequenzierung unterzogen, um jedes Modell auf genetischer Ebene durch die Identifizierung von Mutationen und Kopiezahlvariation zu charakterisieren. Zu diesem Zweck Hierfür, wurden bioinformatische Werkzeuge mit verschiedenem Parameter sorgfältig getestet, um die Verarbeitung der Daten zu optimieren. Die Ergebnisse bestätigten die Heterogenität der verschiedenen Blasenkrebsmodellen und werden zweifellos von großem Nutzen bei künftigen Projekten zur Bewertung neuer therapeutischer Ansätze und der Erforschung von Resistenzmechanismen dieser Krankheit sein.
Abstract
(Englisch)
The heterogeneity of bladder cancer presents a huge challenge to develop effective treatments. Historically, there has been a lack of models that faithfully recapitulate the disease biology in situ. To improve treatment discovery, as well as general understanding of tumor biology, primary patient derived cell models had been generated. 42 of these models were subjected to whole exome sequencing with the aim to genetically characterize each model by identifying mutations and copy number alterations. To achieve this aim, bioinformatic tools and parameters within these tools were tested to optimize the workflow for processing this data. The results confirmed the heterogeneity between the different bladder cancer models and will no doubt be helpful in future projects assessing novel therapeutic avenues and resistance mechanisms of the disease.
Schlagwörter
Schlagwörter
(Deutsch)
Blasenkrebses Exom-Sequenzierung Mutationen Kopiezahlvariation Bioinformatik
Schlagwörter
(Englisch)
Bladder cancer Exome sequencing Mutations Copy number alterations Bioinformatics
Autor*innen
Emily Aline Grubb
Haupttitel (Englisch)
Genetic characterization of patient derived bladder cancer cell models
Paralleltitel (Deutsch)
Genetische Charakterisierung von patientenabgeleiteten Blasenkrebszellmodellen
Publikationsjahr
2023
Umfangsangabe
54 Seiten : Illustrationen
Sprache
Englisch
Beurteiler*in
Thomas Rattei
Klassifikation
42 Biologie > 42.20 Genetik
AC Nummer
AC16995244
Utheses ID
69188
Studienkennzahl
UA | 066 | 220 | |